examples/Makefile

   1 all:../libbam.a ../samtools ex1.glf ex1.pileup.gz ex1.bam.bai ex1f-rmduppe.bam ex1f-rmdupse.bam ex1.glfview.gz calDepth
   2                 @echo; echo \# You can now launch the viewer with: \'samtools tview ex1.bam ex1.fa\'; echo;
   3
   4 ex1.fa.fai:ex1.fa
   5                 ../samtools faidx ex1.fa
   6 ex1.bam:ex1.sam.gz ex1.fa.fai
   7                 ../samtools import ex1.fa.fai ex1.sam.gz ex1.bam
   8 ex1.bam.bai:ex1.bam
   9                 ../samtools index ex1.bam
  10 ex1.pileup.gz:ex1.bam ex1.fa
  11                 ../samtools pileup -cf ex1.fa ex1.bam | gzip > ex1.pileup.gz
  12 ex1.glf:ex1.bam ex1.fa
  13                 ../samtools pileup -gf ex1.fa ex1.bam > ex1.glf
  14 ex1.glfview.gz:ex1.glf
  15                 ../samtools glfview ex1.glf | gzip > ex1.glfview.gz
  16 ex1a.bam:ex1.bam
  17                 ../samtools view -h ex1.bam | awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{if(/^@/)print;else{$$1=$$1"a";print}}' | ../samtools view -bS - > $@
  18 ex1b.bam:ex1.bam
  19                 ../samtools view -h ex1.bam | awk 'BEGIN{FS=OFS="\t"}{if(/^@/)print;else{$$1=$$1"b";print}}' | ../samtools view -bS - > $@
  20 ex1f.rg:
  21                 (echo "@RG      ID:ex1  LB:ex1"; echo "@RG      ID:ex1a LB:ex1"; echo "@RG      ID:ex1b LB:ex1b") > $@
  22 ex1f.bam:ex1.bam ex1a.bam ex1b.bam ex1f.rg
  23                 ../samtools merge -rh ex1f.rg $@ ex1.bam ex1a.bam ex1b.bam
  24 ex1f-rmduppe.bam:ex1f.bam
  25                 ../samtools rmdup ex1f.bam $@
  26 ex1f-rmdupse.bam:ex1f.bam
  27                 ../samtools rmdup -S ex1f.bam $@
  28
  29 ../samtools:
  30                 (cd ..; make samtools)
  31
  32 ../libbam.a:
  33                 (cd ..; make libbam.a)
  34
  35 calDepth:../libbam.a calDepth.c
  36                 gcc -g -Wall -O2 -I.. calDepth.c -o $@ -lm -lz -L.. -lbam
  37
  38 clean:
  39                 rm -fr *.bam *.bai *.glf* *.fai *.pileup* *~ calDepth *.dSYM ex1*.rg