examples/bam2bed.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include "sam.h"
   3 static int fetch_func(const bam1_t *b, void *data)
   4 {
   5         samfile_t *fp = (samfile_t*)data;
   6         uint32_t *cigar = bam1_cigar(b);
   7         const bam1_core_t *c = &b->core;
   8         int i, l;
   9         if (b->core.tid < 0) return 0;
  10         for (i = l = 0; i < c->n_cigar; ++i) {
  11                 int op = cigar[i]&0xf;
  12                 if (op == BAM_CMATCH || op == BAM_CDEL || op == BAM_CREF_SKIP)
  13                         l += cigar[i]>>4;
  14         }
  15         printf("%s\t%d\t%d\t%s\t%d\t%c\n", fp->header->target_name[c->tid],
  16                    c->pos, c->pos + l, bam1_qname(b), c->qual, (c->flag&BAM_FREVERSE)? '-' : '+');
  17         return 0;
  18 }
  19 int main(int argc, char *argv[])
  20 {
  21         samfile_t *fp;
  22         if (argc == 1) {
  23                 fprintf(stderr, "Usage: bam2bed <in.bam> [region]\n");
  24                 return 1;
  25         }
  26         if ((fp = samopen(argv[1], "rb", 0)) == 0) {
  27                 fprintf(stderr, "bam2bed: Fail to open BAM file %s\n", argv[1]);
  28                 return 1;
  29         }
  30         if (argc == 2) { /* if a region is not specified */
  31                 bam1_t *b = bam_init1();
  32                 while (samread(fp, b) >= 0) fetch_func(b, fp);
  33                 bam_destroy1(b);
  34         } else {
  35                 int ref, beg, end;
  36                 bam_index_t *idx;
  37                 if ((idx = bam_index_load(argv[1])) == 0) {
  38                         fprintf(stderr, "bam2bed: BAM indexing file is not available.\n");
  39                         return 1;
  40                 }
  41                 bam_parse_region(fp->header, argv[2], &ref, &beg, &end);
  42                 if (ref < 0) {
  43                         fprintf(stderr, "bam2bed: Invalid region %s\n", argv[2]);
  44                         return 1;
  45                 }
  46                 bam_fetch(fp->x.bam, idx, ref, beg, end, fp, fetch_func);
  47                 bam_index_destroy(idx);
  48         }
  49         samclose(fp);
  50         return 0;
  51 }