faidx.h

   1 /* The MIT License
   2
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   4
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   7    "Software"), to deal in the Software without restriction, including
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  11    the following conditions:
  12
  13    The above copyright notice and this permission notice shall be
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  15
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  21    ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
  22    CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
  23    SOFTWARE.
  24 */
  25
  26 /* Contact: Heng Li <lh3@sanger.ac.uk> */
  27
  28 #ifndef FAIDX_H
  29 #define FAIDX_H
  30
  31 /*!
  32   @header
  33
  34   Index FASTA files and extract subsequence.
  35
  36   @copyright The Wellcome Trust Sanger Institute.
  37  */
  38
  39 struct __faidx_t;
  40 typedef struct __faidx_t faidx_t;
  41
  42 #ifdef __cplusplus
  43 extern "C" {
  44 #endif
  45
  46         /*!
  47           @abstract   Build index for a FASTA or razip compressed FASTA file.
  48           @param  fn  FASTA file name
  49           @return     0 on success; or -1 on failure
  50           @discussion File "fn.fai" will be generated.
  51          */
  52         int fai_build(const char *fn);
  53
  54         /*!
  55           @abstract    Distroy a faidx_t struct.
  56           @param  fai  Pointer to the struct to be destroyed
  57          */
  58         void fai_destroy(faidx_t *fai);
  59
  60         /*!
  61           @abstract   Load index from "fn.fai".
  62           @param  fn  File name of the FASTA file
  63          */
  64         faidx_t *fai_load(const char *fn);
  65
  66         /*!
  67           @abstract    Fetch the sequence in a region.
  68           @param  fai  Pointer to the faidx_t struct
  69           @param  reg  Region in the format "chr2:20,000-30,000"
  70           @param  len  Length of the region
  71           @return      Pointer to the sequence; null on failure
  72
  73           @discussion The returned sequence is allocated by malloc family
  74           and should be destroyed by end users by calling free() on it.
  75          */
  76         char *fai_fetch(const faidx_t *fai, const char *reg, int *len);
  77
  78         /*!
  79           @abstract        Fetch the number of sequences.
  80           @param  fai  Pointer to the faidx_t struct
  81           @return          The number of sequences
  82          */
  83         int faidx_fetch_nseq(const faidx_t *fai);
  84
  85         /*!
  86           @abstract    Fetch the sequence in a region.
  87           @param  fai  Pointer to the faidx_t struct
  88           @param  c_name Region name
  89           @param  p_beg_i  Beginning position number (zero-based)
  90           @param  p_end_i  End position number (zero-based)
  91           @param  len  Length of the region
  92           @return      Pointer to the sequence; null on failure
  93
  94           @discussion The returned sequence is allocated by malloc family
  95           and should be destroyed by end users by calling free() on it.
  96          */
  97         char *faidx_fetch_seq(const faidx_t *fai, char *c_name, int p_beg_i, int p_end_i, int *len);
  98
  99 #ifdef __cplusplus
 100 }
 101 #endif
 102
 103 #endif