glf.c

   1 #include <string.h>
   2 #include <stdlib.h>
   3 #include "glf.h"
   4
   5 #ifdef _NO_BGZF
   6 // then alias bgzf_*() functions
   7 #endif
   8
   9 static int glf3_is_BE = 0;
  10
  11 static inline uint32_t bam_swap_endian_4(uint32_t v)
  12 {
  13         v = ((v & 0x0000FFFFU) << 16) | (v >> 16);
  14         return ((v & 0x00FF00FFU) << 8) | ((v & 0xFF00FF00U) >> 8);
  15 }
  16
  17 static inline uint16_t bam_swap_endian_2(uint16_t v)
  18 {
  19         return (uint16_t)(((v & 0x00FF00FFU) << 8) | ((v & 0xFF00FF00U) >> 8));
  20 }
  21
  22 static inline int bam_is_big_endian()
  23 {
  24         long one= 1;
  25         return !(*((char *)(&one)));
  26 }
  27
  28 glf3_header_t *glf3_header_init()
  29 {
  30         glf3_is_BE = bam_is_big_endian();
  31         return (glf3_header_t*)calloc(1, sizeof(glf3_header_t));
  32 }
  33
  34 glf3_header_t *glf3_header_read(glfFile fp)
  35 {
  36         glf3_header_t *h;
  37         char magic[4];
  38         h = glf3_header_init();
  39         bgzf_read(fp, magic, 4);
  40         if (strncmp(magic, "GLF\3", 4)) {
  41                 fprintf(stderr, "[glf3_header_read] invalid magic.\n");
  42                 glf3_header_destroy(h);
  43                 return 0;
  44         }
  45         bgzf_read(fp, &h->l_text, 4);
  46         if (glf3_is_BE) h->l_text = bam_swap_endian_4(h->l_text);
  47         if (h->l_text) {
  48                 h->text = (uint8_t*)calloc(h->l_text + 1, 1);
  49                 bgzf_read(fp, h->text, h->l_text);
  50         }
  51         return h;
  52 }
  53
  54 void glf3_header_write(glfFile fp, const glf3_header_t *h)
  55 {
  56         int32_t x;
  57         bgzf_write(fp, "GLF\3", 4);
  58         x = glf3_is_BE? bam_swap_endian_4(h->l_text) : h->l_text;
  59         bgzf_write(fp, &x, 4);
  60         if (h->l_text) bgzf_write(fp, h->text, h->l_text);
  61 }
  62
  63 void glf3_header_destroy(glf3_header_t *h)
  64 {
  65         free(h->text);
  66         free(h);
  67 }
  68
  69 char *glf3_ref_read(glfFile fp, int *len)
  70 {
  71         int32_t n, x;
  72         char *str;
  73         *len = 0;
  74         if (bgzf_read(fp, &n, 4) != 4) return 0;
  75         if (glf3_is_BE) n = bam_swap_endian_4(n);
  76         if (n < 0) {
  77                 fprintf(stderr, "[glf3_ref_read] invalid reference name length: %d.\n", n);
  78                 return 0;
  79         }
  80         str = (char*)calloc(n + 1, 1); // not necesarily n+1 in fact
  81         x = bgzf_read(fp, str, n);
  82         x += bgzf_read(fp, len, 4);
  83         if (x != n + 4) {
  84                 free(str); *len = -1; return 0; // truncated
  85         }
  86         if (glf3_is_BE) *len = bam_swap_endian_4(*len);
  87         return str;
  88 }
  89
  90 void glf3_ref_write(glfFile fp, const char *str, int len)
  91 {
  92         int32_t m, n = strlen(str) + 1;
  93         m = glf3_is_BE? bam_swap_endian_4(n) : n;
  94         bgzf_write(fp, &m, 4);
  95         bgzf_write(fp, str, n);
  96         if (glf3_is_BE) len = bam_swap_endian_4(len);
  97         bgzf_write(fp, &len, 4);
  98 }
  99
 100 void glf3_view1(const char *ref_name, const glf3_t *g3, int pos)
 101 {
 102         int j;
 103         if (g3->rtype == GLF3_RTYPE_END) return;
 104         printf("%s\t%d\t%c\t%d\t%d\t%d", ref_name, pos + 1,
 105                    g3->rtype == GLF3_RTYPE_INDEL? '*' : "XACMGRSVTWYHKDBN"[g3->ref_base],
 106                    g3->depth, g3->rms_mapQ, g3->min_lk);
 107         if (g3->rtype == GLF3_RTYPE_SUB)
 108                 for (j = 0; j != 10; ++j) printf("\t%d", g3->lk[j]);
 109         else {
 110                 printf("\t%d\t%d\t%d\t%d\t%d\t%s\t%s\t", g3->lk[0], g3->lk[1], g3->lk[2], g3->indel_len[0], g3->indel_len[1],
 111                            g3->indel_len[0]? g3->indel_seq[0] : "*", g3->indel_len[1]? g3->indel_seq[1] : "*");
 112         }
 113         printf("\n");
 114 }
 115
 116 int glf3_write1(glfFile fp, const glf3_t *g3)
 117 {
 118         int r;
 119         uint8_t c;
 120         uint32_t y[2];
 121         c = g3->rtype<<4 | g3->ref_base;
 122         r = bgzf_write(fp, &c, 1);
 123         if (g3->rtype == GLF3_RTYPE_END) return r;
 124         y[0] = g3->offset;
 125         y[1] = g3->min_lk<<24 | g3->depth;
 126         if (glf3_is_BE) {
 127                 y[0] = bam_swap_endian_4(y[0]);
 128                 y[1] = bam_swap_endian_4(y[1]);
 129         }
 130         r += bgzf_write(fp, y, 8);
 131         r += bgzf_write(fp, &g3->rms_mapQ, 1);
 132         if (g3->rtype == GLF3_RTYPE_SUB) r += bgzf_write(fp, g3->lk, 10);
 133         else {
 134                 int16_t x[2];
 135                 r += bgzf_write(fp, g3->lk, 3);
 136                 x[0] = glf3_is_BE? bam_swap_endian_2(g3->indel_len[0]) : g3->indel_len[0];
 137                 x[1] = glf3_is_BE? bam_swap_endian_2(g3->indel_len[1]) : g3->indel_len[1];
 138                 r += bgzf_write(fp, x, 4);
 139                 if (g3->indel_len[0]) r += bgzf_write(fp, g3->indel_seq[0], abs(g3->indel_len[0]));
 140                 if (g3->indel_len[1]) r += bgzf_write(fp, g3->indel_seq[1], abs(g3->indel_len[1]));
 141         }
 142         return r;
 143 }
 144
 145 #ifndef kv_roundup32
 146 #define kv_roundup32(x) (--(x), (x)|=(x)>>1, (x)|=(x)>>2, (x)|=(x)>>4, (x)|=(x)>>8, (x)|=(x)>>16, ++(x))
 147 #endif
 148
 149 int glf3_read1(glfFile fp, glf3_t *g3)
 150 {
 151         int r;
 152         uint8_t c;
 153         uint32_t y[2];
 154         r = bgzf_read(fp, &c, 1);
 155         if (r == 0) return 0;
 156         g3->ref_base = c & 0xf;
 157         g3->rtype = c>>4;
 158         if (g3->rtype == GLF3_RTYPE_END) return r;
 159         r += bgzf_read(fp, y, 8);
 160         if (glf3_is_BE) {
 161                 y[0] = bam_swap_endian_4(y[0]);
 162                 y[1] = bam_swap_endian_4(y[1]);
 163         }
 164         g3->offset = y[0];
 165         g3->min_lk = y[1]>>24;
 166         g3->depth = y[1]<<8>>8;
 167         r += bgzf_read(fp, &g3->rms_mapQ, 1);
 168         if (g3->rtype == GLF3_RTYPE_SUB) r += bgzf_read(fp, g3->lk, 10);
 169         else {
 170                 int16_t x[2], max;
 171                 r += bgzf_read(fp, g3->lk, 3);
 172                 r += bgzf_read(fp, x, 4);
 173                 if (glf3_is_BE) {
 174                         x[0] = bam_swap_endian_2(x[0]);
 175                         x[1] = bam_swap_endian_2(x[1]);
 176                 }
 177                 g3->indel_len[0] = x[0];
 178                 g3->indel_len[1] = x[1];
 179                 x[0] = abs(x[0]); x[1] = abs(x[1]);
 180                 max = (x[0] > x[1]? x[0] : x[1]) + 1;
 181                 if (g3->max_len < max) {
 182                         g3->max_len = max;
 183                         kv_roundup32(g3->max_len);
 184                         g3->indel_seq[0] = (char*)realloc(g3->indel_seq[0], g3->max_len);
 185                         g3->indel_seq[1] = (char*)realloc(g3->indel_seq[1], g3->max_len);
 186                 }
 187                 r += bgzf_read(fp, g3->indel_seq[0], x[0]);
 188                 r += bgzf_read(fp, g3->indel_seq[1], x[1]);
 189                 g3->indel_seq[0][x[0]] = g3->indel_seq[1][x[1]] = 0;
 190         }
 191         return r;
 192 }
 193
 194 void glf3_view(glfFile fp)
 195 {
 196         glf3_header_t *h;
 197         char *name;
 198         glf3_t *g3;
 199         int len;
 200         h = glf3_header_read(fp);
 201         g3 = glf3_init1();
 202         while ((name = glf3_ref_read(fp, &len)) != 0) {
 203                 int pos = 0;
 204                 while (glf3_read1(fp, g3) && g3->rtype != GLF3_RTYPE_END) {
 205                         pos += g3->offset;
 206                         glf3_view1(name, g3, pos);
 207                 }
 208                 free(name);
 209         }
 210         glf3_header_destroy(h);
 211         glf3_destroy1(g3);
 212 }
 213
 214 int glf3_view_main(int argc, char *argv[])
 215 {
 216         glfFile fp;
 217         if (argc == 1) {
 218                 fprintf(stderr, "Usage: glfview <in.glf>\n");
 219                 return 1;
 220         }
 221         fp = (strcmp(argv[1], "-") == 0)? bgzf_fdopen(fileno(stdin), "r") : bgzf_open(argv[1], "r");
 222         if (fp == 0) {
 223                 fprintf(stderr, "Fail to open file '%s'\n", argv[1]);
 224                 return 1;
 225         }
 226         glf3_view(fp);
 227         bgzf_close(fp);
 228         return 0;
 229 }
 230
 231 #ifdef GLFVIEW_MAIN
 232 int main(int argc, char *argv[])
 233 {
 234         return glf3_view_main(argc, argv);
 235 }
 236 #endif