glf.h

   1 #ifndef GLF_H_
   2 #define GLF_H_
   3
   4 typedef struct {
   5         unsigned char ref_base:4, dummy:4; /** "XACMGRSVTWYHKDBN"[ref_base] gives the reference base */
   6         unsigned char max_mapQ; /** maximum mapping quality */
   7         unsigned char lk[10];   /** log likelihood ratio, capped at 255 */
   8         unsigned min_lk:8, depth:24; /** minimum lk capped at 255, and the number of mapped reads */
   9 } glf1_t;
  10
  11 #include <stdint.h>
  12 #include "bgzf.h"
  13 typedef BGZF *glfFile;
  14
  15 #define GLF3_RTYPE_END   0
  16 #define GLF3_RTYPE_SUB   1
  17 #define GLF3_RTYPE_INDEL 2
  18
  19 typedef struct {
  20         uint8_t ref_base:4, rtype:4; /** "XACMGRSVTWYHKDBN"[ref_base] gives the reference base */
  21         uint8_t rms_mapQ; /** RMS mapping quality */
  22         uint8_t lk[10];   /** log likelihood ratio, capped at 255 */
  23         uint32_t min_lk:8, depth:24; /** minimum lk capped at 255, and the number of mapped reads */
  24         int32_t offset; /** the first base in a chromosome has offset zero. */
  25         // for indel (lkHom1, lkHom2 and lkHet are the first three elements in lk[10])
  26         int16_t indel_len[2];
  27         int32_t max_len; // maximum indel len; will be modified by glf3_read1()
  28         char *indel_seq[2];
  29 } glf3_t;
  30
  31 typedef struct {
  32         int32_t l_text;
  33         uint8_t *text;
  34 } glf3_header_t;
  35
  36 #ifdef __cplusplus
  37 extern "C" {
  38 #endif
  39
  40 #define glf3_init1() ((glf3_t*)calloc(1, sizeof(glf3_t)))
  41 #define glf3_destroy1(g3) do { free((g3)->indel_seq[0]); free((g3)->indel_seq[1]); free(g3); } while (0)
  42
  43         glf3_header_t *glf3_header_init();
  44         glf3_header_t *glf3_header_read(glfFile fp);
  45         void glf3_header_write(glfFile fp, const glf3_header_t *h);
  46         void glf3_header_destroy(glf3_header_t *h);
  47         char *glf3_ref_read(glfFile fp, int *len);
  48         void glf3_ref_write(glfFile fp, const char *name, int len);
  49         int glf3_write1(glfFile fp, const glf3_t *g3);
  50         int glf3_read1(glfFile fp, glf3_t *g3);
  51
  52 #ifdef __cplusplus
  53 }
  54 #endif
  55
  56 #endif