kaln.h

   1 /* The MIT License
   2
   3    Copyright (c) 2003-2006, 2008, 2009 by Heng Li <lh3@live.co.uk>
   4
   5    Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
   6    a copy of this software and associated documentation files (the
   7    "Software"), to deal in the Software without restriction, including
   8    without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
   9    distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
  10    permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
  11    the following conditions:
  12
  13    The above copyright notice and this permission notice shall be
  14    included in all copies or substantial portions of the Software.
  15
  16    THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
  17    EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
  18    MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
  19    NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
  20    BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
  21    ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
  22    CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
  23    SOFTWARE.
  24 */
  25
  26 #ifndef LH3_KALN_H_
  27 #define LH3_KALN_H_
  28
  29 #include <stdint.h>
  30
  31 #define MINOR_INF -1073741823
  32
  33 typedef struct {
  34         int gap_open;
  35         int gap_ext;
  36         int gap_end;
  37
  38         int *matrix;
  39         int row;
  40         int band_width;
  41 } ka_param_t;
  42
  43 #ifdef __cplusplus
  44 extern "C" {
  45 #endif
  46
  47         uint32_t *ka_global_core(uint8_t *seq1, int len1, uint8_t *seq2, int len2, const ka_param_t *ap, int *_score, int *n_cigar);
  48
  49 #ifdef __cplusplus
  50 }
  51 #endif
  52
  53 extern ka_param_t ka_param_blast; /* = {  5,  2,  2, aln_sm_blast, 5, 50 }; */
  54
  55 #endif