Merge commit 'upstream/0.1.7a.dfsg'
[samtools.git] / kaln.h
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2
3    Copyright (c) 2003-2006, 2008, 2009 by Heng Li <lh3@live.co.uk>
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6    a copy of this software and associated documentation files (the
7    "Software"), to deal in the Software without restriction, including
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9    distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
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21    ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
22    CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
23    SOFTWARE.
24 */
25
26 #ifndef LH3_KALN_H_
27 #define LH3_KALN_H_
28
29 #include <stdint.h>
30
31 #define MINOR_INF -1073741823
32
33 typedef struct {
34         int gap_open;
35         int gap_ext;
36         int gap_end;
37
38         int *matrix;
39         int row;
40         int band_width;
41 } ka_param_t;
42
43 #ifdef __cplusplus
44 extern "C" {
45 #endif
46
47         uint32_t *ka_global_core(uint8_t *seq1, int len1, uint8_t *seq2, int len2, const ka_param_t *ap, int *_score, int *n_cigar);
48
49 #ifdef __cplusplus
50 }
51 #endif
52
53 extern ka_param_t ka_param_blast; /* = {  5,  2,  2, aln_sm_blast, 5, 50 }; */
54
55 #endif