In version 1.8, there are no binary files to remove from the upstream tarball.
[samtools.git] / knetfile.c
1 /* The MIT License
2
3    Copyright (c) 2008 Genome Research Ltd (GRL).
4
5    Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining
6    a copy of this software and associated documentation files (the
7    "Software"), to deal in the Software without restriction, including
8    without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish,
9    distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to
10    permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to
11    the following conditions:
12
13    The above copyright notice and this permission notice shall be
14    included in all copies or substantial portions of the Software.
15
16    THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND,
17    EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF
18    MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND
19    NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS
20    BE LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN
21    ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
22    CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
23    SOFTWARE.
24 */
25
26 /* Contact: Heng Li <lh3@sanger.ac.uk> */
27
28 /* Probably I will not do socket programming in the next few years and
29    therefore I decide to heavily annotate this file, for Linux and
30    Windows as well.  -lh3 */
31
32 #include <time.h>
33 #include <stdio.h>
34 #include <ctype.h>
35 #include <stdlib.h>
36 #include <string.h>
37 #include <errno.h>
38 #include <unistd.h>
39 #include <sys/types.h>
40
41 #ifdef _WIN32
42 #include <winsock.h>
43 #else
44 #include <netdb.h>
45 #include <arpa/inet.h>
46 #include <sys/socket.h>
47 #endif
48
49 #include "knetfile.h"
50
51 /* In winsock.h, the type of a socket is SOCKET, which is: "typedef
52  * u_int SOCKET". An invalid SOCKET is: "(SOCKET)(~0)", or signed
53  * integer -1. In knetfile.c, I use "int" for socket type
54  * throughout. This should be improved to avoid confusion.
55  *
56  * In Linux/Mac, recv() and read() do almost the same thing. You can see
57  * in the header file that netread() is simply an alias of read(). In
58  * Windows, however, they are different and using recv() is mandatory.
59  */
60
61 /* This function tests if the file handler is ready for reading (or
62  * writing if is_read==0). */
63 static int socket_wait(int fd, int is_read)
64 {
65         fd_set fds, *fdr = 0, *fdw = 0;
66         struct timeval tv;
67         int ret;
68         tv.tv_sec = 5; tv.tv_usec = 0; // 5 seconds time out
69         FD_ZERO(&fds);
70         FD_SET(fd, &fds);
71         if (is_read) fdr = &fds;
72         else fdw = &fds;
73         ret = select(fd+1, fdr, fdw, 0, &tv);
74 #ifndef _WIN32
75         if (ret == -1) perror("select");
76 #else
77         if (ret == 0)
78                 fprintf(stderr, "select time-out\n");
79         else if (ret == SOCKET_ERROR)
80                 fprintf(stderr, "select: %d\n", WSAGetLastError());
81 #endif
82         return ret;
83 }
84
85 #ifndef _WIN32
86 /* This function does not work with Windows due to the lack of
87  * getaddrinfo() in winsock. It is addapted from an example in "Beej's
88  * Guide to Network Programming" (http://beej.us/guide/bgnet/). */
89 static int socket_connect(const char *host, const char *port)
90 {
91 #define __err_connect(func) do { perror(func); freeaddrinfo(res); return -1; } while (0)
92
93         int on = 1, fd;
94         struct linger lng = { 0, 0 };
95         struct addrinfo hints, *res;
96         memset(&hints, 0, sizeof(struct addrinfo));
97         hints.ai_family = AF_UNSPEC;
98         hints.ai_socktype = SOCK_STREAM;
99         /* In Unix/Mac, getaddrinfo() is the most convenient way to get
100          * server information. */
101         if (getaddrinfo(host, port, &hints, &res) != 0) __err_connect("getaddrinfo");
102         if ((fd = socket(res->ai_family, res->ai_socktype, res->ai_protocol)) == -1) __err_connect("socket");
103         /* The following two setsockopt() are used by ftplib
104          * (http://nbpfaus.net/~pfau/ftplib/). I am not sure if they
105          * necessary. */
106         if (setsockopt(fd, SOL_SOCKET, SO_REUSEADDR, &on, sizeof(on)) == -1) __err_connect("setsockopt");
107         if (setsockopt(fd, SOL_SOCKET, SO_LINGER, &lng, sizeof(lng)) == -1) __err_connect("setsockopt");
108         if (connect(fd, res->ai_addr, res->ai_addrlen) != 0) __err_connect("connect");
109         freeaddrinfo(res);
110         return fd;
111 }
112 #else
113 /* MinGW's printf has problem with "%lld" */
114 char *int64tostr(char *buf, int64_t x)
115 {
116         int cnt;
117         int i = 0;
118         do {
119                 buf[i++] = '0' + x % 10;
120                 x /= 10;
121         } while (x);
122         buf[i] = 0;
123         for (cnt = i, i = 0; i < cnt/2; ++i) {
124                 int c = buf[i]; buf[i] = buf[cnt-i-1]; buf[cnt-i-1] = c;
125         }
126         return buf;
127 }
128
129 int64_t strtoint64(const char *buf)
130 {
131         int64_t x;
132         for (x = 0; *buf != '\0'; ++buf)
133                 x = x * 10 + ((int64_t) *buf - 48);
134         return x;
135 }
136 /* In windows, the first thing is to establish the TCP connection. */
137 int knet_win32_init()
138 {
139         WSADATA wsaData;
140         return WSAStartup(MAKEWORD(2, 2), &wsaData);
141 }
142 void knet_win32_destroy()
143 {
144         WSACleanup();
145 }
146 /* A slightly modfied version of the following function also works on
147  * Mac (and presummably Linux). However, this function is not stable on
148  * my Mac. It sometimes works fine but sometimes does not. Therefore for
149  * non-Windows OS, I do not use this one. */
150 static SOCKET socket_connect(const char *host, const char *port)
151 {
152 #define __err_connect(func)                                                                             \
153         do {                                                                                                            \
154                 fprintf(stderr, "%s: %d\n", func, WSAGetLastError());   \
155                 return -1;                                                                                              \
156         } while (0)
157
158         int on = 1;
159         SOCKET fd;
160         struct linger lng = { 0, 0 };
161         struct sockaddr_in server;
162         struct hostent *hp = 0;
163         // open socket
164         if ((fd = socket(AF_INET, SOCK_STREAM, IPPROTO_TCP)) == INVALID_SOCKET) __err_connect("socket");
165         if (setsockopt(fd, SOL_SOCKET, SO_REUSEADDR, (char*)&on, sizeof(on)) == -1) __err_connect("setsockopt");
166         if (setsockopt(fd, SOL_SOCKET, SO_LINGER, (char*)&lng, sizeof(lng)) == -1) __err_connect("setsockopt");
167         // get host info
168         if (isalpha(host[0])) hp = gethostbyname(host);
169         else {
170                 struct in_addr addr;
171                 addr.s_addr = inet_addr(host);
172                 hp = gethostbyaddr((char*)&addr, 4, AF_INET);
173         }
174         if (hp == 0) __err_connect("gethost");
175         // connect
176         server.sin_addr.s_addr = *((unsigned long*)hp->h_addr);
177         server.sin_family= AF_INET;
178         server.sin_port = htons(atoi(port));
179         if (connect(fd, (struct sockaddr*)&server, sizeof(server)) != 0) __err_connect("connect");
180         // freehostent(hp); // strangely in MSDN, hp is NOT freed (memory leak?!)
181         return fd;
182 }
183 #endif
184
185 static off_t my_netread(int fd, void *buf, off_t len)
186 {
187         off_t rest = len, curr, l = 0;
188         /* recv() and read() may not read the required length of data with
189          * one call. They have to be called repeatedly. */
190         while (rest) {
191                 if (socket_wait(fd, 1) <= 0) break; // socket is not ready for reading
192                 curr = netread(fd, buf + l, rest);
193                 /* According to the glibc manual, section 13.2, a zero returned
194                  * value indicates end-of-file (EOF), which should mean that
195                  * read() will not return zero if EOF has not been met but data
196                  * are not immediately available. */
197                 if (curr == 0) break;
198                 l += curr; rest -= curr;
199         }
200         return l;
201 }
202
203 /*************************
204  * FTP specific routines *
205  *************************/
206
207 static int kftp_get_response(knetFile *ftp)
208 {
209 #ifndef _WIN32
210         unsigned char c;
211 #else
212         char c;
213 #endif
214         int n = 0;
215         char *p;
216         if (socket_wait(ftp->ctrl_fd, 1) <= 0) return 0;
217         while (netread(ftp->ctrl_fd, &c, 1)) { // FIXME: this is *VERY BAD* for unbuffered I/O
218                 //fputc(c, stderr);
219                 if (n >= ftp->max_response) {
220                         ftp->max_response = ftp->max_response? ftp->max_response<<1 : 256;
221                         ftp->response = realloc(ftp->response, ftp->max_response);
222                 }
223                 ftp->response[n++] = c;
224                 if (c == '\n') {
225                         if (n >= 4 && isdigit(ftp->response[0]) && isdigit(ftp->response[1]) && isdigit(ftp->response[2])
226                                 && ftp->response[3] != '-') break;
227                         n = 0;
228                         continue;
229                 }
230         }
231         if (n < 2) return -1;
232         ftp->response[n-2] = 0;
233         return strtol(ftp->response, &p, 0);
234 }
235
236 static int kftp_send_cmd(knetFile *ftp, const char *cmd, int is_get)
237 {
238         if (socket_wait(ftp->ctrl_fd, 0) <= 0) return -1; // socket is not ready for writing
239         netwrite(ftp->ctrl_fd, cmd, strlen(cmd));
240         return is_get? kftp_get_response(ftp) : 0;
241 }
242
243 static int kftp_pasv_prep(knetFile *ftp)
244 {
245         char *p;
246         int v[6];
247         kftp_send_cmd(ftp, "PASV\r\n", 1);
248         for (p = ftp->response; *p && *p != '('; ++p);
249         if (*p != '(') return -1;
250         ++p;
251         sscanf(p, "%d,%d,%d,%d,%d,%d", &v[0], &v[1], &v[2], &v[3], &v[4], &v[5]);
252         memcpy(ftp->pasv_ip, v, 4 * sizeof(int));
253         ftp->pasv_port = (v[4]<<8&0xff00) + v[5];
254         return 0;
255 }
256
257
258 static int kftp_pasv_connect(knetFile *ftp)
259 {
260         char host[80], port[10];
261         if (ftp->pasv_port == 0) {
262                 fprintf(stderr, "[kftp_pasv_connect] kftp_pasv_prep() is not called before hand.\n");
263                 return -1;
264         }
265         sprintf(host, "%d.%d.%d.%d", ftp->pasv_ip[0], ftp->pasv_ip[1], ftp->pasv_ip[2], ftp->pasv_ip[3]);
266         sprintf(port, "%d", ftp->pasv_port);
267         ftp->fd = socket_connect(host, port);
268         if (ftp->fd == -1) return -1;
269         return 0;
270 }
271
272 int kftp_connect(knetFile *ftp)
273 {
274         ftp->ctrl_fd = socket_connect(ftp->host, ftp->port);
275         if (ftp->ctrl_fd == -1) return -1;
276         kftp_get_response(ftp);
277         kftp_send_cmd(ftp, "USER anonymous\r\n", 1);
278         kftp_send_cmd(ftp, "PASS kftp@\r\n", 1);
279         kftp_send_cmd(ftp, "TYPE I\r\n", 1);
280         return 0;
281 }
282
283 int kftp_reconnect(knetFile *ftp)
284 {
285         if (ftp->ctrl_fd != -1) {
286                 netclose(ftp->ctrl_fd);
287                 ftp->ctrl_fd = -1;
288         }
289         netclose(ftp->fd);
290         ftp->fd = -1;
291         return kftp_connect(ftp);
292 }
293
294 // initialize ->type, ->host, ->retr and ->size
295 knetFile *kftp_parse_url(const char *fn, const char *mode)
296 {
297         knetFile *fp;
298         char *p;
299         int l;
300         if (strstr(fn, "ftp://") != fn) return 0;
301         for (p = (char*)fn + 6; *p && *p != '/'; ++p);
302         if (*p != '/') return 0;
303         l = p - fn - 6;
304         fp = calloc(1, sizeof(knetFile));
305         fp->type = KNF_TYPE_FTP;
306         fp->fd = -1;
307         /* the Linux/Mac version of socket_connect() also recognizes a port
308          * like "ftp", but the Windows version does not. */
309         fp->port = strdup("21");
310         fp->host = calloc(l + 1, 1);
311         if (strchr(mode, 'c')) fp->no_reconnect = 1;
312         strncpy(fp->host, fn + 6, l);
313         fp->retr = calloc(strlen(p) + 8, 1);
314         sprintf(fp->retr, "RETR %s\r\n", p);
315     fp->size_cmd = calloc(strlen(p) + 8, 1);
316     sprintf(fp->size_cmd, "SIZE %s\r\n", p);
317         fp->seek_offset = 0;
318         return fp;
319 }
320 // place ->fd at offset off
321 int kftp_connect_file(knetFile *fp)
322 {
323         int ret;
324         long long file_size;
325         if (fp->fd != -1) {
326                 netclose(fp->fd);
327                 if (fp->no_reconnect) kftp_get_response(fp);
328         }
329         kftp_pasv_prep(fp);
330     kftp_send_cmd(fp, fp->size_cmd, 1);
331 #ifndef _WIN32
332     if ( sscanf(fp->response,"%*d %lld", &file_size) != 1 )
333     {
334         fprintf(stderr,"[kftp_connect_file] %s\n", fp->response);
335         return -1;
336     }
337 #else
338         const char *p = fp->response;
339         while (*p != ' ') ++p;
340         while (*p < '0' || *p > '9') ++p;
341         file_size = strtoint64(p);
342 #endif
343         fp->file_size = file_size;
344         if (fp->offset>=0) {
345                 char tmp[32];
346 #ifndef _WIN32
347                 sprintf(tmp, "REST %lld\r\n", (long long)fp->offset);
348 #else
349                 strcpy(tmp, "REST ");
350                 int64tostr(tmp + 5, fp->offset);
351                 strcat(tmp, "\r\n");
352 #endif
353                 kftp_send_cmd(fp, tmp, 1);
354         }
355         kftp_send_cmd(fp, fp->retr, 0);
356         kftp_pasv_connect(fp);
357         ret = kftp_get_response(fp);
358         if (ret != 150) {
359                 fprintf(stderr, "[kftp_connect_file] %s\n", fp->response);
360                 netclose(fp->fd);
361                 fp->fd = -1;
362                 return -1;
363         }
364         fp->is_ready = 1;
365         return 0;
366 }
367
368
369 /**************************
370  * HTTP specific routines *
371  **************************/
372
373 knetFile *khttp_parse_url(const char *fn, const char *mode)
374 {
375         knetFile *fp;
376         char *p, *proxy, *q;
377         int l;
378         if (strstr(fn, "http://") != fn) return 0;
379         // set ->http_host
380         for (p = (char*)fn + 7; *p && *p != '/'; ++p);
381         l = p - fn - 7;
382         fp = calloc(1, sizeof(knetFile));
383         fp->http_host = calloc(l + 1, 1);
384         strncpy(fp->http_host, fn + 7, l);
385         fp->http_host[l] = 0;
386         for (q = fp->http_host; *q && *q != ':'; ++q);
387         if (*q == ':') *q++ = 0;
388         // get http_proxy
389         proxy = getenv("http_proxy");
390         // set ->host, ->port and ->path
391         if (proxy == 0) {
392                 fp->host = strdup(fp->http_host); // when there is no proxy, server name is identical to http_host name.
393                 fp->port = strdup(*q? q : "80");
394                 fp->path = strdup(*p? p : "/");
395         } else {
396                 fp->host = (strstr(proxy, "http://") == proxy)? strdup(proxy + 7) : strdup(proxy);
397                 for (q = fp->host; *q && *q != ':'; ++q);
398                 if (*q == ':') *q++ = 0; 
399                 fp->port = strdup(*q? q : "80");
400                 fp->path = strdup(fn);
401         }
402         fp->type = KNF_TYPE_HTTP;
403         fp->ctrl_fd = fp->fd = -1;
404         fp->seek_offset = 0;
405         return fp;
406 }
407
408 int khttp_connect_file(knetFile *fp)
409 {
410         int ret, l = 0;
411         char *buf, *p;
412         if (fp->fd != -1) netclose(fp->fd);
413         fp->fd = socket_connect(fp->host, fp->port);
414         buf = calloc(0x10000, 1); // FIXME: I am lazy... But in principle, 64KB should be large enough.
415         l += sprintf(buf + l, "GET %s HTTP/1.0\r\nHost: %s\r\n", fp->path, fp->http_host);
416     l += sprintf(buf + l, "Range: bytes=%lld-\r\n", (long long)fp->offset);
417         l += sprintf(buf + l, "\r\n");
418         netwrite(fp->fd, buf, l);
419         l = 0;
420         while (netread(fp->fd, buf + l, 1)) { // read HTTP header; FIXME: bad efficiency
421                 if (buf[l] == '\n' && l >= 3)
422                         if (strncmp(buf + l - 3, "\r\n\r\n", 4) == 0) break;
423                 ++l;
424         }
425         buf[l] = 0;
426         if (l < 14) { // prematured header
427                 netclose(fp->fd);
428                 fp->fd = -1;
429                 return -1;
430         }
431         ret = strtol(buf + 8, &p, 0); // HTTP return code
432         if (ret == 200 && fp->offset>0) { // 200 (complete result); then skip beginning of the file
433                 off_t rest = fp->offset;
434                 while (rest) {
435                         off_t l = rest < 0x10000? rest : 0x10000;
436                         rest -= my_netread(fp->fd, buf, l);
437                 }
438         } else if (ret != 206 && ret != 200) {
439                 free(buf);
440                 fprintf(stderr, "[khttp_connect_file] fail to open file (HTTP code: %d).\n", ret);
441                 netclose(fp->fd);
442                 fp->fd = -1;
443                 return -1;
444         }
445         free(buf);
446         fp->is_ready = 1;
447         return 0;
448 }
449
450 /********************
451  * Generic routines *
452  ********************/
453
454 knetFile *knet_open(const char *fn, const char *mode)
455 {
456         knetFile *fp = 0;
457         if (mode[0] != 'r') {
458                 fprintf(stderr, "[kftp_open] only mode \"r\" is supported.\n");
459                 return 0;
460         }
461         if (strstr(fn, "ftp://") == fn) {
462                 fp = kftp_parse_url(fn, mode);
463                 if (fp == 0) return 0;
464                 if (kftp_connect(fp) == -1) {
465                         knet_close(fp);
466                         return 0;
467                 }
468                 kftp_connect_file(fp);
469         } else if (strstr(fn, "http://") == fn) {
470                 fp = khttp_parse_url(fn, mode);
471                 if (fp == 0) return 0;
472                 khttp_connect_file(fp);
473         } else { // local file
474 #ifdef _WIN32
475                 /* In windows, O_BINARY is necessary. In Linux/Mac, O_BINARY may
476                  * be undefined on some systems, although it is defined on my
477                  * Mac and the Linux I have tested on. */
478                 int fd = open(fn, O_RDONLY | O_BINARY);
479 #else           
480                 int fd = open(fn, O_RDONLY);
481 #endif
482                 if (fd == -1) {
483                         perror("open");
484                         return 0;
485                 }
486                 fp = (knetFile*)calloc(1, sizeof(knetFile));
487                 fp->type = KNF_TYPE_LOCAL;
488                 fp->fd = fd;
489                 fp->ctrl_fd = -1;
490         }
491         if (fp && fp->fd == -1) {
492                 knet_close(fp);
493                 return 0;
494         }
495         return fp;
496 }
497
498 knetFile *knet_dopen(int fd, const char *mode)
499 {
500         knetFile *fp = (knetFile*)calloc(1, sizeof(knetFile));
501         fp->type = KNF_TYPE_LOCAL;
502         fp->fd = fd;
503         return fp;
504 }
505
506 off_t knet_read(knetFile *fp, void *buf, off_t len)
507 {
508         off_t l = 0;
509         if (fp->fd == -1) return 0;
510         if (fp->type == KNF_TYPE_FTP) {
511                 if (fp->is_ready == 0) {
512                         if (!fp->no_reconnect) kftp_reconnect(fp);
513                         kftp_connect_file(fp);
514                 }
515         } else if (fp->type == KNF_TYPE_HTTP) {
516                 if (fp->is_ready == 0)
517                         khttp_connect_file(fp);
518         }
519         if (fp->type == KNF_TYPE_LOCAL) { // on Windows, the following block is necessary; not on UNIX
520                 off_t rest = len, curr;
521                 while (rest) {
522                         curr = read(fp->fd, buf + l, rest);
523                         if (curr == 0) break;
524                         l += curr; rest -= curr;
525                 }
526         } else l = my_netread(fp->fd, buf, len);
527         fp->offset += l;
528         return l;
529 }
530
531 off_t knet_seek(knetFile *fp, int64_t off, int whence)
532 {
533         if (whence == SEEK_SET && off == fp->offset) return 0;
534         if (fp->type == KNF_TYPE_LOCAL) {
535                 /* Be aware that lseek() returns the offset after seeking,
536                  * while fseek() returns zero on success. */
537                 off_t offset = lseek(fp->fd, off, whence);
538                 if (offset == -1) {
539             // Be silent, it is OK for knet_seek to fail when the file is streamed
540             // fprintf(stderr,"[knet_seek] %s\n", strerror(errno));
541                         return -1;
542                 }
543                 fp->offset = offset;
544                 return 0;
545         }
546     else if (fp->type == KNF_TYPE_FTP) 
547     {
548         if (whence==SEEK_CUR)
549             fp->offset += off;
550         else if (whence==SEEK_SET)
551             fp->offset = off;
552         else if ( whence==SEEK_END)
553             fp->offset = fp->file_size+off;
554                 fp->is_ready = 0;
555                 return 0;
556         } 
557     else if (fp->type == KNF_TYPE_HTTP) 
558     {
559                 if (whence == SEEK_END) { // FIXME: can we allow SEEK_END in future?
560                         fprintf(stderr, "[knet_seek] SEEK_END is not supported for HTTP. Offset is unchanged.\n");
561                         errno = ESPIPE;
562                         return -1;
563                 }
564         if (whence==SEEK_CUR)
565             fp->offset += off;
566         else if (whence==SEEK_SET)
567             fp->offset = off;
568                 fp->is_ready = 0;
569                 return fp->offset;
570         }
571         errno = EINVAL;
572     fprintf(stderr,"[knet_seek] %s\n", strerror(errno));
573         return -1;
574 }
575
576 int knet_close(knetFile *fp)
577 {
578         if (fp == 0) return 0;
579         if (fp->ctrl_fd != -1) netclose(fp->ctrl_fd); // FTP specific
580         if (fp->fd != -1) {
581                 /* On Linux/Mac, netclose() is an alias of close(), but on
582                  * Windows, it is an alias of closesocket(). */
583                 if (fp->type == KNF_TYPE_LOCAL) close(fp->fd);
584                 else netclose(fp->fd);
585         }
586         free(fp->host); free(fp->port);
587         free(fp->response); free(fp->retr); // FTP specific
588         free(fp->path); free(fp->http_host); // HTTP specific
589         free(fp);
590         return 0;
591 }
592
593 #ifdef KNETFILE_MAIN
594 int main(void)
595 {
596         char *buf;
597         knetFile *fp;
598         int type = 4, l;
599 #ifdef _WIN32
600         knet_win32_init();
601 #endif
602         buf = calloc(0x100000, 1);
603         if (type == 0) {
604                 fp = knet_open("knetfile.c", "r");
605                 knet_seek(fp, 1000, SEEK_SET);
606         } else if (type == 1) { // NCBI FTP, large file
607                 fp = knet_open("ftp://ftp.ncbi.nih.gov/1000genomes/ftp/data/NA12878/alignment/NA12878.chrom6.SLX.SRP000032.2009_06.bam", "r");
608                 knet_seek(fp, 2500000000ll, SEEK_SET);
609                 l = knet_read(fp, buf, 255);
610         } else if (type == 2) {
611                 fp = knet_open("ftp://ftp.sanger.ac.uk/pub4/treefam/tmp/index.shtml", "r");
612                 knet_seek(fp, 1000, SEEK_SET);
613         } else if (type == 3) {
614                 fp = knet_open("http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/index.shtml", "r");
615                 knet_seek(fp, 1000, SEEK_SET);
616         } else if (type == 4) {
617                 fp = knet_open("http://www.sanger.ac.uk/Users/lh3/ex1.bam", "r");
618                 knet_read(fp, buf, 10000);
619                 knet_seek(fp, 20000, SEEK_SET);
620                 knet_seek(fp, 10000, SEEK_SET);
621                 l = knet_read(fp, buf+10000, 10000000) + 10000;
622         }
623         if (type != 4 && type != 1) {
624                 knet_read(fp, buf, 255);
625                 buf[255] = 0;
626                 printf("%s\n", buf);
627         } else write(fileno(stdout), buf, l);
628         knet_close(fp);
629         free(buf);
630         return 0;
631 }
632 #endif