# Uploaded samtools version 0.1.14-1.
[samtools.git] / kprobaln.h
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3    Copyright (c) 2003-2006, 2008, 2009 by Heng Li <lh3@live.co.uk>
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13    The above copyright notice and this permission notice shall be
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21    ACTION OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN
22    CONNECTION WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE
23    SOFTWARE.
24 */
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26 #ifndef LH3_KPROBALN_H_
27 #define LH3_KPROBALN_H_
28
29 #include <stdint.h>
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31 typedef struct {
32         float d, e;
33         int bw;
34 } kpa_par_t;
35
36 #ifdef __cplusplus
37 extern "C" {
38 #endif
39
40         int kpa_glocal(const uint8_t *_ref, int l_ref, const uint8_t *_query, int l_query, const uint8_t *iqual,
41                                    const kpa_par_t *c, int *state, uint8_t *q);
42
43 #ifdef __cplusplus
44 }
45 #endif
46
47 extern kpa_par_t kpa_par_def, kpa_par_alt;
48
49 #endif