# New upstream release.
[samtools.git] / kstring.c
1 #include <stdarg.h>
2 #include <stdio.h>
3 #include <ctype.h>
4 #include <string.h>
5 #include <stdint.h>
6 #include "kstring.h"
7
8 int ksprintf(kstring_t *s, const char *fmt, ...)
9 {
10         va_list ap;
11         int l;
12         va_start(ap, fmt);
13         l = vsnprintf(s->s + s->l, s->m - s->l, fmt, ap); // This line does not work with glibc 2.0. See `man snprintf'.
14         va_end(ap);
15         if (l + 1 > s->m - s->l) {
16                 s->m = s->l + l + 2;
17                 kroundup32(s->m);
18                 s->s = (char*)realloc(s->s, s->m);
19                 va_start(ap, fmt);
20                 l = vsnprintf(s->s + s->l, s->m - s->l, fmt, ap);
21         }
22         va_end(ap);
23         s->l += l;
24         return l;
25 }
26
27 char *kstrtok(const char *str, const char *sep, ks_tokaux_t *aux)
28 {
29         const char *p, *start;
30         if (sep) { // set up the table
31                 if (str == 0 && (aux->tab[0]&1)) return 0; // no need to set up if we have finished
32                 aux->tab[0] = aux->tab[1] = aux->tab[2] = aux->tab[3] = 0;
33                 for (p = sep; *p; ++p)
34                         aux->tab[*p/64] |= 1ull<<(*p%64);
35         }
36         if (str) aux->p = str - 1, aux->tab[0] &= ~1ull;
37         else if (aux->tab[0]&1) return 0;
38         for (p = start = aux->p + 1; *p; ++p)
39                 if (aux->tab[*p/64]>>(*p%64)&1) break;
40         aux->p = p; // end of token
41         if (*p == 0) aux->tab[0] |= 1; // no more tokens
42         return (char*)start;
43 }
44
45 // s MUST BE a null terminated string; l = strlen(s)
46 int ksplit_core(char *s, int delimiter, int *_max, int **_offsets)
47 {
48         int i, n, max, last_char, last_start, *offsets, l;
49         n = 0; max = *_max; offsets = *_offsets;
50         l = strlen(s);
51         
52 #define __ksplit_aux do {                                                                                               \
53                 if (_offsets) {                                                                                                 \
54                         s[i] = 0;                                                                                                       \
55                         if (n == max) {                                                                                         \
56                                 max = max? max<<1 : 2;                                                                  \
57                                 offsets = (int*)realloc(offsets, sizeof(int) * max);    \
58                         }                                                                                                                       \
59                         offsets[n++] = last_start;                                                                      \
60                 } else ++n;                                                                                                             \
61         } while (0)
62
63         for (i = 0, last_char = last_start = 0; i <= l; ++i) {
64                 if (delimiter == 0) {
65                         if (isspace(s[i]) || s[i] == 0) {
66                                 if (isgraph(last_char)) __ksplit_aux; // the end of a field
67                         } else {
68                                 if (isspace(last_char) || last_char == 0) last_start = i;
69                         }
70                 } else {
71                         if (s[i] == delimiter || s[i] == 0) {
72                                 if (last_char != 0 && last_char != delimiter) __ksplit_aux; // the end of a field
73                         } else {
74                                 if (last_char == delimiter || last_char == 0) last_start = i;
75                         }
76                 }
77                 last_char = s[i];
78         }
79         *_max = max; *_offsets = offsets;
80         return n;
81 }
82
83 /**********************
84  * Boyer-Moore search *
85  **********************/
86
87 typedef unsigned char ubyte_t;
88
89 // reference: http://www-igm.univ-mlv.fr/~lecroq/string/node14.html
90 static int *ksBM_prep(const ubyte_t *pat, int m)
91 {
92         int i, *suff, *prep, *bmGs, *bmBc;
93         prep = calloc(m + 256, sizeof(int));
94         bmGs = prep; bmBc = prep + m;
95         { // preBmBc()
96                 for (i = 0; i < 256; ++i) bmBc[i] = m;
97                 for (i = 0; i < m - 1; ++i) bmBc[pat[i]] = m - i - 1;
98         }
99         suff = calloc(m, sizeof(int));
100         { // suffixes()
101                 int f = 0, g;
102                 suff[m - 1] = m;
103                 g = m - 1;
104                 for (i = m - 2; i >= 0; --i) {
105                         if (i > g && suff[i + m - 1 - f] < i - g)
106                                 suff[i] = suff[i + m - 1 - f];
107                         else {
108                                 if (i < g) g = i;
109                                 f = i;
110                                 while (g >= 0 && pat[g] == pat[g + m - 1 - f]) --g;
111                                 suff[i] = f - g;
112                         }
113                 }
114         }
115         { // preBmGs()
116                 int j = 0;
117                 for (i = 0; i < m; ++i) bmGs[i] = m;
118                 for (i = m - 1; i >= 0; --i)
119                         if (suff[i] == i + 1)
120                                 for (; j < m - 1 - i; ++j)
121                                         if (bmGs[j] == m)
122                                                 bmGs[j] = m - 1 - i;
123                 for (i = 0; i <= m - 2; ++i)
124                         bmGs[m - 1 - suff[i]] = m - 1 - i;
125         }
126         free(suff);
127         return prep;
128 }
129
130 void *kmemmem(const void *_str, int n, const void *_pat, int m, int **_prep)
131 {
132         int i, j, *prep = 0, *bmGs, *bmBc;
133         const ubyte_t *str, *pat;
134         str = (const ubyte_t*)_str; pat = (const ubyte_t*)_pat;
135         prep = (_prep == 0 || *_prep == 0)? ksBM_prep(pat, m) : *_prep;
136         if (_prep && *_prep == 0) *_prep = prep;
137         bmGs = prep; bmBc = prep + m;
138         j = 0;
139         while (j <= n - m) {
140                 for (i = m - 1; i >= 0 && pat[i] == str[i+j]; --i);
141                 if (i >= 0) {
142                         int max = bmBc[str[i+j]] - m + 1 + i;
143                         if (max < bmGs[i]) max = bmGs[i];
144                         j += max;
145                 } else return (void*)(str + j);
146         }
147         if (_prep == 0) free(prep);
148         return 0;
149 }
150
151 char *kstrstr(const char *str, const char *pat, int **_prep)
152 {
153         return (char*)kmemmem(str, strlen(str), pat, strlen(pat), _prep);
154 }
155
156 char *kstrnstr(const char *str, const char *pat, int n, int **_prep)
157 {
158         return (char*)kmemmem(str, n, pat, strlen(pat), _prep);
159 }
160
161 /***********************
162  * The main() function *
163  ***********************/
164
165 #ifdef KSTRING_MAIN
166 #include <stdio.h>
167 int main()
168 {
169         kstring_t *s;
170         int *fields, n, i;
171         ks_tokaux_t aux;
172         char *p;
173         s = (kstring_t*)calloc(1, sizeof(kstring_t));
174         // test ksprintf()
175         ksprintf(s, " abcdefg:    %d ", 100);
176         printf("'%s'\n", s->s);
177         // test ksplit()
178         fields = ksplit(s, 0, &n);
179         for (i = 0; i < n; ++i)
180                 printf("field[%d] = '%s'\n", i, s->s + fields[i]);
181         // test kstrtok()
182         s->l = 0;
183         for (p = kstrtok("ab:cde:fg/hij::k", ":/", &aux); p; p = kstrtok(0, 0, &aux)) {
184                 kputsn(p, aux.p - p, s);
185                 kputc('\n', s);
186         }
187         printf("%s", s->s);
188         // free
189         free(s->s); free(s); free(fields);
190
191         {
192                 static char *str = "abcdefgcdgcagtcakcdcd";
193                 static char *pat = "cd";
194                 char *ret, *s = str;
195                 int *prep = 0;
196                 while ((ret = kstrstr(s, pat, &prep)) != 0) {
197                         printf("match: %s\n", ret);
198                         s = ret + prep[0];
199                 }
200                 free(prep);
201         }
202         return 0;
203 }
204 #endif