Added notes on how the package is tested.
[samtools.git] / kstring.h
1 #ifndef KSTRING_H
2 #define KSTRING_H
3
4 #include <stdlib.h>
5 #include <string.h>
6 #include <stdint.h>
7
8 #ifndef kroundup32
9 #define kroundup32(x) (--(x), (x)|=(x)>>1, (x)|=(x)>>2, (x)|=(x)>>4, (x)|=(x)>>8, (x)|=(x)>>16, ++(x))
10 #endif
11
12 #ifndef KSTRING_T
13 #define KSTRING_T kstring_t
14 typedef struct __kstring_t {
15         size_t l, m;
16         char *s;
17 } kstring_t;
18 #endif
19
20 int ksprintf(kstring_t *s, const char *fmt, ...);
21 int ksplit_core(char *s, int delimiter, int *_max, int **_offsets);
22
23 // calculate the auxiliary array, allocated by calloc()
24 int *ksBM_prep(const uint8_t *pat, int m);
25
26 /* Search pat in str and returned the list of matches. The size of the
27  * list is returned as n_matches. _prep is the array returned by
28  * ksBM_prep(). If it is a NULL pointer, ksBM_prep() will be called. */
29 int *ksBM_search(const uint8_t *str, int n, const uint8_t *pat, int m, int *_prep, int *n_matches);
30
31 static inline int kputsn(const char *p, int l, kstring_t *s)
32 {
33         if (s->l + l + 1 >= s->m) {
34                 s->m = s->l + l + 2;
35                 kroundup32(s->m);
36                 s->s = (char*)realloc(s->s, s->m);
37         }
38         strncpy(s->s + s->l, p, l);
39         s->l += l;
40         s->s[s->l] = 0;
41         return l;
42 }
43
44 static inline int kputs(const char *p, kstring_t *s)
45 {
46         return kputsn(p, strlen(p), s);
47 }
48
49 static inline int kputc(int c, kstring_t *s)
50 {
51         if (s->l + 1 >= s->m) {
52                 s->m = s->l + 2;
53                 kroundup32(s->m);
54                 s->s = (char*)realloc(s->s, s->m);
55         }
56         s->s[s->l++] = c;
57         s->s[s->l] = 0;
58         return c;
59 }
60
61 static inline int kputw(int c, kstring_t *s)
62 {
63         char buf[16];
64         int l, x;
65         if (c == 0) return kputc('0', s);
66         for (l = 0, x = c < 0? -c : c; x > 0; x /= 10) buf[l++] = x%10 + '0';
67         if (c < 0) buf[l++] = '-';
68         if (s->l + l + 1 >= s->m) {
69                 s->m = s->l + l + 2;
70                 kroundup32(s->m);
71                 s->s = (char*)realloc(s->s, s->m);
72         }
73         for (x = l - 1; x >= 0; --x) s->s[s->l++] = buf[x];
74         s->s[s->l] = 0;
75         return 0;
76 }
77
78 static inline int kputuw(unsigned c, kstring_t *s)
79 {
80         char buf[16];
81         int l, i;
82         unsigned x;
83         if (c == 0) return kputc('0', s);
84         for (l = 0, x = c; x > 0; x /= 10) buf[l++] = x%10 + '0';
85         if (s->l + l + 1 >= s->m) {
86                 s->m = s->l + l + 2;
87                 kroundup32(s->m);
88                 s->s = (char*)realloc(s->s, s->m);
89         }
90         for (i = l - 1; i >= 0; --i) s->s[s->l++] = buf[i];
91         s->s[s->l] = 0;
92         return 0;
93 }
94
95 static inline int *ksplit(kstring_t *s, int delimiter, int *n)
96 {
97         int max = 0, *offsets = 0;
98         *n = ksplit_core(s->s, delimiter, &max, &offsets);
99         return offsets;
100 }
101
102 #endif