misc/md5fa.c

   1 #include <stdio.h>
   2 #include <zlib.h>
   3 #include "md5.h"
   4 #include "kseq.h"
   5
   6 #define HEX_STR "0123456789abcdef"
   7
   8 KSEQ_INIT(gzFile, gzread)
   9
  10 static void md5_one(const char *fn)
  11 {
  12         MD5_CTX md5_one, md5_all;
  13         int l, i, k;
  14         gzFile fp;
  15         kseq_t *seq;
  16         unsigned char unordered[16];
  17
  18         for (l = 0; l < 16; ++l) unordered[l] = 0;
  19         fp = strcmp(fn, "-")? gzopen(fn, "r") : gzdopen(fileno(stdin), "r");
  20         if (fp == 0) {
  21                 fprintf(stderr, "md5fa: %s: No such file or directory\n", fn);
  22                 exit(1);
  23         }
  24
  25         MD5Init(&md5_all);
  26         seq = kseq_init(fp);
  27         while ((l = kseq_read(seq)) >= 0) {
  28                 for (i = k = 0; i < seq->seq.l; ++i) {
  29                         if (islower(seq->seq.s[i])) seq->seq.s[k++] = toupper(seq->seq.s[i]);
  30                         else if (isupper(seq->seq.s[i])) seq->seq.s[k++] = seq->seq.s[i];
  31                 }
  32                 MD5Init(&md5_one);
  33                 MD5Update(&md5_one, (unsigned char*)seq->seq.s, k);
  34                 MD5Final(&md5_one);
  35                 for (l = 0; l < 16; ++l) {
  36                         printf("%c%c", HEX_STR[md5_one.digest[l]>>4&0xf], HEX_STR[md5_one.digest[l]&0xf]);
  37                         unordered[l] ^= md5_one.digest[l];
  38                 }
  39                 printf("  %s  %s\n", fn, seq->name.s);
  40                 MD5Update(&md5_all, (unsigned char*)seq->seq.s, k);
  41         }
  42         MD5Final(&md5_all);
  43         kseq_destroy(seq);
  44         for (l = 0; l < 16; ++l)
  45                 printf("%c%c", HEX_STR[md5_all.digest[l]>>4&0xf], HEX_STR[md5_all.digest[l]&0xf]);
  46         printf("  %s  >ordered\n", fn);
  47         for (l = 0; l < 16; ++l)
  48                 printf("%c%c", HEX_STR[unordered[l]>>4&0xf], HEX_STR[unordered[l]&0xf]);
  49         printf("  %s  >unordered\n", fn);
  50 }
  51
  52 int main(int argc, char *argv[])
  53 {
  54         int i;
  55         if (argc == 1) md5_one("-");
  56         else for (i = 1; i < argc; ++i) md5_one(argv[i]);
  57         return 0;
  58 }