misc/wgsim_eval.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 # Contact: lh3
   4 # Version: 0.1.3
   5
   6 use strict;
   7 use warnings;
   8 use Getopt::Std;
   9
  10 &wgsim_eval;
  11 exit;
  12
  13 sub wgsim_eval {
  14   my %opts;
  15   getopts('pc', \%opts);
  16   die("Usage: wgsim_eval.pl [-pc] <in.sam>\n") if (@ARGV == 0 && -t STDIN);
  17   my (@c0, @c1);
  18   my ($max_q, $flag) = (0, 0);
  19   my $gap = 5;
  20   $flag |= 1 if (defined $opts{p});
  21   $flag |= 2 if (defined $opts{c});
  22   while (<>) {
  23         my @t = split;
  24         my $line = $_;
  25         my ($q, $is_correct, $chr, $left, $rght) = (int($t[4]/10), 1, $t[2], $t[3], $t[3]);
  26         $max_q = $q if ($q > $max_q);
  27         # right coordinate
  28         $_ = $t[5]; s/(\d+)[MDN]/$rght+=$1,'x'/eg;
  29         --$rght;
  30         # correct for soft clipping
  31         $left -= $1 if (/^(\d+)S/);
  32         $rght += $1 if (/(\d+)S$/);
  33         # skip unmapped reads
  34         next if (($t[1]&0x4) || $chr eq '*');
  35         # parse read name and check
  36         if ($t[0] =~ /^(\S+)_(\d+)_(\d+)_/) {
  37           if ($1 ne $chr) { # different chr
  38                 $is_correct = 0;
  39           } else {
  40                 if ($flag & 2) {
  41                   if (($t[1]&0x40) && !($t[1]&0x10)) { # F3, forward
  42                         $is_correct = 0 if (abs($2 - $left) > $gap);
  43                   } elsif (($t[1]&0x40) && ($t[1]&0x10)) { # F3, reverse
  44                         $is_correct = 0 if (abs($3 - $rght) > $gap);
  45                   } elsif (($t[1]&0x80) && !($t[1]&0x10)) { # R3, forward
  46                         $is_correct = 0 if (abs($3 - $left) > $gap);
  47                   } else { # R3, reverse
  48                         $is_correct = 0 if (abs($2 - $rght) > $gap);
  49                   }
  50                 } else {
  51                   if ($t[1] & 0x10) { # reverse
  52                         $is_correct = 0 if (abs($3 - $rght) > $gap); # in case of indels that are close to the end of a reads
  53                   } else {
  54                         $is_correct = 0 if (abs($2 - $left) > $gap);
  55                   }
  56                 }
  57           }
  58         } else {
  59           warn("[wgsim_eval] read '$t[0]' was not generated by wgsim?\n");
  60           next;
  61         }
  62         ++$c0[$q];
  63         ++$c1[$q] unless ($is_correct);
  64         print STDERR $line if (($flag&1) && !$is_correct && $q > 0);
  65   }
  66   # print
  67   my ($cc0, $cc1) = (0, 0);
  68   for (my $i = $max_q; $i >= 0; --$i) {
  69         $c0[$i] = 0 unless (defined $c0[$i]);
  70         $c1[$i] = 0 unless (defined $c1[$i]);
  71         $cc0 += $c0[$i]; $cc1 += $c1[$i];
  72         printf("%.2dx %12d / %-12d  %12d  %.3e\n", $i, $c1[$i], $c0[$i], $cc0, $cc1/$cc0);
  73   }
  74 }