misc/zoom2sam.pl

   1 #!/usr/bin/perl -w
   2
   3 # Contact: lh3
   4 # Version: 0.1.0
   5
   6 use strict;
   7 use warnings;
   8 use Getopt::Std;
   9
  10 &zoom2sam;
  11 exit;
  12
  13 sub mating {
  14   my ($s1, $s2) = @_;
  15   my $isize = 0;
  16   if ($s1->[2] ne '*' && $s1->[2] eq $s2->[2]) { # then calculate $isize
  17         my $x1 = ($s1->[1] & 0x10)? $s1->[3] + length($s1->[9]) : $s1->[3];
  18         my $x2 = ($s2->[1] & 0x10)? $s2->[3] + length($s2->[9]) : $s2->[3];
  19         $isize = $x2 - $x1;
  20   }
  21   # update mate coordinate
  22   if ($s2->[2] ne '*') {
  23         @$s1[6..8] = (($s2->[2] eq $s1->[2])? "=" : $s2->[2], $s2->[3], $isize);
  24         $s1->[1] |= 0x20 if ($s2->[1] & 0x10);
  25   } else {
  26         $s1->[1] |= 0x8;
  27   }
  28   if ($s1->[2] ne '*') {
  29         @$s2[6..8] = (($s1->[2] eq $s2->[2])? "=" : $s1->[2], $s1->[3], -$isize);
  30         $s2->[1] |= 0x20 if ($s1->[1] & 0x10);
  31   } else {
  32         $s2->[1] |= 0x8;
  33   }
  34 }
  35
  36 sub zoom2sam {
  37   my %opts = ();
  38   getopts("p", \%opts);
  39   die("Usage: zoom2sam.pl [-p] <readLen> <aln.zoom>
  40 Warnings: This script only supports the default Illumina outputs.\n") if (@ARGV < 2);
  41   my $is_paired = defined($opts{p});
  42   my $len = shift(@ARGV);
  43   # core loop
  44   my @s1 = ();
  45   my @s2 = ();
  46   my ($s_last, $s_curr) = (\@s1, \@s2);
  47   while (<>) {
  48         &zoom2sam_aux($_, $s_curr, $is_paired, $len);
  49         if (@$s_last != 0 && $s_last->[0] eq $s_curr->[0]) {
  50           &mating($s_last, $s_curr);
  51           print join("\t", @$s_last), "\n";
  52           print join("\t", @$s_curr), "\n";
  53           @$s_last = (); @$s_curr = ();
  54         } else {
  55           print join("\t", @$s_last), "\n" if (@$s_last != 0);
  56           my $s = $s_last; $s_last = $s_curr; $s_curr = $s;
  57         }
  58   }
  59   print join("\t", @$s_last), "\n" if (@$s_last != 0);
  60 }
  61
  62 sub zoom2sam_aux {
  63   my ($line, $s, $is_paired, $len) = @_;
  64   chomp($line);
  65   my @t = split("\t", $line);
  66   @$s = ();
  67   # read name
  68   $s->[0] = $t[0];
  69   # initial flag (will be updated later)
  70   $s->[1] = 0;
  71   $s->[1] |= 1 | 1<<6 if ($s->[0] =~ /_F$/);
  72   $s->[1] |= 1 | 1<<7 if ($s->[0] =~ /_R$/);
  73   $s->[1] |= 2 if ($is_paired);
  74   # read & quality
  75   $s->[9] = "*"; $s->[10] = "*";
  76   # cigar
  77   $s->[5] = $len . "M";
  78   # coor
  79   my @s = split(/\s+/, $t[1]);
  80   $s->[2] = $s[0];
  81   $t[1] =~ /:(\d+)$/;
  82   $s->[3] = $1 + 1;
  83   if ($s->[0] =~ /_[FR]$/) {
  84         my $u = ($s->[0] =~ /_F$/)? 1 : 0;
  85         my $w = ($t[2] eq '+')? 1 : 0;
  86         $s->[1] |= 0x10 if ($u ^ $w);
  87         $s->[0] =~ s/_[FR]$//;
  88   } else {
  89         $s->[1] |= 0x10 if ($t[2] eq '-');
  90   }
  91   # mapQ
  92   $s->[4] = 30;
  93   # mate coordinate
  94   $s->[6] = '*'; $s->[7] = $s->[8] = 0;
  95   # aux
  96   push(@$s, "NM:i:$t[3]");
  97 }