sam_view.c

   1 #include <stdlib.h>
   2 #include <string.h>
   3 #include <stdio.h>
   4 #include <unistd.h>
   5 #include <math.h>
   6 #include "sam_header.h"
   7 #include "sam.h"
   8 #include "faidx.h"
   9
  10 static int g_min_mapQ = 0, g_flag_on = 0, g_flag_off = 0;
  11 static char *g_library, *g_rg;
  12 static int g_sol2sanger_tbl[128];
  13
  14 static void sol2sanger(bam1_t *b)
  15 {
  16         int l;
  17         uint8_t *qual = bam1_qual(b);
  18         if (g_sol2sanger_tbl[30] == 0) {
  19                 for (l = 0; l != 128; ++l) {
  20                         g_sol2sanger_tbl[l] = (int)(10.0 * log(1.0 + pow(10.0, (l - 64 + 33) / 10.0)) / log(10.0) + .499);
  21                         if (g_sol2sanger_tbl[l] >= 93) g_sol2sanger_tbl[l] = 93;
  22                 }
  23         }
  24         for (l = 0; l < b->core.l_qseq; ++l) {
  25                 int q = qual[l];
  26                 if (q > 127) q = 127;
  27                 qual[l] = g_sol2sanger_tbl[q];
  28         }
  29 }
  30
  31 static inline int __g_skip_aln(const bam_header_t *h, const bam1_t *b)
  32 {
  33         if (b->core.qual < g_min_mapQ || ((b->core.flag & g_flag_on) != g_flag_on) || (b->core.flag & g_flag_off))
  34                 return 1;
  35         if (g_rg) {
  36                 uint8_t *s = bam_aux_get(b, "RG");
  37                 if (s && strcmp(g_rg, (char*)(s + 1)) == 0) return 0;
  38         }
  39         if (g_library) {
  40                 const char *p = bam_get_library((bam_header_t*)h, b);
  41                 return (p && strcmp(p, g_library) == 0)? 0 : 1;
  42         }
  43         return 0;
  44 }
  45
  46 // callback function for bam_fetch()
  47 static int view_func(const bam1_t *b, void *data)
  48 {
  49         if (!__g_skip_aln(((samfile_t*)data)->header, b))
  50                 samwrite((samfile_t*)data, b);
  51         return 0;
  52 }
  53
  54 static int usage(int is_long_help);
  55
  56 int main_samview(int argc, char *argv[])
  57 {
  58         int c, is_header = 0, is_header_only = 0, is_bamin = 1, ret = 0, is_uncompressed = 0, is_bamout = 0, slx2sngr = 0;
  59         int of_type = BAM_OFDEC, is_long_help = 0;
  60         samfile_t *in = 0, *out = 0;
  61         char in_mode[5], out_mode[5], *fn_out = 0, *fn_list = 0, *fn_ref = 0;
  62
  63         /* parse command-line options */
  64         strcpy(in_mode, "r"); strcpy(out_mode, "w");
  65         while ((c = getopt(argc, argv, "Sbt:hHo:q:f:F:ul:r:xX?T:C")) >= 0) {
  66                 switch (c) {
  67                 case 'C': slx2sngr = 1; break;
  68                 case 'S': is_bamin = 0; break;
  69                 case 'b': is_bamout = 1; break;
  70                 case 't': fn_list = strdup(optarg); is_bamin = 0; break;
  71                 case 'h': is_header = 1; break;
  72                 case 'H': is_header_only = 1; break;
  73                 case 'o': fn_out = strdup(optarg); break;
  74                 case 'f': g_flag_on = strtol(optarg, 0, 0); break;
  75                 case 'F': g_flag_off = strtol(optarg, 0, 0); break;
  76                 case 'q': g_min_mapQ = atoi(optarg); break;
  77                 case 'u': is_uncompressed = 1; break;
  78                 case 'l': g_library = strdup(optarg); break;
  79                 case 'r': g_rg = strdup(optarg); break;
  80                 case 'x': of_type = BAM_OFHEX; break;
  81                 case 'X': of_type = BAM_OFSTR; break;
  82                 case '?': is_long_help = 1; break;
  83                 case 'T': fn_ref = strdup(optarg); is_bamin = 0; break;
  84                 default: return usage(is_long_help);
  85                 }
  86         }
  87         if (is_uncompressed) is_bamout = 1;
  88         if (is_header_only) is_header = 1;
  89         if (is_bamout) strcat(out_mode, "b");
  90         else {
  91                 if (of_type == BAM_OFHEX) strcat(out_mode, "x");
  92                 else if (of_type == BAM_OFSTR) strcat(out_mode, "X");
  93         }
  94         if (is_bamin) strcat(in_mode, "b");
  95         if (is_header) strcat(out_mode, "h");
  96         if (is_uncompressed) strcat(out_mode, "u");
  97         if (argc == optind) return usage(is_long_help);
  98
  99         // generate the fn_list if necessary
 100         if (fn_list == 0 && fn_ref) fn_list = samfaipath(fn_ref);
 101         // open file handlers
 102         if ((in = samopen(argv[optind], in_mode, fn_list)) == 0) {
 103                 fprintf(stderr, "[main_samview] fail to open file for reading.\n");
 104                 goto view_end;
 105         }
 106         if (in->header == 0) {
 107                 fprintf(stderr, "[main_samview] fail to read the header.\n");
 108                 goto view_end;
 109         }
 110         if ((out = samopen(fn_out? fn_out : "-", out_mode, in->header)) == 0) {
 111                 fprintf(stderr, "[main_samview] fail to open file for writing.\n");
 112                 goto view_end;
 113         }
 114         if (is_header_only) goto view_end; // no need to print alignments
 115
 116         if (argc == optind + 1) { // convert/print the entire file
 117                 bam1_t *b = bam_init1();
 118                 int r;
 119                 while ((r = samread(in, b)) >= 0) { // read one alignment from `in'
 120                         if (!__g_skip_aln(in->header, b)) {
 121                                 if (slx2sngr) sol2sanger(b);
 122                                 samwrite(out, b); // write the alignment to `out'
 123                         }
 124                 }
 125                 if (r < -1) fprintf(stderr, "[main_samview] truncated file.\n");
 126                 bam_destroy1(b);
 127         } else { // retrieve alignments in specified regions
 128                 int i;
 129                 bam_index_t *idx = 0;
 130                 if (is_bamin) idx = bam_index_load(argv[optind]); // load BAM index
 131                 if (idx == 0) { // index is unavailable
 132                         fprintf(stderr, "[main_samview] random alignment retrieval only works for indexed BAM files.\n");
 133                         ret = 1;
 134                         goto view_end;
 135                 }
 136                 for (i = optind + 1; i < argc; ++i) {
 137                         int tid, beg, end;
 138                         bam_parse_region(in->header, argv[i], &tid, &beg, &end); // parse a region in the format like `chr2:100-200'
 139                         if (tid < 0) { // reference name is not found
 140                                 fprintf(stderr, "[main_samview] fail to get the reference name. Continue anyway.\n");
 141                                 continue;
 142                         }
 143                         bam_fetch(in->x.bam, idx, tid, beg, end, out, view_func); // fetch alignments
 144                 }
 145                 bam_index_destroy(idx); // destroy the BAM index
 146         }
 147
 148 view_end:
 149         // close files, free and return
 150         free(fn_list); free(fn_ref); free(fn_out); free(g_library); free(g_rg);
 151         samclose(in);
 152         samclose(out);
 153         return ret;
 154 }
 155
 156 static int usage(int is_long_help)
 157 {
 158         fprintf(stderr, "\n");
 159         fprintf(stderr, "Usage:   samtools view [options] <in.bam>|<in.sam> [region1 [...]]\n\n");
 160         fprintf(stderr, "Options: -b       output BAM\n");
 161         fprintf(stderr, "         -h       print header for the SAM output\n");
 162         fprintf(stderr, "         -H       print header only (no alignments)\n");
 163         fprintf(stderr, "         -S       input is SAM\n");
 164         fprintf(stderr, "         -u       uncompressed BAM output (force -b)\n");
 165         fprintf(stderr, "         -x       output FLAG in HEX (samtools-C specific)\n");
 166         fprintf(stderr, "         -X       output FLAG in string (samtools-C specific)\n");
 167         fprintf(stderr, "         -t FILE  list of reference names and lengths (force -S) [null]\n");
 168         fprintf(stderr, "         -T FILE  reference sequence file (force -S) [null]\n");
 169         fprintf(stderr, "         -o FILE  output file name [stdout]\n");
 170         fprintf(stderr, "         -f INT   required flag, 0 for unset [0]\n");
 171         fprintf(stderr, "         -F INT   filtering flag, 0 for unset [0]\n");
 172         fprintf(stderr, "         -q INT   minimum mapping quality [0]\n");
 173         fprintf(stderr, "         -l STR   only output reads in library STR [null]\n");
 174         fprintf(stderr, "         -r STR   only output reads in read group STR [null]\n");
 175         fprintf(stderr, "         -?       longer help\n");
 176         fprintf(stderr, "\n");
 177         if (is_long_help)
 178                 fprintf(stderr, "Notes:\n\
 179 \n\
 180   1. By default, this command assumes the file on the command line is in\n\
 181      the BAM format and it prints the alignments in SAM. If `-t' is\n\
 182      applied, the input file is assumed to be in the SAM format. The\n\
 183      file supplied with `-t' is SPACE/TAB delimited with the first two\n\
 184      fields of each line consisting of the reference name and the\n\
 185      corresponding sequence length. The `.fai' file generated by `faidx'\n\
 186      can be used here. This file may be empty if reads are unaligned.\n\
 187 \n\
 188   2. SAM->BAM conversion: `samtools view -bT ref.fa in.sam.gz'.\n\
 189 \n\
 190   3. BAM->SAM conversion: `samtools view in.bam'.\n\
 191 \n\
 192   4. A region should be presented in one of the following formats:\n\
 193      `chr1', `chr2:1,000' and `chr3:1000-2,000'. When a region is\n\
 194      specified, the input alignment file must be an indexed BAM file.\n\
 195 \n\
 196   5. Option `-u' is preferred over `-b' when the output is piped to\n\
 197      another samtools command.\n\
 198 \n\
 199   6. In a string FLAG, each character represents one bit with\n\
 200      p=0x1 (paired), P=0x2 (properly paired), u=0x4 (unmapped),\n\
 201      U=0x8 (mate unmapped), r=0x10 (reverse), R=0x20 (mate reverse)\n\
 202      1=0x40 (first), 2=0x80 (second), s=0x100 (not primary), \n\
 203      f=0x200 (failure) and d=0x400 (duplicate). Note that `-x' and\n\
 204      `-X' are samtools-C specific. Picard and older samtools do not\n\
 205      support HEX or string flags.\n\
 206 \n");
 207         return 1;
 208 }
 209
 210 int main_import(int argc, char *argv[])
 211 {
 212         int argc2, ret;
 213         char **argv2;
 214         if (argc != 4) {
 215                 fprintf(stderr, "Usage: bamtk import <in.ref_list> <in.sam> <out.bam>\n");
 216                 return 1;
 217         }
 218         argc2 = 6;
 219         argv2 = calloc(6, sizeof(char*));
 220         argv2[0] = "import", argv2[1] = "-o", argv2[2] = argv[3], argv2[3] = "-bt", argv2[4] = argv[1], argv2[5] = argv[2];
 221         ret = main_samview(argc2, argv2);
 222         free(argv2);
 223         return ret;
 224 }