Uploading samtools_0.1.17-1_amd64.changes.
[samtools.git] / sample.c
1 #include <stdlib.h>
2 #include <string.h>
3 #include "sample.h"
4 #include "khash.h"
5 KHASH_MAP_INIT_STR(sm, int)
6
7 bam_sample_t *bam_smpl_init(void)
8 {
9         bam_sample_t *s;
10         s = calloc(1, sizeof(bam_sample_t));
11         s->rg2smid = kh_init(sm);
12         s->sm2id = kh_init(sm);
13         return s;
14 }
15
16 void bam_smpl_destroy(bam_sample_t *sm)
17 {
18         int i;
19         khint_t k;
20         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
21         if (sm == 0) return;
22         for (i = 0; i < sm->n; ++i) free(sm->smpl[i]);
23         free(sm->smpl);
24         for (k = kh_begin(rg2smid); k != kh_end(rg2smid); ++k)
25                 if (kh_exist(rg2smid, k)) free((char*)kh_key(rg2smid, k));
26         kh_destroy(sm, sm->rg2smid);
27         kh_destroy(sm, sm->sm2id);
28         free(sm);
29 }
30
31 static void add_pair(bam_sample_t *sm, khash_t(sm) *sm2id, const char *key, const char *val)
32 {
33         khint_t k_rg, k_sm;
34         int ret;
35         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
36         k_rg = kh_get(sm, rg2smid, key);
37         if (k_rg != kh_end(rg2smid)) return; // duplicated @RG-ID
38         k_rg = kh_put(sm, rg2smid, strdup(key), &ret);
39         k_sm = kh_get(sm, sm2id, val);
40         if (k_sm == kh_end(sm2id)) { // absent
41                 if (sm->n == sm->m) {
42                         sm->m = sm->m? sm->m<<1 : 1;
43                         sm->smpl = realloc(sm->smpl, sizeof(void*) * sm->m);
44                 }
45                 sm->smpl[sm->n] = strdup(val);
46                 k_sm = kh_put(sm, sm2id, sm->smpl[sm->n], &ret);
47                 kh_val(sm2id, k_sm) = sm->n++;
48         }
49         kh_val(rg2smid, k_rg) = kh_val(sm2id, k_sm);
50 }
51
52 int bam_smpl_add(bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *txt)
53 {
54         const char *p = txt, *q, *r;
55         kstring_t buf;
56         int n = 0;
57         khash_t(sm) *sm2id = (khash_t(sm)*)sm->sm2id;
58         if (txt == 0) {
59                 add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
60                 return 0;
61         }
62         memset(&buf, 0, sizeof(kstring_t));
63         while ((q = strstr(p, "@RG")) != 0) {
64                 p = q + 3;
65                 r = q = 0;
66                 if ((q = strstr(p, "\tID:")) != 0) q += 4;
67                 if ((r = strstr(p, "\tSM:")) != 0) r += 4;
68                 if (r && q) {
69                         char *u, *v;
70                         int oq, or;
71                         for (u = (char*)q; *u && *u != '\t' && *u != '\n'; ++u);
72                         for (v = (char*)r; *v && *v != '\t' && *v != '\n'; ++v);
73                         oq = *u; or = *v; *u = *v = '\0';
74                         buf.l = 0; kputs(fn, &buf); kputc('/', &buf); kputs(q, &buf);
75                         add_pair(sm, sm2id, buf.s, r);
76                         *u = oq; *v = or;
77                 } else break;
78                 p = q > r? q : r;
79                 ++n;
80         }
81         if (n == 0) add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
82 //      add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
83         free(buf.s);
84         return 0;
85 }
86
87 int bam_smpl_rg2smid(const bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *rg, kstring_t *str)
88 {
89         khint_t k;
90         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
91         if (rg) {
92                 str->l = 0;
93                 kputs(fn, str); kputc('/', str); kputs(rg, str);
94                 k = kh_get(sm, rg2smid, str->s);
95         } else k = kh_get(sm, rg2smid, fn);
96         return k == kh_end(rg2smid)? -1 : kh_val(rg2smid, k);
97 }