Starting the work on next package update.
[samtools.git] / sample.c
1 #include <stdlib.h>
2 #include <string.h>
3 #include "sample.h"
4 #include "khash.h"
5 KHASH_MAP_INIT_STR(sm, int)
6
7 bam_sample_t *bam_smpl_init(void)
8 {
9         bam_sample_t *s;
10         s = calloc(1, sizeof(bam_sample_t));
11         s->rg2smid = kh_init(sm);
12         s->sm2id = kh_init(sm);
13         return s;
14 }
15
16 void bam_smpl_destroy(bam_sample_t *sm)
17 {
18         int i;
19         khint_t k;
20         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
21         if (sm == 0) return;
22         for (i = 0; i < sm->n; ++i) free(sm->smpl[i]);
23         free(sm->smpl);
24         for (k = kh_begin(rg2smid); k != kh_end(rg2smid); ++k)
25                 if (kh_exist(rg2smid, k)) free((char*)kh_key(rg2smid, k));
26         kh_destroy(sm, sm->rg2smid);
27         kh_destroy(sm, sm->sm2id);
28         free(sm);
29 }
30
31 static void add_pair(bam_sample_t *sm, khash_t(sm) *sm2id, const char *key, const char *val)
32 {
33         khint_t k_rg, k_sm;
34         int ret;
35         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
36         k_rg = kh_get(sm, rg2smid, key);
37         if (k_rg != kh_end(rg2smid)) return; // duplicated @RG-ID
38         k_rg = kh_put(sm, rg2smid, strdup(key), &ret);
39         k_sm = kh_get(sm, sm2id, val);
40         if (k_sm == kh_end(sm2id)) { // absent
41                 if (sm->n == sm->m) {
42                         sm->m = sm->m? sm->m<<1 : 1;
43                         sm->smpl = realloc(sm->smpl, sizeof(void*) * sm->m);
44                 }
45                 sm->smpl[sm->n] = strdup(val);
46                 k_sm = kh_put(sm, sm2id, sm->smpl[sm->n], &ret);
47                 kh_val(sm2id, k_sm) = sm->n++;
48         }
49         kh_val(rg2smid, k_rg) = kh_val(sm2id, k_sm);
50 }
51
52 int bam_smpl_add(bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *txt)
53 {
54         const char *p = txt, *q, *r;
55         kstring_t buf, first_sm;
56         int n = 0;
57         khash_t(sm) *sm2id = (khash_t(sm)*)sm->sm2id;
58         if (txt == 0) {
59                 add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
60                 return 0;
61         }
62         memset(&buf, 0, sizeof(kstring_t));
63     memset(&first_sm, 0, sizeof(kstring_t));
64         while ((q = strstr(p, "@RG")) != 0) {
65                 p = q + 3;
66                 r = q = 0;
67                 if ((q = strstr(p, "\tID:")) != 0) q += 4;
68                 if ((r = strstr(p, "\tSM:")) != 0) r += 4;
69                 if (r && q) {
70                         char *u, *v;
71                         int oq, or;
72                         for (u = (char*)q; *u && *u != '\t' && *u != '\n'; ++u);
73                         for (v = (char*)r; *v && *v != '\t' && *v != '\n'; ++v);
74                         oq = *u; or = *v; *u = *v = '\0';
75                         buf.l = 0; kputs(fn, &buf); kputc('/', &buf); kputs(q, &buf);
76                         add_pair(sm, sm2id, buf.s, r);
77             if ( !first_sm.s )
78                 kputs(r,&first_sm); 
79                         *u = oq; *v = or;
80                 } else break;
81                 p = q > r? q : r;
82                 ++n;
83         }
84         if (n == 0) add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
85     // If there is only one RG tag present in the header and reads are not annotated, don't refuse to work but
86     //  use the tag instead.
87     else if ( n==1 && first_sm.s )
88         add_pair(sm,sm2id,fn,first_sm.s);
89     if ( first_sm.s )
90         free(first_sm.s);
91
92 //      add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
93         free(buf.s);
94         return 0;
95 }
96
97 int bam_smpl_rg2smid(const bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *rg, kstring_t *str)
98 {
99         khint_t k;
100         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
101         if (rg) {
102                 str->l = 0;
103                 kputs(fn, str); kputc('/', str); kputs(rg, str);
104                 k = kh_get(sm, rg2smid, str->s);
105         } else k = kh_get(sm, rg2smid, fn);
106         return k == kh_end(rg2smid)? -1 : kh_val(rg2smid, k);
107 }