sample.c

   1 #include <stdlib.h>
   2 #include <string.h>
   3 #include "sample.h"
   4 #include "khash.h"
   5 KHASH_MAP_INIT_STR(sm, int)
   6
   7 bam_sample_t *bam_smpl_init(void)
   8 {
   9         bam_sample_t *s;
  10         s = calloc(1, sizeof(bam_sample_t));
  11         s->rg2smid = kh_init(sm);
  12         s->sm2id = kh_init(sm);
  13         return s;
  14 }
  15
  16 void bam_smpl_destroy(bam_sample_t *sm)
  17 {
  18         int i;
  19         khint_t k;
  20         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
  21         if (sm == 0) return;
  22         for (i = 0; i < sm->n; ++i) free(sm->smpl[i]);
  23         free(sm->smpl);
  24         for (k = kh_begin(rg2smid); k != kh_end(rg2smid); ++k)
  25                 if (kh_exist(rg2smid, k)) free((char*)kh_key(rg2smid, k));
  26         kh_destroy(sm, sm->rg2smid);
  27         kh_destroy(sm, sm->sm2id);
  28         free(sm);
  29 }
  30
  31 static void add_pair(bam_sample_t *sm, khash_t(sm) *sm2id, const char *key, const char *val)
  32 {
  33         khint_t k_rg, k_sm;
  34         int ret;
  35         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
  36         k_rg = kh_get(sm, rg2smid, key);
  37         if (k_rg != kh_end(rg2smid)) return; // duplicated @RG-ID
  38         k_rg = kh_put(sm, rg2smid, strdup(key), &ret);
  39         k_sm = kh_get(sm, sm2id, val);
  40         if (k_sm == kh_end(sm2id)) { // absent
  41                 if (sm->n == sm->m) {
  42                         sm->m = sm->m? sm->m<<1 : 1;
  43                         sm->smpl = realloc(sm->smpl, sizeof(void*) * sm->m);
  44                 }
  45                 sm->smpl[sm->n] = strdup(val);
  46                 k_sm = kh_put(sm, sm2id, sm->smpl[sm->n], &ret);
  47                 kh_val(sm2id, k_sm) = sm->n++;
  48         }
  49         kh_val(rg2smid, k_rg) = kh_val(sm2id, k_sm);
  50 }
  51
  52 int bam_smpl_add(bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *txt)
  53 {
  54         const char *p = txt, *q, *r;
  55         kstring_t buf, first_sm;
  56         int n = 0;
  57         khash_t(sm) *sm2id = (khash_t(sm)*)sm->sm2id;
  58         if (txt == 0) {
  59                 add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
  60                 return 0;
  61         }
  62         memset(&buf, 0, sizeof(kstring_t));
  63     memset(&first_sm, 0, sizeof(kstring_t));
  64         while ((q = strstr(p, "@RG")) != 0) {
  65                 p = q + 3;
  66                 r = q = 0;
  67                 if ((q = strstr(p, "\tID:")) != 0) q += 4;
  68                 if ((r = strstr(p, "\tSM:")) != 0) r += 4;
  69                 if (r && q) {
  70                         char *u, *v;
  71                         int oq, or;
  72                         for (u = (char*)q; *u && *u != '\t' && *u != '\n'; ++u);
  73                         for (v = (char*)r; *v && *v != '\t' && *v != '\n'; ++v);
  74                         oq = *u; or = *v; *u = *v = '\0';
  75                         buf.l = 0; kputs(fn, &buf); kputc('/', &buf); kputs(q, &buf);
  76                         add_pair(sm, sm2id, buf.s, r);
  77             if ( !first_sm.s )
  78                 kputs(r,&first_sm);
  79                         *u = oq; *v = or;
  80                 } else break;
  81                 p = q > r? q : r;
  82                 ++n;
  83         }
  84         if (n == 0) add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
  85     // If there is only one RG tag present in the header and reads are not annotated, don't refuse to work but
  86     //  use the tag instead.
  87     else if ( n==1 && first_sm.s )
  88         add_pair(sm,sm2id,fn,first_sm.s);
  89     if ( first_sm.s )
  90         free(first_sm.s);
  91
  92 //      add_pair(sm, sm2id, fn, fn);
  93         free(buf.s);
  94         return 0;
  95 }
  96
  97 int bam_smpl_rg2smid(const bam_sample_t *sm, const char *fn, const char *rg, kstring_t *str)
  98 {
  99         khint_t k;
 100         khash_t(sm) *rg2smid = (khash_t(sm)*)sm->rg2smid;
 101         if (rg) {
 102                 str->l = 0;
 103                 kputs(fn, str); kputc('/', str); kputs(rg, str);
 104                 k = kh_get(sm, rg2smid, str->s);
 105         } else k = kh_get(sm, rg2smid, fn);
 106         return k == kh_end(rg2smid)? -1 : kh_val(rg2smid, k);
 107 }