diff --git a/Makefile b/Makefile index db18333..926059b 100644 --- a/Makefile +++ b/Makefile @@ -1,5 +1,5 @@ CC= gcc -CFLAGS= -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc +CFLAGS= -g -Wall -O2 -fPIC #-m64 #-arch ppc DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1 KNETFILE_O= knetfile.o LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \ @@ -35,13 +35,13 @@ all:$(PROG) .PHONY:all lib clean cleanlocal .PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur -lib:libbam.a +lib:libbam.so.1 libbam.a:$(LOBJS) $(AR) -csru $@ $(LOBJS) samtools:lib-recur $(AOBJS) - $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz + $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) -L. -lbam -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O) $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz @@ -75,8 +75,9 @@ faidx_main.o:faidx.h razf.h libbam.1.dylib-local:$(LOBJS) libtool -dynamic $(LOBJS) -o libbam.1.dylib -lc -lz -libbam.so.1-local:$(LOBJS) +libbam.so.1:$(LOBJS) $(CC) -shared -Wl,-soname,libbam.so -o libbam.so.1 $(LOBJS) -lc -lz + ln -s $@ libbam.so dylib: @$(MAKE) cleanlocal; \