Imported Upstream version 0.1.6~dfsg

[samtools.git] / Makefile.mingw

diff --git a/Makefile.mingw b/Makefile.mingw
new file mode 100644 (file)
index 0000000..80e8009
--- /dev/null
+++ b/Makefile.mingw
@@ -0,0 +1,55 @@
+CC=                    gcc.exe
+AR=                    ar.exe
+CFLAGS=                -g -Wall -O2
+DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
+LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
+                       bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \
+                       knetfile.o
+AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
+                       bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
+                       bamtk.o
+PROG=          samtools
+INCLUDES=      -Iwin32
+SUBDIRS=       .
+LIBPATH=       
+
+.SUFFIXES:.c .o
+
+.c.o:
+               $(CC) -c $(CFLAGS) $(DFLAGS) $(INCLUDES) $< -o $@
+
+all:$(PROG)
+
+lib:libbam.a
+
+libbam.a:$(LOBJS)
+               $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
+
+samtools:lib $(AOBJS)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
+
+razip:razip.o razf.o
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
+
+bgzip:bgzip.o bgzf.o
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
+
+razip.o:razf.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
+sam.o:sam.h bam.h
+bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
+bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
+bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
+bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
+bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
+bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
+bam_md.o:bam.h faidx.h
+glf.o:glf.h
+
+faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
+faidx_main.o:faidx.h razf.h
+
+clean:
+               rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a