Uploaded samtools_0.1.16-1_amd64.changes.

[samtools.git] / Makefile.mingw

diff --git a/Makefile.mingw b/Makefile.mingw
index 80e8009d17baf955252b27935323f53d0a6c2d55..836360f3df3bfdb8587c67ef42c3402eef4ba985 100644 (file)
--- a/Makefile.mingw
+++ b/Makefile.mingw
@@ -1,17 +1,21 @@
 CC=                    gcc.exe
 AR=                    ar.exe
 CFLAGS=                -g -Wall -O2
-DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
+DFLAGS=                -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=2
+KNETFILE_O=    knetfile.o
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
-                       bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \
-                       knetfile.o
+                       bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
+                       $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o
-PROG=          samtools
-INCLUDES=      -Iwin32
+                       bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
+BCFOBJS=       bcftools/bcf.o bcftools/fet.o bcftools/bcf2qcall.o bcftools/bcfutils.o \
+                       bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/ld.o \
+                       bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o
+PROG=          samtools.exe bcftools.exe
+INCLUDES=      -I. -Iwin32
 SUBDIRS=       .
-LIBPATH=       
+LIBPATH=
 
 .SUFFIXES:.c .o
 
@@ -20,36 +24,41 @@ LIBPATH=
 
 all:$(PROG)
 
+.PHONY:all lib clean cleanlocal
+.PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
+
 lib:libbam.a
 
 libbam.a:$(LOBJS)
                $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
 
-samtools:lib $(AOBJS)
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
-
-razip:razip.o razf.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
+samtools.exe:$(AOBJS) libbam.a $(BCFOBJS)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(BCFOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
 
-bgzip:bgzip.o bgzf.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
+bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
 
 razip.o:razf.h
-bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
+sam_header.o:sam_header.h khash.h
+bcf.o:bcftools/bcf.h
+bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
+errmod.o:errmod.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h
 
 clean:
-               rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
+               rm -fr gmon.out *.o a.out *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a *.so.* *.so *.dylib