Merge commit 'upstream/0.1.10'

[samtools.git] / Makefile.mingw

diff --git a/Makefile.mingw b/Makefile.mingw
index 80e8009d17baf955252b27935323f53d0a6c2d55..9df4b9ad8166a66ff8545b0a4c7d9e908ecd60a6 100644 (file)
--- a/Makefile.mingw
+++ b/Makefile.mingw
@@ -1,13 +1,14 @@
 CC=                    gcc.exe
 AR=                    ar.exe
 CFLAGS=                -g -Wall -O2
-DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
+DFLAGS=                -D_CURSES_LIB=2 -D_USE_KNETFILE
+KNETFILE_O=    knetfile.o
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o bam_sort.o \
-                       knetfile.o
+                       $(KNETFILE_O)
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o
+                       bamtk.o kaln.o sam_header.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=      -Iwin32
 SUBDIRS=       .
@@ -20,19 +21,22 @@ LIBPATH=
 
 all:$(PROG)
 
+.PHONY:all lib clean cleanlocal
+.PHONY:all-recur lib-recur clean-recur cleanlocal-recur install-recur
+
 lib:libbam.a
 
 libbam.a:$(LOBJS)
                $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
 
-samtools:lib $(AOBJS)
+samtools:$(AOBJS) libbam.a
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
 
-razip:razip.o razf.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
+razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
-bgzip:bgzip.o bgzf.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
+bgzip:bgzip.o bgzf.o $(KNETFILE_O)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o $(KNETFILE_O) -lz
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
@@ -52,4 +56,4 @@ faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h
 
 clean:
-               rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip $(PROG) *~ *.a
+               rm -fr gmon.out *.o *.exe *.dSYM razip bgzip $(PROG) *~ *.a