projects
/
samtools.git
/ blobdiff
commit
grep
author
committer
pickaxe
?
search:
re
summary
|
shortlog
|
log
|
commit
|
commitdiff
|
tree
raw
|
inline
| side by side
Merge commit 'upstream/0.1.11'
[samtools.git]
/
Makefile
diff --git
a/Makefile
b/Makefile
index 35d578ffe50ded7ff4eb81caa084dbb245b17e5a..13d4a7698e1ded63520b3c8c7a117a45d91af1a1 100644
(file)
--- a/
Makefile
+++ b/
Makefile
@@
-4,13
+4,13
@@
DFLAGS= -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
KNETFILE_O= knetfile.o
LOBJS= bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
- $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
+ $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
kprobaln.o
AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
AOBJS= bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o \
- bamtk.o kaln.o
+ bamtk.o kaln.o
bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
PROG= samtools
PROG= samtools
-INCLUDES=
-SUBDIRS= . misc
+INCLUDES=
-I.
+SUBDIRS= .
bcftools
misc
LIBPATH=
LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses
LIBPATH=
LIBCURSES= -lcurses # -lXCurses
@@
-39,8
+39,8
@@
lib:libbam.a
libbam.a:$(LOBJS)
$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
libbam.a:$(LOBJS)
$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
-samtools:
$(AOBJS) libbam.a
- $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
+samtools:
lib-recur $(AOBJS)
+ $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
-Lbcftools -lbcf
razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
@@
-53,15
+53,19
@@
bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
sam.o:sam.h bam.h
bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
sam.o:sam.h bam.h
bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
bcftools/bcf.h bam2bcf.h
bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
kaln.h
bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
bam_md.o:bam.h faidx.h
glf.o:glf.h
sam_header.o:sam_header.h khash.h
bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
bam_md.o:bam.h faidx.h
glf.o:glf.h
sam_header.o:sam_header.h khash.h
+bcf.o:bcftools/bcf.h
+bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
+errmod.o:errmod.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h
faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
faidx_main.o:faidx.h razf.h