# Install bcftools, its manpage, bcf-fix.pl, vcfutils.pl, and new examples.

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 35d578ffe50ded7ff4eb81caa084dbb245b17e5a..77cda865c4b38df76fdafe338feae873dabde0e6 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -7,10 +7,10 @@ LOBJS=                bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        $(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o kaln.o
+                       bamtk.o kaln.o bam2bcf.o errmod.o sample.o
 PROG=          samtools
-INCLUDES=
-SUBDIRS=       . misc
+INCLUDES=      -I.
+SUBDIRS=       . bcftools misc
 LIBPATH=
 LIBCURSES=     -lcurses # -lXCurses
 
@@ -39,8 +39,8 @@ lib:libbam.a
 libbam.a:$(LOBJS)
                $(AR) -cru $@ $(LOBJS)
 
-samtools:$(AOBJS) libbam.a
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz
+samtools:lib-recur $(AOBJS)
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -Lbcftools -lbcf
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
@@ -53,15 +53,18 @@ bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
 bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
+bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h
+bcf.o:bcftools/bcf.h
+bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
+errmod.o:errmod.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h