Merge commit 'upstream/0.1.7a.dfsg'

[samtools.git] / Makefile

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 450b3abbb83876089fbf1da30df600431a272a6e..f3fb7a01365ee567c6bda338899c178c15230d73 100644 (file)
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -3,10 +3,10 @@ CFLAGS=               -g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=                -D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 LOBJS=         bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o \
                        bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o     \
-                       bam_sort.o
+                       bam_sort.o sam_header.o
 AOBJS=         bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o \
                        bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o     \
-                       bamtk.o
+                       bamtk.o kaln.o
 PROG=          samtools
 INCLUDES=
 SUBDIRS=       . misc
@@ -38,14 +38,14 @@ libbam.a:$(LOBJS)
 samtools:lib $(AOBJS)
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
 
-razip:razip.o razf.o
-               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
+razip:razip.o razf.o knetfile.o
+               $(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o
                $(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
 
 razip.o:razf.h
-bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
@@ -57,6 +57,7 @@ bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
+sam_header.o:sam_header.h khash.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h