Imported Debian patch 0.1.6~dfsg-1
[samtools.git] / debian / copyright
index b0101dde70222583e8e7c739a44745649de33bb3..a7fb29b6dfce58a83b625affbc532a8b5bccaa2b 100644 (file)
@@ -1,8 +1,10 @@
 Machine-readable license summary, see ‘http://dep.debian.net/deps/dep5/’.
 
+
 Name      :  SAMtools
 Contact   :  SAMtools mailing list <samtools-help@lists.sourceforge.net>
-Source    :  http://downloads.sourceforge.net/sourceforge/samtools/samtools-0.1.5c.tar.bz2
+Source    :  http://qa.debian.org/watch/sf.php/samtools/samtools-0.1.6.tar.bz2
+
 
 Copyright :  © 2008–2009, Genome Research Ltd.
 License   :  MIT
@@ -29,10 +31,6 @@ Files     :  bgzf.*, bgzip.c
 Copyright :  © 2008 Broad Institute / Massachusetts Institute of Technology
 License   :  MIT
 
-The license of the above files have been confirmed upstream and their headers
-will be corrected in the next release. See:
-http://samtools.svn.sourceforge.net/viewvc/samtools?view=rev&revision=441
-
 
 Files     :  razf.*
 Name      :  RAZF : Random Access compressed(Z) File
@@ -62,27 +60,27 @@ License   :  Similar to NetBSD license.
 
 
 Files     :  misc/md5.*
-Name      :  MD5 Message Digest Algorithm
-Copyright :  © 1990, RSA Data Security, Inc.
 License   :
        
-       License to copy and use this software is granted provided that   
-       it is identified as the "RSA Data Security, Inc. MD5 Message     
-       Digest Algorithm" in all material mentioning or referencing this 
-       software or this function.                                       
-                                                                        
-       License is also granted to make and use derivative works         
-       provided that such works are identified as "derived from the RSA 
-       Data Security, Inc. MD5 Message Digest Algorithm" in all         
-       material mentioning or referencing the derived work.             
-                                                                        
-       RSA Data Security, Inc. makes no representations concerning      
-       either the merchantability of this software or the suitability   
-       of this software for any particular purpose.  It is provided "as 
-       is" without express or implied warranty of any kind.             
-                                                                        
-       These notices must be retained in any copies of any part of this 
-       documentation and/or software.                                   
+       This code implements the MD5 message-digest algorithm.
+       The algorithm is due to Ron Rivest. This code was
+       written by Colin Plumb in 1993, no copyright is claimed.
+       This code is in the public domain; do with it what you wish.
+       
+       Equivalent code is available from RSA Data Security, Inc.
+       This code has been tested against that, and is equivalent,
+       except that you don't need to include two pages of legalese
+       with every copy.
+       
+       To compute the message digest of a chunk of bytes, declare an
+       MD5Context structure, pass it to MD5Init, call MD5Update as
+       needed on buffers full of bytes, and then call MD5Final, which
+       will fill a supplied 16-byte array with the digest.
+
 
-The above source files for MD5 support will be replaced in the next SAMtools
-release by the public domain implementation of ‘http://www.fourmilab.ch/md5/’.
+Files     :  win32/*
+Removed   :  Missing source.
+       
+       The win32 directory is present in the original upstream sources, but
+       was removed from the Debian source package, as it contains binary files for the
+       win32 platform without their corresponding source files.