X-Git-Url: http://woldlab.caltech.edu/gitweb/?p=samtools.git;a=blobdiff_plain;f=Makefile.mingw;h=7a57ffc0c7457c5fcfb65dd8585bd3ee3cb1114c;hp=836360f3df3bfdb8587c67ef42c3402eef4ba985;hb=0f906dafb2ad22371a753557562ef95c3034480d;hpb=b301e959d73eee0955c57004f344f17af00703f4

diff --git a/Makefile.mingw b/Makefile.mingw
index 836360f..7a57ffc 100644
--- a/Makefile.mingw
+++ b/Makefile.mingw
@@ -4,14 +4,15 @@ CFLAGS=		-g -Wall -O2
 DFLAGS=		-D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=2
 KNETFILE_O=	knetfile.o
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
-			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
-			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o
-AOBJS=		bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
+			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o \
+			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bedidx.o
+AOBJS=		bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o \
 			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o	\
-			bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
+			bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+			cut_target.o phase.o bam_cat.o bam2depth.o
 BCFOBJS=	bcftools/bcf.o bcftools/fet.o bcftools/bcf2qcall.o bcftools/bcfutils.o \
-			bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/ld.o \
-			bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o
+			bcftools/call1.o bcftools/index.o bcftools/kfunc.o bcftools/em.o \
+			bcftools/kmin.o bcftools/prob1.o bcftools/vcf.o bcftools/mut.o
 PROG=		samtools.exe bcftools.exe
 INCLUDES=	-I. -Iwin32
 SUBDIRS=	.
@@ -35,22 +36,20 @@ libbam.a:$(LOBJS)
 samtools.exe:$(AOBJS) libbam.a $(BCFOBJS)
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(BCFOBJS) $(LIBPATH) -lm -L. -lbam -Lwin32 -lz -lcurses -lws2_32
 
-bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
+bcftools.exe:$(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(BCFOBJS) bcftools/main.o kstring.o bgzf.o knetfile.o bedidx.o -lm -Lwin32 -lz -lws2_32
 
 razip.o:razf.h
 bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
-bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
+bam_tview.o:bam.h faidx.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
-glf.o:glf.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h
 bcf.o:bcftools/bcf.h
 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h