X-Git-Url: http://woldlab.caltech.edu/gitweb/?p=samtools.git;a=blobdiff_plain;f=Makefile;h=246ac5cd329dba60aa9dcfc7552132c3fea8e430;hp=7bb44694e0ab26f8266bdadddb25075159b8b365;hb=317f5e8dd22cc9e1e5e05fbcaeb3b9aca7447351;hpb=b27e00385f41769d03a8cca4dbd71275fc9fa906

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 7bb4469..246ac5c 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,18 +1,17 @@
 CC=			gcc
-CXX=		g++
 CFLAGS=		-g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
-CXXFLAGS=	$(CFLAGS)
-DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE #-D_NO_CURSES
+DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
 			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o	\
-			bam_sort.o
+			bam_sort.o sam_header.o
 AOBJS=		bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
 			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o	\
-			bamtk.o
+			bamtk.o kaln.o
 PROG=		samtools
-INCLUDES=	
+INCLUDES=
 SUBDIRS=	. misc
-LIBPATH=	
+LIBPATH=
+LIBCURSES=	-lcurses # -lXCurses
 
 .SUFFIXES:.c .o
 
@@ -36,9 +35,8 @@ lib:libbam.a
 libbam.a:$(LOBJS)
 		$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
 
-### For the curses library: comment out `-lcurses' if you do not have curses installed
 samtools:lib $(AOBJS)
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) $(LIBPATH) -lm -lcurses -lz -L. -lbam
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
 
 razip:razip.o razf.o
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
@@ -47,7 +45,7 @@ bgzip:bgzip.o bgzf.o
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
 
 razip.o:razf.h
-bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
@@ -59,6 +57,7 @@ bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
+sam_header.o:sam_header.h khash.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h