X-Git-Url: http://woldlab.caltech.edu/gitweb/?p=samtools.git;a=blobdiff_plain;f=Makefile;h=db183330d1fb76ce4fa0d17d8dab65afdfbeb65a;hp=13d4a7698e1ded63520b3c8c7a117a45d91af1a1;hb=0f906dafb2ad22371a753557562ef95c3034480d;hpb=e3b3a0177339fb8c099346986e965e3bd5b85999

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 13d4a76..db18333 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,13 +1,14 @@
 CC=			gcc
 CFLAGS=		-g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
-DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
+DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_LARGEFILE64_SOURCE -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 KNETFILE_O=	knetfile.o
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
-			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o \
-			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o
-AOBJS=		bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
+			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o razf.o faidx.o bedidx.o \
+			$(KNETFILE_O) bam_sort.o sam_header.o bam_reheader.o kprobaln.o bam_cat.o
+AOBJS=		bam_tview.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
 			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o	\
-			bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o
+			bamtk.o kaln.o bam2bcf.o bam2bcf_indel.o errmod.o sample.o \
+			cut_target.o phase.o bam2depth.o
 PROG=		samtools
 INCLUDES=	-I.
 SUBDIRS=	. bcftools misc
@@ -37,10 +38,10 @@ all:$(PROG)
 lib:libbam.a
 
 libbam.a:$(LOBJS)
-		$(AR) -cru $@ $(LOBJS)
+		$(AR) -csru $@ $(LOBJS)
 
 samtools:lib-recur $(AOBJS)
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) libbam.a -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -Lbcftools -lbcf
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -Lbcftools $(LIBPATH) libbam.a -lbcf $(LIBCURSES) -lm -lz
 
 razip:razip.o razf.o $(KNETFILE_O)
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o $(KNETFILE_O) -lz
@@ -53,19 +54,19 @@ bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
-bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h glf.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
+bam_plcmd.o:bam.h faidx.h bcftools/bcf.h bam2bcf.h
 bam_index.o:bam.h khash.h ksort.h razf.h bam_endian.h
 bam_lpileup.o:bam.h ksort.h
-bam_tview.o:bam.h faidx.h bam_maqcns.h
-bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h kaln.h
+bam_tview.o:bam.h faidx.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
-glf.o:glf.h
 sam_header.o:sam_header.h khash.h
 bcf.o:bcftools/bcf.h
 bam2bcf.o:bam2bcf.h errmod.h bcftools/bcf.h
 bam2bcf_indel.o:bam2bcf.h
 errmod.o:errmod.h
+phase.o:bam.h khash.h ksort.h
+bamtk.o:bam.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h