X-Git-Url: http://woldlab.caltech.edu/gitweb/?p=samtools.git;a=blobdiff_plain;f=Makefile;h=f3fb7a01365ee567c6bda338899c178c15230d73;hp=450b3abbb83876089fbf1da30df600431a272a6e;hb=8af6e7eac6605aab3bd8b1a1f874309b59789b08;hpb=4a17fa7e1f91b2fe04ad334a63fc2b0d5e859d8a

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 450b3ab..f3fb7a0 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -3,10 +3,10 @@ CFLAGS=		-g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE -D_CURSES_LIB=1
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o bam_aux.o bam.o bam_import.o sam.o bam_index.o	\
 			bam_pileup.o bam_lpileup.o bam_md.o glf.o razf.o faidx.o knetfile.o	\
-			bam_sort.o
+			bam_sort.o sam_header.o
 AOBJS=		bam_tview.o bam_maqcns.o bam_plcmd.o sam_view.o	\
 			bam_rmdup.o bam_rmdupse.o bam_mate.o bam_stat.o bam_color.o	\
-			bamtk.o
+			bamtk.o kaln.o
 PROG=		samtools
 INCLUDES=
 SUBDIRS=	. misc
@@ -38,14 +38,14 @@ libbam.a:$(LOBJS)
 samtools:lib $(AOBJS)
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ $(AOBJS) -lm $(LIBPATH) $(LIBCURSES) -lz -L. -lbam
 
-razip:razip.o razf.o
-		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o -lz
+razip:razip.o razf.o knetfile.o
+		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ razf.o razip.o knetfile.o -lz
 
 bgzip:bgzip.o bgzf.o
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzf.o bgzip.o -lz
 
 razip.o:razf.h
-bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h
+bam.o:bam.h razf.h bam_endian.h kstring.h sam_header.h
 sam.o:sam.h bam.h
 bam_import.o:bam.h kseq.h khash.h razf.h
 bam_pileup.o:bam.h razf.h ksort.h
@@ -57,6 +57,7 @@ bam_maqcns.o:bam.h ksort.h bam_maqcns.h
 bam_sort.o:bam.h ksort.h razf.h
 bam_md.o:bam.h faidx.h
 glf.o:glf.h
+sam_header.o:sam_header.h khash.h
 
 faidx.o:faidx.h razf.h khash.h
 faidx_main.o:faidx.h razf.h