ChangeLog

   1 ------------------------------------------------------------------------
   2 r942 | lh3lh3 | 2011-03-31 16:39:50 -0400 (Thu, 31 Mar 2011) | 2 lines
   3 Changed paths:
   4    M /trunk/tabix/main.c
   5
   6 update version number
   7
   8 ------------------------------------------------------------------------
   9 r940 | lh3lh3 | 2011-03-31 16:38:03 -0400 (Thu, 31 Mar 2011) | 2 lines
  10 Changed paths:
  11    M /trunk/tabix/bedidx.c
  12    M /trunk/tabix/main.c
  13
  14 fixed two bugs due to recent changes
  15
  16 ------------------------------------------------------------------------
  17 r939 | lh3lh3 | 2011-03-31 16:12:21 -0400 (Thu, 31 Mar 2011) | 2 lines
  18 Changed paths:
  19    M /trunk/tabix/bgzf.c
  20    M /trunk/tabix/bgzf.h
  21    M /trunk/tabix/main.c
  22
  23 update to the latest bgzf.*
  24
  25 ------------------------------------------------------------------------
  26 r938 | lh3lh3 | 2011-03-31 16:02:21 -0400 (Thu, 31 Mar 2011) | 2 lines
  27 Changed paths:
  28    M /trunk/tabix/index.c
  29    M /trunk/tabix/main.c
  30    M /trunk/tabix/tabix.h
  31
  32 BED support
  33
  34 ------------------------------------------------------------------------
  35 r937 | lh3lh3 | 2011-03-31 15:03:49 -0400 (Thu, 31 Mar 2011) | 2 lines
  36 Changed paths:
  37    M /trunk/tabix/Makefile
  38    A /trunk/tabix/bedidx.c
  39    M /trunk/tabix/example.gtf.gz.tbi
  40    M /trunk/tabix/index.c
  41    A /trunk/tabix/kseq.h
  42    M /trunk/tabix/tabix.h
  43
  44 restructure get_intv() for BED support
  45
  46 ------------------------------------------------------------------------
  47 r919 | petulda | 2011-02-24 10:14:14 -0500 (Thu, 24 Feb 2011) | 1 line
  48 Changed paths:
  49    M /trunk/tabix/bgzf.c
  50    M /trunk/tabix/bgzf.h
  51    M /trunk/tabix/index.c
  52    M /trunk/tabix/main.c
  53
  54 New -r (reheader) option for efficient header replacement.
  55 ------------------------------------------------------------------------
  56 r915 | lh3lh3 | 2011-02-22 09:50:57 -0500 (Tue, 22 Feb 2011) | 2 lines
  57 Changed paths:
  58    A /trunk/tabix/python
  59    A /trunk/tabix/python/setup.py (from /trunk/tabix/setup.py:914)
  60    A /trunk/tabix/python/tabixmodule.c (from /trunk/tabix/tabixmodule.c:914)
  61    A /trunk/tabix/python/test.py (from /trunk/tabix/test.py:914)
  62    D /trunk/tabix/setup.py
  63    D /trunk/tabix/tabixmodule.c
  64    D /trunk/tabix/test.py
  65
  66 move to a new python/ directory
  67
  68 ------------------------------------------------------------------------
  69 r914 | lh3lh3 | 2011-02-22 09:49:35 -0500 (Tue, 22 Feb 2011) | 2 lines
  70 Changed paths:
  71    A /trunk/tabix/setup.py
  72    A /trunk/tabix/tabixmodule.c
  73    A /trunk/tabix/test.py
  74
  75 CPython C-API by Hyeshik Chang
  76
  77 ------------------------------------------------------------------------
  78 r904 | petulda | 2011-01-28 08:06:27 -0500 (Fri, 28 Jan 2011) | 1 line
  79 Changed paths:
  80    M /trunk/tabix/index.c
  81
  82 Check the number of fields on each line and exit nicely without segfault
  83 ------------------------------------------------------------------------
  84 r901 | petulda | 2011-01-21 06:45:37 -0500 (Fri, 21 Jan 2011) | 1 line
  85 Changed paths:
  86    M /trunk/tabix/main.c
  87
  88 Fix: Complain only when VCF is newer, not newer or same mtime
  89 ------------------------------------------------------------------------
  90 r900 | petulda | 2011-01-21 04:23:04 -0500 (Fri, 21 Jan 2011) | 1 line
  91 Changed paths:
  92    M /trunk/tabix/main.c
  93
  94 Prevent the common user mistake and check the timestamps of the vcf and index file
  95 ------------------------------------------------------------------------
  96 r876 | lh3lh3 | 2010-12-08 12:38:45 -0500 (Wed, 08 Dec 2010) | 2 lines
  97 Changed paths:
  98    M /trunk/tabix/ChangeLog
  99    M /trunk/tabix/NEWS
 100    M /trunk/tabix/main.c
 101
 102 Release tabix-0.2.3
 103
 104 ------------------------------------------------------------------------
 105 r875 | lh3lh3 | 2010-12-08 12:28:35 -0500 (Wed, 08 Dec 2010) | 2 lines
 106 Changed paths:
 107    M /trunk/tabix/ChangeLog
 108    M /trunk/tabix/index.c
 109
 110 Fixed a minor bug in generating index
 111
 112 ------------------------------------------------------------------------
 113 r855 | petulda | 2010-11-25 11:50:13 -0500 (Thu, 25 Nov 2010) | 1 line
 114 Changed paths:
 115    M /trunk/tabix/main.c
 116
 117 Disable "unknown target name or minus interval" warning.
 118 ------------------------------------------------------------------------
 119 r775 | petulda | 2010-10-26 15:02:30 -0400 (Tue, 26 Oct 2010) | 1 line
 120 Changed paths:
 121    M /trunk/tabix/main.c
 122
 123 Added -h option to print header lines
 124 ------------------------------------------------------------------------
 125 r742 | jmarshall | 2010-09-27 06:47:23 -0400 (Mon, 27 Sep 2010) | 2 lines
 126 Changed paths:
 127    M /trunk/tabix
 128
 129 Add svn:ignore properties for intermediate and generated files.
 130
 131 ------------------------------------------------------------------------
 132 r725 | lh3lh3 | 2010-09-15 13:01:53 -0400 (Wed, 15 Sep 2010) | 2 lines
 133 Changed paths:
 134    M /trunk/tabix/bgzip.c
 135
 136 patches by Peter Chines
 137
 138 ------------------------------------------------------------------------
 139 r714 | lh3lh3 | 2010-09-07 10:13:25 -0400 (Tue, 07 Sep 2010) | 2 lines
 140 Changed paths:
 141    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 142    M /trunk/tabix/index.c
 143    M /trunk/tabix/main.c
 144
 145 fixed a bug in C/Java when n_off == 0
 146
 147 ------------------------------------------------------------------------
 148 r712 | lh3lh3 | 2010-09-03 09:21:23 -0400 (Fri, 03 Sep 2010) | 2 lines
 149 Changed paths:
 150    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 151
 152 fixed a bug in parsing region strings
 153
 154 ------------------------------------------------------------------------
 155 r700 | petulda | 2010-08-25 10:42:37 -0400 (Wed, 25 Aug 2010) | 1 line
 156 Changed paths:
 157    M /trunk/tabix/main.c
 158
 159 Fix: Exit with an error rather than segfault when index is not present and region is queried
 160 ------------------------------------------------------------------------
 161 r696 | petulda | 2010-08-24 10:24:12 -0400 (Tue, 24 Aug 2010) | 1 line
 162 Changed paths:
 163    M /trunk/tabix/bgzf.c
 164    M /trunk/tabix/bgzf.h
 165    M /trunk/tabix/index.c
 166    M /trunk/tabix/main.c
 167
 168 Complain about not-bgzipped files and check for noncontinuous chromosome blocks
 169 ------------------------------------------------------------------------
 170 r603 | lh3lh3 | 2010-06-28 10:49:39 -0400 (Mon, 28 Jun 2010) | 2 lines
 171 Changed paths:
 172    M /trunk/tabix/NEWS
 173    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 174    M /trunk/tabix/index.c
 175    M /trunk/tabix/main.c
 176
 177 Release tabix-0.2.2
 178
 179 ------------------------------------------------------------------------
 180 r597 | lh3lh3 | 2010-06-13 21:08:29 -0400 (Sun, 13 Jun 2010) | 3 lines
 181 Changed paths:
 182    M /trunk/tabix/index.c
 183
 184 Change the namespace of sorting, to avoid function name collision with samtools.
 185
 186
 187 ------------------------------------------------------------------------
 188 r582 | lh3lh3 | 2010-06-03 10:40:25 -0400 (Thu, 03 Jun 2010) | 2 lines
 189 Changed paths:
 190    M /trunk/tabix/NEWS
 191    M /trunk/tabix/main.c
 192    M /trunk/tabix/tabix.py
 193
 194 Release tabix-0.2.1
 195
 196 ------------------------------------------------------------------------
 197 r581 | lh3lh3 | 2010-05-24 14:24:24 -0400 (Mon, 24 May 2010) | 2 lines
 198 Changed paths:
 199    M /trunk/tabix/tabix.py
 200
 201 OOP interface with the help from Aaron Quinlan
 202
 203 ------------------------------------------------------------------------
 204 r580 | lh3lh3 | 2010-05-23 23:36:05 -0400 (Sun, 23 May 2010) | 2 lines
 205 Changed paths:
 206    M /trunk/tabix/tabix.py
 207
 208 minor change
 209
 210 ------------------------------------------------------------------------
 211 r579 | lh3lh3 | 2010-05-23 23:25:24 -0400 (Sun, 23 May 2010) | 2 lines
 212 Changed paths:
 213    M /trunk/tabix/tabix.py
 214
 215 For Snow Leopard compatibility
 216
 217 ------------------------------------------------------------------------
 218 r575 | lh3lh3 | 2010-05-12 19:31:27 -0400 (Wed, 12 May 2010) | 4 lines
 219 Changed paths:
 220    M /trunk/tabix/Makefile
 221    M /trunk/tabix/index.c
 222    M /trunk/tabix/tabix.h
 223    A /trunk/tabix/tabix.py
 224
 225  * optionally generate shared library for Mac and Linux
 226  * added a python script that directly calls the shared library
 227  * added a new API for easy python access
 228
 229 ------------------------------------------------------------------------
 230 r574 | lh3lh3 | 2010-05-11 12:14:27 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
 231 Changed paths:
 232    M /trunk/tabix/ChangeLog
 233    M /trunk/tabix/NEWS
 234    M /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
 235    M /trunk/tabix/perl/TabixIterator.pm
 236    M /trunk/tabix/tabix.1
 237
 238 Release tabix-0.2.0
 239
 240 ------------------------------------------------------------------------
 241 r573 | lh3lh3 | 2010-05-11 12:08:30 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
 242 Changed paths:
 243    M /trunk/tabix/Makefile
 244
 245 Added -fPIC
 246
 247 ------------------------------------------------------------------------
 248 r572 | lh3lh3 | 2010-05-11 11:59:07 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
 249 Changed paths:
 250    M /trunk/tabix/perl/MANIFEST
 251
 252 update
 253
 254 ------------------------------------------------------------------------
 255 r571 | lh3lh3 | 2010-05-11 11:56:54 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 4 lines
 256 Changed paths:
 257    A /trunk/tabix/example.gtf.gz
 258    A /trunk/tabix/example.gtf.gz.tbi
 259    M /trunk/tabix/index.c
 260    M /trunk/tabix/main.c
 261    M /trunk/tabix/perl/MANIFEST
 262    M /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
 263    M /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
 264    A /trunk/tabix/perl/TabixIterator.pm
 265    A /trunk/tabix/perl/t
 266    A /trunk/tabix/perl/t/01local.t
 267    A /trunk/tabix/perl/t/02remote.t
 268    M /trunk/tabix/tabix.1
 269    M /trunk/tabix/tabix.h
 270
 271  * improved C/Perl APIs
 272  * added test for Perl
 273  * added an tiny example
 274
 275 ------------------------------------------------------------------------
 276 r570 | lh3lh3 | 2010-05-11 01:04:21 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 2 lines
 277 Changed paths:
 278    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 279
 280 fixed the same issue in java
 281
 282 ------------------------------------------------------------------------
 283 r569 | lh3lh3 | 2010-05-11 01:03:24 -0400 (Tue, 11 May 2010) | 3 lines
 284 Changed paths:
 285    M /trunk/tabix/index.c
 286    M /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
 287    M /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
 288
 289  * fixed a potential issue in index.c
 290  * improve perl APIs
 291
 292 ------------------------------------------------------------------------
 293 r568 | lh3lh3 | 2010-05-10 23:46:21 -0400 (Mon, 10 May 2010) | 2 lines
 294 Changed paths:
 295    M /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
 296
 297 return an array from get_names()
 298
 299 ------------------------------------------------------------------------
 300 r567 | lh3lh3 | 2010-05-10 23:38:46 -0400 (Mon, 10 May 2010) | 4 lines
 301 Changed paths:
 302    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 303    M /trunk/tabix/index.c
 304    A /trunk/tabix/perl
 305    A /trunk/tabix/perl/MANIFEST
 306    A /trunk/tabix/perl/Makefile.PL
 307    A /trunk/tabix/perl/Tabix.pm
 308    A /trunk/tabix/perl/Tabix.xs
 309    A /trunk/tabix/perl/typemap
 310    M /trunk/tabix/tabix.h
 311
 312  * added the initial perl binding. The interface needs to be improved.
 313  * added a new API for perl binding
 314  * fixed a potential bug in java.
 315
 316 ------------------------------------------------------------------------
 317 r565 | lh3lh3 | 2010-05-09 23:24:35 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
 318 Changed paths:
 319    M /trunk/tabix/main.c
 320
 321 Release tabix-0.1.6
 322
 323 ------------------------------------------------------------------------
 324 r564 | lh3lh3 | 2010-05-09 23:01:49 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
 325 Changed paths:
 326    M /trunk/tabix/index.c
 327
 328 fixed a typo
 329
 330 ------------------------------------------------------------------------
 331 r563 | lh3lh3 | 2010-05-09 22:58:26 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
 332 Changed paths:
 333    A /trunk/tabix/ChangeLog
 334    M /trunk/tabix/NEWS
 335    M /trunk/tabix/index.c
 336    M /trunk/tabix/main.c
 337    M /trunk/tabix/tabix.h
 338
 339 If nothing bad happens, this will become 0.1.6
 340
 341 ------------------------------------------------------------------------
 342 r562 | lh3lh3 | 2010-05-09 19:43:56 -0400 (Sun, 09 May 2010) | 2 lines
 343 Changed paths:
 344    M /trunk/tabix/index.c
 345
 346 Fixed a bug
 347
 348 ------------------------------------------------------------------------
 349 r560 | lh3lh3 | 2010-05-05 10:59:09 -0400 (Wed, 05 May 2010) | 3 lines
 350 Changed paths:
 351    A /trunk/tabix/NEWS
 352    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 353    M /trunk/tabix/index.c
 354    M /trunk/tabix/main.c
 355    M /trunk/tabix/tabix.1
 356    M /trunk/tabix/tabix.h
 357
 358  * Release tabix-0.1.5 (r560)
 359  * Improve seeking efficiency. Index file needs to be rebuilt.
 360
 361 ------------------------------------------------------------------------
 362 r559 | lh3lh3 | 2010-05-04 23:11:42 -0400 (Tue, 04 May 2010) | 2 lines
 363 Changed paths:
 364    M /trunk/tabix/main.c
 365
 366 Release tabix-0.1.4 (r559)
 367
 368 ------------------------------------------------------------------------
 369 r558 | lh3lh3 | 2010-05-01 12:48:01 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
 370 Changed paths:
 371    M /trunk/tabix/TabixReader.java
 372
 373 implement SAM/VCF support; NOT tested yet
 374
 375 ------------------------------------------------------------------------
 376 r557 | lh3lh3 | 2010-05-01 00:42:34 -0400 (Sat, 01 May 2010) | 2 lines
 377 Changed paths:
 378    A /trunk/tabix/TabixReader.java
 379
 380 The Java implementation of tabix.
 381
 382 ------------------------------------------------------------------------
 383 r556 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:34:07 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
 384 Changed paths:
 385    M /trunk/tabix/index.c
 386    M /trunk/tabix/knetfile.c
 387    M /trunk/tabix/main.c
 388
 389  * tabix-0.1.3-3 (r556)
 390  * fixed a small memory leak in knetfile
 391  * fixed a minor bug for remote downloading
 392
 393 ------------------------------------------------------------------------
 394 r555 | lh3lh3 | 2010-04-30 22:15:12 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 4 lines
 395 Changed paths:
 396    M /trunk/tabix/Makefile
 397    M /trunk/tabix/index.c
 398    M /trunk/tabix/main.c
 399
 400  * tabix-0.1.3-2 (r555)
 401  * do not overwrite index file by default
 402  * a little code cleanup
 403
 404 ------------------------------------------------------------------------
 405 r554 | lh3lh3 | 2010-04-30 21:44:31 -0400 (Fri, 30 Apr 2010) | 2 lines
 406 Changed paths:
 407    M /trunk/tabix/index.c
 408
 409 fixed a potential bug for UCSC-like coordinate
 410
 411 ------------------------------------------------------------------------
 412 r553 | lh3lh3 | 2010-04-28 17:43:41 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 2 lines
 413 Changed paths:
 414    M /trunk/tabix/tabix.tex
 415
 416 minor clarification to the format spec
 417
 418 ------------------------------------------------------------------------
 419 r552 | lh3lh3 | 2010-04-28 16:33:07 -0400 (Wed, 28 Apr 2010) | 3 lines
 420 Changed paths:
 421    M /trunk/tabix/Makefile
 422    M /trunk/tabix/bgzip.c
 423    A /trunk/tabix/tabix.tex
 424
 425  * added the format specification
 426  * fixed a typo in bgzip
 427
 428 ------------------------------------------------------------------------
 429 r550 | petulda | 2010-04-22 11:03:24 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
 430 Changed paths:
 431    M /trunk/tabix/bgzip.c
 432
 433 The behaviour changed slightly to mimic gzip. Detect if std descriptors are connected to the terminal.
 434 ------------------------------------------------------------------------
 435 r549 | petulda | 2010-04-22 09:46:10 -0400 (Thu, 22 Apr 2010) | 1 line
 436 Changed paths:
 437    M /trunk/tabix/bgzip.c
 438
 439 Fix in src/dst file detection and slight change of behaviour
 440 ------------------------------------------------------------------------
 441 r548 | petulda | 2010-04-19 04:39:46 -0400 (Mon, 19 Apr 2010) | 1 line
 442 Changed paths:
 443    M /trunk/tabix/index.c
 444
 445 Close file descriptor in ti_list_chromosomes
 446 ------------------------------------------------------------------------
 447 r547 | petulda | 2010-04-16 09:27:11 -0400 (Fri, 16 Apr 2010) | 1 line
 448 Changed paths:
 449    M /trunk/tabix/index.c
 450    M /trunk/tabix/main.c
 451    M /trunk/tabix/tabix.h
 452
 453 Added the -l option for listing chromosomes
 454 ------------------------------------------------------------------------
 455 r544 | lh3lh3 | 2010-03-29 10:58:48 -0400 (Mon, 29 Mar 2010) | 2 lines
 456 Changed paths:
 457    M /trunk/tabix/main.c
 458
 459 removed a line of debugging code
 460
 461 ------------------------------------------------------------------------
 462 r543 | lh3lh3 | 2010-03-19 12:29:16 -0400 (Fri, 19 Mar 2010) | 3 lines
 463 Changed paths:
 464    M /trunk/tabix/index.c
 465    M /trunk/tabix/main.c
 466    M /trunk/tabix/tabix.1
 467
 468  * tabix-0.1.3 (r543)
 469  * fixed another off-by-one bug
 470
 471 ------------------------------------------------------------------------
 472 r542 | lh3lh3 | 2010-03-16 22:35:52 -0400 (Tue, 16 Mar 2010) | 2 lines
 473 Changed paths:
 474    M /trunk/tabix/index.c
 475    M /trunk/tabix/main.c
 476    M /trunk/tabix/tabix.1
 477
 478 Release tabix-0.1.1
 479
 480 ------------------------------------------------------------------------
 481 r506 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:20:12 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
 482 Changed paths:
 483    M /trunk/tabix/main.c
 484
 485 Release tabix-0.1.0
 486
 487 ------------------------------------------------------------------------
 488 r505 | lh3lh3 | 2009-11-02 23:15:49 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 2 lines
 489 Changed paths:
 490    A /trunk/tabix/tabix.1
 491
 492 documentation
 493
 494 ------------------------------------------------------------------------
 495 r504 | lh3lh3 | 2009-11-02 11:08:18 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 5 lines
 496 Changed paths:
 497    M /trunk/tabix/Makefile
 498    M /trunk/tabix/bgzip.c
 499    M /trunk/tabix/index.c
 500    M /trunk/tabix/main.c
 501    M /trunk/tabix/tabix.h
 502
 503  * tabix-0.0.0-5 (r504)
 504  * fixed a critical bug in fetching data (a typo in fact)
 505  * support SAM (tested on ex1.sam) and VCF (not tested)
 506  * improve the command-line interface
 507
 508 ------------------------------------------------------------------------
 509 r503 | lh3lh3 | 2009-11-02 10:04:43 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 3 lines
 510 Changed paths:
 511    M /trunk/tabix/Makefile
 512    M /trunk/tabix/index.c
 513    M /trunk/tabix/main.c
 514
 515  * tabix-0.0.0-4 (r503)
 516  * index files are bgzf compressed
 517
 518 ------------------------------------------------------------------------
 519 r502 | lh3lh3 | 2009-11-02 09:47:25 -0500 (Mon, 02 Nov 2009) | 4 lines
 520 Changed paths:
 521    M /trunk/tabix/index.c
 522    M /trunk/tabix/main.c
 523    M /trunk/tabix/tabix.h
 524
 525  * tabix-0.0.0-3 (r502)
 526  * support meta lines (not tested)
 527  * I am going to make the index file in the BGZF format
 528
 529 ------------------------------------------------------------------------
 530 r501 | lh3lh3 | 2009-11-01 22:03:07 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
 531 Changed paths:
 532    M /trunk/tabix/Makefile
 533    M /trunk/tabix/bgzf.h
 534    M /trunk/tabix/index.c
 535    M /trunk/tabix/main.c
 536
 537  * tabix-0.0.0-2 (r501)
 538  * accelerate ti_readline()
 539
 540 ------------------------------------------------------------------------
 541 r500 | lh3lh3 | 2009-11-01 20:49:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 3 lines
 542 Changed paths:
 543    M /trunk/tabix/Makefile
 544    M /trunk/tabix/bgzip.c
 545    M /trunk/tabix/index.c
 546    M /trunk/tabix/main.c
 547
 548  * tabix-0.0.0-1 (r500)
 549  * apparently working
 550
 551 ------------------------------------------------------------------------
 552 r499 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:52 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 553 Changed paths:
 554    D /trunk/tabix/parser.c
 555
 556 obsolete file
 557
 558 ------------------------------------------------------------------------
 559 r498 | lh3lh3 | 2009-11-01 14:04:08 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 560 Changed paths:
 561    M /trunk/tabix/bgzip.c
 562
 563 bgzip is more like gzip in its command-line interface
 564
 565 ------------------------------------------------------------------------
 566 r497 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:43:35 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 567 Changed paths:
 568    A /trunk/tabix/Makefile
 569    A /trunk/tabix/bam_endian.h
 570    A /trunk/tabix/bgzf.c
 571    A /trunk/tabix/bgzf.h
 572    A /trunk/tabix/bgzip.c
 573    A /trunk/tabix/index.c
 574    A /trunk/tabix/khash.h
 575    A /trunk/tabix/knetfile.c
 576    A /trunk/tabix/knetfile.h
 577    A /trunk/tabix/ksort.h
 578    A /trunk/tabix/kstring.c
 579    A /trunk/tabix/kstring.h
 580    A /trunk/tabix/main.c
 581    A /trunk/tabix/parser.c
 582    A /trunk/tabix/tabix.h
 583
 584 initial source code. It is BUGGY!
 585
 586 ------------------------------------------------------------------------
 587 r496 | lh3lh3 | 2009-11-01 13:42:39 -0500 (Sun, 01 Nov 2009) | 2 lines
 588 Changed paths:
 589    A /trunk/tabix
 590
 591 A generic indexer for TAB-delimited genome position files
 592
 593 ------------------------------------------------------------------------