X-Git-Url: http://woldlab.caltech.edu/gitweb/?p=tabix.git;a=blobdiff_plain;f=Makefile;h=03a49969b6d229b49754c3718d4537c2bb8967c6;hp=3d7153d4a58bcfb8508eaef041f7f50d22e3191c;hb=36e5c2e93cc97d22f8b33768602d511697fa1adf;hpb=bc08e6c2f34c1367d0fe75dd19cedccfab881229

diff --git a/Makefile b/Makefile
index 3d7153d..03a4996 100644
--- a/Makefile
+++ b/Makefile
@@ -1,5 +1,5 @@
 CC=			gcc
-CFLAGS=		-g -Wall -O2 #-m64 #-arch ppc
+CFLAGS=		-g -Wall -O2 -fPIC #-m64 #-arch ppc
 DFLAGS=		-D_FILE_OFFSET_BITS=64 -D_USE_KNETFILE
 LOBJS=		bgzf.o kstring.o knetfile.o index.o
 AOBJS=		main.o
@@ -37,6 +37,9 @@ tabix:lib $(AOBJS)
 bgzip:bgzip.o bgzf.o knetfile.o
 		$(CC) $(CFLAGS) -o $@ bgzip.o bgzf.o knetfile.o -lz
 
+TabixReader.class:TabixReader.java
+		javac -cp .:sam.jar TabixReader.java
+
 kstring.o:kstring.h
 knetfile.o:knetfile.h
 bgzf.o:bgzf.h knetfile.h
@@ -44,7 +47,10 @@ index.o:bgzf.h tabix.h khash.h ksort.h kstring.h
 main.o:tabix.h kstring.h bgzf.h
 bgzip.o:bgzf.h
 
+tabix.pdf:tabix.tex
+		pdflatex tabix.tex
+
 cleanlocal:
-		rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a
+		rm -fr gmon.out *.o a.out *.dSYM $(PROG) *~ *.a tabix.aux tabix.log tabix.pdf *.class
 
 clean:cleanlocal-recur