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Read Count Metrics: Tab delimited text file of the read count-based metrics for this sample.
Library Complexity Metrics: Contains estimated library size, number of read pairs, unpaired reads, etc.
Expression File: GCT file containing the expression levels of this sample in RPKM
Coverage per Base: GATK Depth Of Coverage output for each genomic position
GATK Depth of Coverage Summary: Top level metrics file created by GATK after running Depth of Coverage

Transcript Details

Rank	Transcript ID	Gene Name	Type	Length	Total Cov.	Mean Cov.	Std Dev	CV	5'200Base	3' 200Base	5' 200Base Norm
1	ENSMUST00000137798	Sema3a	null	2285	3282	1.44	1.48	1.0282	14	796	34.8
2	ENSMUST00000127535	Pdha1	null	457	585	1.28	2.56	1.9962	1	356	77.9
3	ENSMUST00000114651	Fmr1	null	4113	5875	1.43	1.32	0.9251	23	1135	27.6
4	ENSMUST00000077273	Ext1	null	7663	11150	1.46	2.19	1.5062	20	4444	58.0
5	ENSMUST00000018556	1700081L11Rik	null	5061	7210	1.42	1.42	0.9998	30	1565	30.9
6	ENSMUST00000013970	Pip4k2c	null	3374	4800	1.42	1.52	1.0653	20	1258	37.3
7	ENSMUST00000124878	Nf2	null	738	866	1.17	1.16	0.9859	5	231	31.3
8	ENSMUST00000115789	Synj2	null	5130	7209	1.41	1.54	1.0954	36	1677	32.7
9	ENSMUST00000170205	Gm10320	null	527	750	1.42	1.66	1.1698	4	242	45.9
10	ENSMUST00000165077	Ccnh	null	527	854	1.62	1.32	0.8163	2	128	24.3
11	ENSMUST00000023911	Nagpa	null	2143	3050	1.42	1.51	1.0578	18	709	33.1
12	ENSMUST00000066466	Camk2d	null	4110	5889	1.43	1.41	0.9849	28	1192	29.0
13	ENSMUST00000168658	Atp6v1d	null	3583	5100	1.42	2.36	1.6577	6	2339	65.3
14	ENSMUST00000128590	Sppl3	null	562	982	1.75	1.60	0.9161	5	127	22.6
15	ENSMUST00000135910	Madd	null	562	906	1.61	2.09	1.2992	3	294	52.3
16	ENSMUST00000018431	Spag7	null	1159	1650	1.42	1.37	0.9605	5	398	34.3
17	ENSMUST00000166833	Dhrs13	null	1791	2550	1.42	1.73	1.2141	12	676	37.7
18	ENSMUST00000122342	Dhrs13	null	1791	2550	1.42	1.73	1.2141	12	676	37.7
19	ENSMUST00000169390	Enoph1	null	1826	2600	1.42	1.33	0.9312	8	525	28.8
20	ENSMUST00000107302	Mlx	null	1826	2627	1.44	1.57	1.0940	13	608	33.3
21	ENSMUST00000101206	Rapgef6	null	5864	8499	1.45	1.50	1.0316	36	1842	31.4
22	ENSMUST00000146712	Eno2	null	632	936	1.48	3.15	2.1254	4	443	70.1
23	ENSMUST00000124115	Nr3c1	null	632	1061	1.68	1.70	1.0108	4	216	34.2
24	ENSMUST00000170915	Plec	null	316	656	2.08	3.20	1.5425	2	216	68.4
25	ENSMUST00000173138	Mettl3	null	667	1090	1.63	1.05	0.6422	4	95	14.2
26	ENSMUST00000161767	Ncor1	null	667	1030	1.54	1.05	0.6772	5	79	11.8
27	ENSMUST00000128015	Plekhg2	null	5511	8045	1.46	1.47	1.0094	29	1713	31.1
28	ENSMUST00000122811	Pcmtd2	null	702	1006	1.43	1.25	0.8713	6	204	29.1
29	ENSMUST00000166169	Zfp219	null	2808	4038	1.44	1.29	0.8948	20	813	29.0
30	ENSMUST00000053593	Rap2c	null	3545	5089	1.44	1.33	0.9259	19	1006	28.4
31	ENSMUST00000156333	Fam38a	null	6598	9447	1.43	1.35	0.9426	39	1894	28.7
32	ENSMUST00000148871	Ptpn11	null	737	1050	1.42	0.99	0.6948	6	122	16.6
33	ENSMUST00000032891	Smg1	null	15547	22389	1.44	1.38	0.9561	94	4633	29.8
34	ENSMUST00000118652	Rpl22-ps1	null	386	550	1.42	2.41	1.6915	3	269	69.7
35	ENSMUST00000034203	Cog4	null	2737	3871	1.41	1.42	1.0010	19	863	31.5
36	ENSMUST00000177470	Rhot2	null	2912	4206	1.44	1.53	1.0584	17	896	30.8
37	ENSMUST00000150714	Fignl1	null	421	600	1.43	1.25	0.8791	3	122	29.0
38	ENSMUST00000151394	Dusp11	null	877	1219	1.39	1.86	1.3378	5	458	52.2
39	ENSMUST00000176782	Aftph	null	877	1338	1.53	1.43	0.9402	6	255	29.1
40	ENSMUST00000046283	Hspa13	null	4069	5800	1.43	1.30	0.9089	31	1063	26.1
41	ENSMUST00000159702	Nae1	null	456	565	1.24	1.73	1.3994	3	249	54.6
42	ENSMUST00000120338	Gm15483	null	456	650	1.43	2.65	1.8559	2	334	73.2
43	ENSMUST00000068583	Aebp2	null	912	1572	1.72	1.54	0.8925	6	270	29.6
44	ENSMUST00000152174	Prkab1	null	456	570	1.25	2.09	1.6727	3	299	65.6
45	ENSMUST00000170006	Chdh	null	456	785	1.72	1.94	1.1274	2	123	27.0
46	ENSMUST00000030112	Aco1	null	4349	6220	1.43	1.47	1.0250	26	1434	33.0
47	ENSMUST00000081496	Ltbp3	null	5190	7528	1.45	1.48	1.0177	30	1626	31.3
48	ENSMUST00000149513	AI314180	null	526	791	1.50	1.25	0.8280	3	135	25.7
49	ENSMUST00000169775	Mms19	null	2630	3763	1.43	1.28	0.8963	17	663	25.2
50	ENSMUST00000109904	Tmem184c	null	1578	2264	1.43	1.42	0.9919	12	477	30.2
51	ENSMUST00000132789	Sirt2	null	561	824	1.47	1.81	1.2349	2	245	43.7
52	ENSMUST00000128376	Ptov1	null	631	1139	1.81	2.06	1.1419	4	283	44.8
53	ENSMUST00000122893	Nup54	null	631	867	1.37	1.15	0.8336	4	163	25.8
54	ENSMUST00000022855	Brix1	null	2664	3800	1.43	1.74	1.2207	11	1024	38.4
55	ENSMUST00000170392	Pglyrp2	null	2068	3003	1.45	1.64	1.1280	15	754	36.5
56	ENSMUST00000136483	Pus1	null	701	1067	1.52	1.61	1.0554	3	260	37.1
57	ENSMUST00000019859	Gle1	null	4030	5750	1.43	1.70	1.1907	19	1710	42.4
58	ENSMUST00000110039	Sema4d	null	4415	6311	1.43	1.42	0.9923	33	1331	30.1
59	ENSMUST00000159235	Xab2	null	911	1326	1.46	1.26	0.8679	6	231	25.4
60	ENSMUST00000138245	Hdac10	null	911	1572	1.73	1.34	0.7755	7	227	24.9
61	ENSMUST00000000808	Il12rb1	null	2873	4314	1.50	1.54	1.0258	17	932	32.4
62	ENSMUST00000124648	Tesc	null	981	1429	1.46	1.73	1.1855	5	424	43.2
63	ENSMUST00000010899	Cars	null	3222	4644	1.44	1.37	0.9471	21	992	30.8
64	ENSMUST00000134507	Atrx	null	1716	2588	1.51	1.30	0.8639	13	523	30.5
65	ENSMUST00000076957	Zdhhc8	null	4867	7083	1.46	1.50	1.0296	20	1841	37.8
66	ENSMUST00000143806	March7	null	4972	7243	1.46	1.73	1.1874	22	2077	41.8
67	ENSMUST00000101640	Limk2	null	3711	5331	1.44	1.43	0.9979	21	1326	35.7
68	ENSMUST00000167201	Snd1	null	3781	5424	1.43	1.94	1.3492	9	1998	52.8
69	ENSMUST00000164669	Fam3c	null	805	1192	1.48	1.73	1.1673	4	361	44.8
70	ENSMUST00000151839	Agfg2	null	1365	1982	1.45	1.29	0.8881	6	437	32.0
71	ENSMUST00000142525	Nup54	null	560	911	1.63	1.10	0.6769	3	97	17.3
72	ENSMUST00000135458	Dnttip1	null	560	957	1.71	1.96	1.1443	3	198	35.4
73	ENSMUST00000129770	Src	null	630	957	1.52	1.14	0.7516	3	139	22.1
74	ENSMUST00000170209	Mms19	null	3780	5561	1.47	1.41	0.9582	22	1142	30.2
75	ENSMUST00000126881	Synj2	null	1260	1779	1.41	1.90	1.3487	7	478	37.9
76	ENSMUST00000150555	Ninj1	null	350	549	1.57	1.43	0.9117	1	103	29.4
77	ENSMUST00000125210	Setd3	null	560	631	1.13	1.56	1.3830	2	327	58.4
78	ENSMUST00000142627	Dhx33	null	630	713	1.13	1.59	1.4037	4	297	47.1
79	ENSMUST00000156196	Gas2l1	null	2730	3998	1.46	1.32	0.9010	16	734	26.9
80	ENSMUST00000116383	Gm14448	null	210	300	1.43	1.60	1.1219	2	101	48.1
81	ENSMUST00000134134	Tmem219	null	840	1277	1.52	1.53	1.0062	4	307	36.5
82	ENSMUST00000142791	Kdm5a	null	1295	1999	1.54	1.47	0.9525	9	374	28.9
83	ENSMUST00000134611	Acot8	null	420	660	1.57	1.37	0.8743	3	127	30.2
84	ENSMUST00000090433	Sec14l1	null	4654	6657	1.43	1.47	1.0283	32	1463	31.4
85	ENSMUST00000096495	Med14	null	6963	9954	1.43	1.44	1.0079	50	2126	30.5
86	ENSMUST00000021284	Ntn1	null	5738	8300	1.45	1.40	0.9675	35	1752	30.5
87	ENSMUST00000002127	Unc119	null	1329	1900	1.43	1.52	1.0634	8	499	37.5
88	ENSMUST00000159140	Tle3	null	8638	12322	1.43	2.19	1.5382	21	5075	58.8
89	ENSMUST00000111313	B4galt3	null	2098	3062	1.46	1.40	0.9615	14	659	31.4
90	ENSMUST00000109384	Tomm34	null	1923	2750	1.43	1.43	0.9988	13	591	30.7
91	ENSMUST00000084238	Zdhhc18	null	4580	6550	1.43	1.71	1.1978	30	1781	38.9
92	ENSMUST00000152016	Ift20	null	909	1437	1.58	1.64	1.0379	3	385	42.4
93	ENSMUST00000165773	U2af1l4	null	874	1409	1.61	1.52	0.9401	6	242	27.7
94	ENSMUST00000136692	Cdca3	null	874	1266	1.45	2.30	1.5866	2	571	65.3
95	ENSMUST00000168700	Krcc1	null	1748	2507	1.43	1.41	0.9865	10	573	32.8
96	ENSMUST00000150238	Steap2	null	2552	3560	1.39	2.03	1.4539	8	1398	54.8
97	ENSMUST00000036880	Cdk10	null	1643	2414	1.47	1.25	0.8481	13	432	26.3
98	ENSMUST00000124204	Hars2	null	769	1020	1.33	1.65	1.2456	5	343	44.6
99	ENSMUST00000017435	Taok1	null	11813	16985	1.44	1.40	0.9734	74	3699	31.3
100	ENSMUST00000133143	Lgals8	null	2062	2950	1.43	1.38	0.9671	13	638	30.9
101	ENSMUST00000145106	Rfc3	null	2726	3900	1.43	2.37	1.6548	8	1567	57.5
102	ENSMUST00000112425	Zfp384	null	2691	4096	1.52	1.37	0.9015	14	695	25.8
103	ENSMUST00000173384	Cyfip1	null	629	821	1.31	1.18	0.9018	4	217	34.5
104	ENSMUST00000108982	Usp10	null	559	964	1.72	1.40	0.8103	4	113	20.2
105	ENSMUST00000150859	Gapvd1	null	559	989	1.77	1.55	0.8742	6	154	27.5
106	ENSMUST00000163582	Ptp4a3	null	3808	5414	1.42	2.44	1.7155	12	2242	58.9
107	ENSMUST00000132726	Mepce	null	524	999	1.91	1.64	0.8599	2	141	26.9
108	ENSMUST00000131719	Ddx47	null	978	1450	1.48	1.78	1.2032	6	441	45.1
109	ENSMUST00000128994	Vps16	null	978	1540	1.57	1.63	1.0369	5	285	29.1
110	ENSMUST00000143024	Azi2	null	943	1406	1.49	1.28	0.8614	2	286	30.3
111	ENSMUST00000138214	Ptrh1	null	908	1357	1.49	1.53	1.0255	6	323	35.6
112	ENSMUST00000172823	Znrd1	null	454	1041	2.29	1.33	0.5811	4	57	12.6
113	ENSMUST00000139546	4933424B01Rik	null	873	1215	1.39	1.65	1.1859	6	357	40.9
114	ENSMUST00000064701	B4galt7	null	2130	3116	1.46	1.27	0.8712	13	606	28.5
115	ENSMUST00000031793	Nt5c3	null	1676	2445	1.46	1.62	1.1084	12	654	39.0
116	ENSMUST00000154628	Mapkapk5	null	838	1220	1.46	1.79	1.2297	5	370	44.2
117	ENSMUST00000139516	Dbn1	null	419	789	1.88	1.70	0.9029	1	154	36.8
118	ENSMUST00000091500	Suclg2	null	3282	4745	1.45	1.60	1.1090	10	1369	41.7
119	ENSMUST00000148595	Tmem57	null	1187	1710	1.44	1.38	0.9579	7	449	37.8
120	ENSMUST00000079758	Aplp2	null	3526	5007	1.42	1.55	1.0927	25	1093	31.0
121	ENSMUST00000097558	Hmbs	null	1536	2288	1.49	1.52	1.0220	11	527	34.3
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CV is coefficient of variation (standard deviation of coverage divided by mean coverage). 5' and 3' values are per-base coverage. Norm denotes that the end coverage is divided by the mean coverage for that transcript. Gaps are defined as a region of 5 or more bases having zero coverage. Gap % is the total cumulative gap length divided by the total cumulative transcript lengths.

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Thu Jun 04 20:58:12 PDT 2015