Makefile

   1 # may the coders of gcc be infested with the fleas of ten thousand camels...
   2
   3 CFLAGS=-ftemplate-depth-25
   4 #CFLAGS= -ftemplate-depth-25 -ggdb
   5 #-Winline
   6
   7 OFLAG= -O
   8
   9 # this is sufficient on debian machines
  10 #LDFLAGS= -lfltk
  11
  12 # this is what's needed on redhat machines
  13 #LDFLAGS= -lfltk -L/usr/X11R6/lib -lX11
  14
  15 # this is what's needed on fedora machines
  16 #LDFLAGS= -lfltk -L/usr/X11R6/lib -lX11 -lXft
  17
  18 # this is what's needed on gentoo machines
  19 LDFLAGS= -L/usr/lib/fltk-1.1/ -lfltk -L/usr/X11R6/lib -lX11 -lXft
  20
  21 # needed for apple/OS X
  22 #LDFLAGS= -framework Carbon -framework ApplicationServices -lfltk
  23
  24
  25 # to check for memory leaks
  26 MEMFLAG= -lefence
  27
  28 CC=g++
  29 #CC=g++-2.95
  30 #CC=g++-3.0
  31 #CC=g++-3.2
  32
  33 #all: seqcomp
  34
  35 sequence.o : sequence.cc sequence.hh
  36         $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c sequence.cc
  37
  38 flp.o : flp.cc flp.hh
  39         $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c flp.cc
  40
  41 flp_seqcomp.o : flp_seqcomp.cc flp.hh
  42         $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c flp_seqcomp.cc
  43
  44 seqcomp : seqcomp.cc flp.o flp_seqcomp.o sequence.o
  45         $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -o seqcomp seqcomp.cc flp.o flp_seqcomp.o sequence.o
  46
  47 mussa_nway.o : mussa_nway.cc mussa_nway.hh
  48         $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway.cc
  49
  50 mussa_nway_other.o : mussa_nway_other.cc mussa_nway.hh
  51         $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway_other.cc
  52
  53 mussa_nway_entropy.o : mussa_nway_entropy.cc mussa_nway.hh
  54         $(CC) $(CFLAGS) $(OFLAG) -c mussa_nway_entropy.cc
  55
  56 mussa_class.o : mussa_class.cc mussa_class.hh
  57         $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_class.cc
  58
  59 mussan : sequence.o flp.o flp_seqcomp.o mussa_nway.o mussa_class.o \
  60                 mussa_overlord.o mussa.cc
  61         $(CC) $(CFLAGS) -o mussa mussa.cc mussa_overlord.o \
  62                 mussa_class.o mussa_nway.o flp_seqcomp.o flp.o sequence.o  $(LDFLAGS)
  63
  64 mussa_gui_seq_view.o : mussa_gui_seq_view.cc mussa_gui_seq_view.hh
  65         $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq_view.cc
  66
  67 mussa_gui_seq.o : mussa_gui_seq.cc mussa_gui_seq.hh
  68         $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq.cc
  69
  70 mussa_gui_seq_text.o : mussa_gui_seq_text.cc mussa_gui_seq_text.hh
  71         $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_seq_text.cc
  72
  73 mussa_gui_motif_window.o : mussa_gui_motif_window.cc mussa_gui_motif_window.hh
  74         $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_motif_window.cc
  75
  76 mussa_gui_annot_window.o : mussa_gui_annot_window.cc mussa_gui_annot_window.hh
  77         $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_annot_window.cc
  78
  79 mussa_gui_load_window.o : mussa_gui_load_window.cc mussa_gui_load_window.hh
  80         $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_load_window.cc
  81
  82 mussa_gui_subana.o : mussa_gui_subana.cc mussa_gui_subana.hh
  83         $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_subana.cc
  84
  85 mussa_gui_conn_view.o : mussa_gui_conn_view.cc mussa_gui_conn_view.hh
  86         $(CC) $(CFLAGS) -O -c mussa_gui_conn_view.cc
  87
  88 mussa_gui_conn_window.o : mussa_gui_conn_window.cc mussa_gui_conn_window.hh
  89         $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_gui_conn_window.cc
  90
  91 mussa : sequence.o flp.o flp_seqcomp.o \
  92                 mussa_nway.o mussa_nway_other.o \
  93                 mussa_nway_entropy.o mussa_class.o \
  94                 mussa_gui_seq.o mussa_gui_seq_view.o \
  95                 mussa_gui_motif_window.o mussa_gui_annot_window.o \
  96                 mussa_gui_load_window.o mussa_gui_subana.o \
  97                 mussa_gui_seq_text.o \
  98                 mussa_gui_conn_view.o mussa_gui_conn_window.o \
  99                 mussa.cc
 100         $(CC) $(CFLAGS) -o mussa mussa.cc \
 101                 mussa_gui_conn_view.o mussa_gui_conn_window.o \
 102                 mussa_gui_seq_text.o \
 103                 mussa_gui_subana.o mussa_gui_load_window.o \
 104                 mussa_gui_motif_window.o mussa_gui_annot_window.o \
 105                 mussa_gui_seq.o mussa_gui_seq_view.o \
 106                 mussa_class.o mussa_nway.o \
 107                 mussa_nway_entropy.o mussa_nway_other.o \
 108                 flp_seqcomp.o flp.o sequence.o $(LDFLAGS)
 109
 110
 111 clean :
 112         rm *.o
 113
 114 cleaner :
 115         rm *~
 116
 117 #mussa_overlord.o : mussa_overlord.cc mussa_overlord.hh
 118 #       $(CC) $(CFLAGS) -c mussa_overlord.cc
 119
 120
 121
 122 annot_test : sequence.o annot_test.cc
 123         $(CC) $(CFLAGS) -o annot_test annot_test.cc sequence.o