gui/SetupWindow.cpp

   1 //  This file is part of the Mussa source distribution.
   2 //  http://mussa.caltech.edu/
   3 //  Contact author: Tristan  De Buysscher, tristan@caltech.edu
   4
   5 // This program and all associated source code files are Copyright (C) 2005
   6 // the California Institute of Technology, Pasadena, CA, 91125 USA.  It is
   7 // under the GNU Public License; please see the included LICENSE.txt
   8 // file for more information, or contact Tristan directly.
   9
  10
  11 #include "gui/SetupWindow.hpp"
  12 #include "alg/mussa.hpp"
  13 #include "mussa_exceptions.hpp"
  14 #include <iostream>
  15 #include <FL/Fl_File_Chooser.H>
  16
  17 using namespace std;
  18
  19 bool
  20 SetupWindow::done()
  21 {
  22   return all_done;
  23 }
  24
  25
  26 void
  27 do_analysis_cb(Fl_Button* o, void* v)
  28 {
  29   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
  30   T->real_do_analysis();
  31 }
  32
  33
  34 // passes the parameters to the mussa class object and orders it to run
  35 void
  36 SetupWindow::real_do_analysis()
  37 {
  38   int i;
  39   string err_msg;
  40
  41   // <-- need a check here to make sure all vars have a valid value
  42
  43   an_analysis->clear();
  44   an_analysis->set_name(analysis_name);
  45   an_analysis->set_window(window);
  46   an_analysis->set_threshold(threshold);
  47
  48   for(i=0; i < seq_num; i++) {
  49     an_analysis->load_sequence(seq_files[i], annot_files[i], fasta_indices[i],
  50                                sub_seq_starts[i], sub_seq_ends[i]);
  51   }
  52
  53   try {
  54     an_analysis->analyze();
  55   } catch (mussa_analysis_error e) {
  56     fl_alert(e.what());
  57   }
  58
  59   all_done = true;
  60
  61   hide();
  62 }
  63
  64
  65 void
  66 choose_seq_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
  67 {
  68   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  69   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  70   T->real_choose_seq_file_cb(blah->index);
  71 }
  72
  73
  74 void
  75 SetupWindow::real_choose_seq_file_cb(int i)
  76 {
  77   char *picked_file;
  78   string a_file_path;
  79
  80   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
  81   a_file_path = picked_file;
  82   seq_files[i] = a_file_path;
  83   seq_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
  84 }
  85
  86
  87 void
  88 seq_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
  89 {
  90   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
  91   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
  92   T->real_seq_file_in_cb(o,blah->index);
  93 }
  94
  95
  96 void
  97 SetupWindow::real_seq_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
  98 {
  99   seq_files[i] = o->value();
 100   // leaving this as a reminder that bools will need to be set to determine
 101   // if all needed fields have been filled with some value before an analysis
 102   // is attempted
 103   //(*the_motifs)[i].dirty = true;
 104 }
 105
 106 //char *picked_file;
 107 //picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
 108
 109 // *** Annot file selection
 110
 111 void
 112 choose_annot_file_cb(Fl_Button* o, void* v)
 113 {
 114   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 115   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 116   T->real_choose_annot_file_cb(blah->index);
 117 }
 118
 119
 120 void
 121 SetupWindow::real_choose_annot_file_cb(int i)
 122 {
 123   char *picked_file;
 124   string a_file_path;
 125
 126   picked_file = fl_file_chooser("Find an Analysis", "", "", 1);
 127   a_file_path = picked_file;
 128   annot_files[i] = a_file_path;
 129   annot_inputs[i]->value((const char *)picked_file);
 130 }
 131
 132 void
 133 annot_file_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 134 {
 135   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 136   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 137   T->real_annot_file_in_cb(o,blah->index);
 138 }
 139
 140 void
 141 SetupWindow::real_annot_file_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 142 {
 143   annot_files[i] = o->value();
 144 }
 145
 146
 147 // *** fasta index selection
 148
 149 void
 150 fa_index_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 151 {
 152   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 153   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 154   T->real_fa_index_in_cb(o,blah->index);
 155 }
 156
 157 void
 158 SetupWindow::real_fa_index_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 159 {
 160   fasta_indices[i] = atoi(o->value());
 161 }
 162
 163 // *** subsequence start select
 164
 165 void
 166 sub_start_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 167 {
 168   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 169   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 170   T->real_sub_start_in_cb(o,blah->index);
 171 }
 172
 173 void
 174 SetupWindow::real_sub_start_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 175 {
 176   sub_seq_starts[i] = atoi(o->value());
 177 }
 178
 179 // *** subsequence end select
 180
 181 void
 182 sub_end_in_cb(Fl_Input* o, void* v)
 183 {
 184   seq_data_instance * blah = (seq_data_instance *) v;
 185   SetupWindow* T= blah->sw_ptr;
 186   T->real_sub_end_in_cb(o,blah->index);
 187 }
 188
 189 void
 190 SetupWindow::real_sub_end_in_cb(Fl_Input* o, int i)
 191 {
 192   sub_seq_ends[i] = atoi(o->value());
 193
 194 }
 195
 196 // *** input analysis name
 197
 198 void
 199 set_ana_name_cb(Fl_Input* o, void* v)
 200 {
 201   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 202   T->real_set_ana_name_cb(o);
 203 }
 204
 205 void
 206 SetupWindow::real_set_ana_name_cb(Fl_Input* o)
 207 {
 208   analysis_name = o->value();
 209 }
 210
 211 // *** input window size
 212
 213 void
 214 set_win_size_cb(Fl_Input* o, void* v)
 215 {
 216   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 217   T->real_set_win_size_cb(o);
 218 }
 219
 220 void
 221 SetupWindow::real_set_win_size_cb(Fl_Input* o)
 222 {
 223   window = atoi(o->value());
 224 }
 225
 226 // *** input threshold
 227
 228 void
 229 set_threshold_cb(Fl_Input* o, void* v)
 230 {
 231   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 232   T->real_set_threshold_cb(o);
 233 }
 234
 235 void
 236 SetupWindow::real_set_threshold_cb(Fl_Input* o)
 237 {
 238   threshold = atoi(o->value());
 239 }
 240
 241 void
 242 set_seq_num_cb(Fl_Input* o, void* v)
 243 {
 244   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 245   T->real_set_seq_num_cb(o);
 246 }
 247
 248 // *** input number of sequences, add appropriate inputs for each sequence
 249
 250 void
 251 SetupWindow::real_set_seq_num_cb(Fl_Input* o)
 252 {
 253   int i;
 254
 255   seq_num = atoi(o->value());
 256   seq_inputs.clear();
 257   annot_inputs.clear();
 258
 259   seq_scroll = new Fl_Scroll(5,80,w()-10,h()-115);
 260   seq_scroll->color(FL_WHITE);
 261
 262   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 263   {
 264     seq_files.push_back("");
 265     annot_files.push_back("");
 266     fasta_indices.push_back(1);
 267     sub_seq_starts.push_back(0);
 268     sub_seq_ends.push_back(0);
 269     add_seq_input(i);
 270   }
 271   seq_scroll->box(FL_DOWN_FRAME);
 272   add(seq_scroll);
 273   redraw();
 274 }
 275
 276
 277 SetupWindow::SetupWindow(int w, int h, const char* title, Mussa *the_analysis):Fl_Window(w,h,title)
 278 {
 279   color(FL_WHITE);
 280
 281   an_analysis = the_analysis;
 282   all_done = false;
 283
 284   begin();
 285
 286   name_input = new Fl_Input(110, 10, w-120, 30, "Analysis Name ");
 287   name_input->value("");
 288   //name_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 289   name_input->box(FL_BORDER_BOX);
 290   name_input->callback((Fl_Callback*)set_ana_name_cb, this);
 291
 292   // add in radio buttons for win_append and thres_append eventually
 293   win_append = true;
 294   thres_append = true;
 295
 296   win_input = new Fl_Input(65,45,100,30, "Window ");
 297   win_input->value("");
 298   win_input->callback((Fl_Callback*)set_win_size_cb, this);
 299
 300   thres_input = new Fl_Input(250,45,100,30, "Threshold ");
 301   thres_input->value("");
 302   thres_input->callback((Fl_Callback*)set_threshold_cb, this);
 303
 304   seq_num_input = new Fl_Input(480,45,100, 30, "Number of Seqs");
 305   seq_num_input->value("");
 306   seq_num_input->callback((Fl_Callback*)set_seq_num_cb, this);
 307
 308   // button to launch the analysis
 309   test = new Fl_Button(w-100,h-30,100,30,"Do Analysis");
 310   test->callback((Fl_Callback*)do_analysis_cb, this);
 311
 312   // test button to make sure setup data is being stored
 313   test = new Fl_Button(w-200,h-30,100,30,"show setup");
 314   test->callback((Fl_Callback*)print_cb, this);
 315
 316   // generic input, keeping around as template for future additions
 317   //_input = new Fl_Input(0, , 30, "");
 318   //_input->value("");
 319   //_input->when(FL_WHEN_ENTER_KEY);
 320   //_input->callback((Fl_Callback*)set__cb, this);
 321
 322   end();
 323   //resizable(this);
 324   show();
 325 }
 326
 327
 328 SetupWindow::~SetupWindow(){}
 329
 330
 331 void
 332 SetupWindow::add_seq_input(int i)
 333 {
 334   Fl_Input *fasta_input, *start_input, *end_input;
 335   Fl_Button *seq_browse, *annot_browse;
 336
 337
 338   // this remembers what seq index each input is associated with
 339   seq_data_instance * something;
 340   something = new seq_data_instance;
 341   something->sw_ptr = this;
 342   something->index = i;
 343
 344
 345   // setup sequence file input for text input or file browsing
 346   seq_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 85+(i*105), w()-165, 30, "seq "));
 347   seq_inputs[i]->value("");
 348   seq_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)seq_file_in_cb, (void*) something);
 349
 350   seq_browse = new Fl_Button(w()-105, 85+(i*105), 80, 30, "Browse");
 351   seq_browse->callback((Fl_Callback*)choose_seq_file_cb, (void*) something);
 352
 353   // setup annotation file input for text input or file browsing
 354   annot_inputs.push_back(new Fl_Input(55, 120+(i*105), w()-165, 30, "annot "));
 355   annot_inputs[i]->value("");
 356   annot_inputs[i]->callback((Fl_Callback*)annot_file_in_cb,(void*)something);
 357
 358   annot_browse = new Fl_Button(w()-105, 120+(i*105), 80, 30, "Browse");
 359   annot_browse->callback((Fl_Callback*)choose_annot_file_cb, (void*)something);
 360
 361   // index of fasta seq wanted if more than 1 seq in file
 362   fasta_input = new Fl_Input(90, 155+(i*105), 50, 30, "fasta index");
 363   fasta_input->value("");
 364   fasta_input->callback((Fl_Callback*)fa_index_in_cb, (void*) something);
 365
 366   // subsequence select, index of first bp wanted
 367   start_input = new Fl_Input(225, 155+(i*105), 50, 30, "start index");
 368   start_input->value("");
 369   start_input->callback((Fl_Callback*)sub_start_in_cb, (void*) something);
 370
 371   // subsequence select, index of last bp wanted
 372   end_input = new Fl_Input(355, 155+(i*105), 50, 30, "end index");
 373   end_input->value("");
 374   end_input->callback((Fl_Callback*)sub_end_in_cb, (void*) something);
 375
 376   seq_scroll->add(seq_inputs[i]);
 377   seq_scroll->add(seq_browse);
 378   seq_scroll->add(annot_inputs[i]);
 379   seq_scroll->add(annot_browse);
 380   seq_scroll->add(fasta_input);
 381   seq_scroll->add(start_input);
 382   seq_scroll->add(end_input);
 383 }
 384
 385 /*
 386   cout << "fee\n";
 387   cout << "fie\n";
 388   cout << "foe\n";
 389   cout << "fum\n";
 390 */
 391
 392 void SetupWindow::print_cb(Fl_Button* o, void* v)
 393 {
 394   SetupWindow* T=(SetupWindow*)v;
 395   T->print_cb_real(o,v);
 396 }
 397
 398
 399 void SetupWindow::print_cb_real(Fl_Button* , void*)
 400 {
 401   cout << "analysis_name: " << analysis_name << endl;
 402   cout << "win: " << window << endl;
 403   cout << "thres: " << threshold << endl;
 404   cout << "seq_num: " << seq_num << endl;
 405   //cout << "win_add: " << win_append << end;
 406   //cout << "thres_add: " << thres_append << endl;
 407
 408   int i;
 409
 410
 411
 412   for (i = 0; i < seq_num; i++)
 413   {
 414     cout << seq_files[i] << endl;
 415     cout << annot_files[i] << endl;
 416     cout << "fasta: " << fasta_indices[i];
 417     cout << " start: " << sub_seq_starts[i];
 418     cout << " end: " << sub_seq_ends[i] << endl;
 419     cout << "blargle!\n";
 420   }
 421   cout << "end of inputs\n" << endl;
 422 }