qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QPixmap>
   8 #include <QSpinBox>
   9 #include <QToolBar>
  10
  11 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  12 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  13 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  14 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  15
  16 class QAction;
  17 class QLabel;
  18 class Mussa;
  19
  20 class MussaWindow : public QMainWindow
  21 {
  22   Q_OBJECT
  23
  24 public:
  25   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  26
  27 public slots:
  28   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  29   void about();
  30
  31   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  32   //\@{
  33   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  34   void createNewAnalysis();
  35   //! launch a sub analysis
  36   void createSubAnalysis();
  37   //\@}
  38
  39   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  40   //\@{
  41   //! load motifs
  42   void editMotifs();
  43   void loadMotifList();
  44   void saveMotifList();
  45   void toggleMotifs();
  46   //\@}
  47
  48   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  49   void loadMupa();
  50   //! load a previously run analysis
  51   void loadSavedAnalysis();
  52   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  53   void setSoftThreshold(int thres);
  54
  55   void showMussaToolbar();
  56
  57   //! open new window showing our alignment
  58   void viewMussaAlignment();
  59
  60 signals:
  61   void changedAnnotations();
  62
  63 protected:
  64   Mussa *analysis;
  65   std::list<MussaAlignedWindow *> aligned_windows;
  66   MotifEditor *motif_editor;
  67
  68   // display our wonderful mussa output
  69   SequenceBrowserWidget browser;
  70   QToolBar mussaViewTB;
  71   QSpinBox zoomBox;
  72   ThresholdWidget threshold;
  73   QLabel zoomLabel;
  74
  75
  76   QAction *aboutAction;
  77   QAction *closeAction;
  78   QAction *createNewAnalysisAction;
  79   QAction *createSubAnalysisAction;
  80   QAction *editMotifsAction;
  81   QAction *loadMotifListAction;
  82   QAction *loadMupaAction;
  83   QAction *loadSavedAnalysisAction;
  84   QAction *saveMotifListAction;
  85   QAction *showMussaViewToolbarAction;
  86   QAction *toggleMotifsAction;
  87   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  88   QAction *whatsThisAction;
  89   QAction *viewMussaAlignmentAction;
  90
  91   //! initialze the actions
  92   void setupActions();
  93   //! initialize this windows menu object
  94   void setupMainMenu();
  95   //! stub function to fill in QActions
  96   void NotImplementedBox();
  97
  98 protected slots:
  99   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 100   void updateAnalysis();
 101   //! update the view of conserved windows
 102   void updateLinks();
 103   //! update annotations?
 104   void updateAnnotations();
 105 };
 106
 107 #endif