qui/MussaWindow.hpp

   1 #ifndef _MUSSAWINDOW_H_
   2 #define _MUSSAWINDOW_H_
   3
   4 #include <list>
   5
   6 #include <QMainWindow>
   7 #include <QPixmap>
   8 #include <QSpinBox>
   9 #include <QToolBar>
  10
  11 #include "qui/MussaAlignedWindow.hpp"
  12 #include "qui/motif_editor/MotifEditor.hpp"
  13 #include "qui/mussa_setup_dialog/MussaSetupDialog.hpp"
  14 #include "qui/seqbrowser/SequenceBrowserWidget.hpp"
  15 #include "qui/ThresholdWidget.hpp"
  16
  17 class QAction;
  18 class QLabel;
  19 class Mussa;
  20
  21 class MussaWindow : public QMainWindow
  22 {
  23   Q_OBJECT
  24
  25 public:
  26   MussaWindow(Mussa* analysis=0, QWidget *parent=0);
  27
  28   //! switch to a new analysis
  29   void setAnalysis(Mussa *new_analysis);
  30 public slots:
  31   //! display an about box, contemplating the politics of the author list
  32   void about();
  33
  34   //! \defgroup AnalysisFunctions Components related to running analyses
  35   //\@{
  36   //! open a window to collect the information needed to create a new analysis
  37   void createNewAnalysis();
  38   //! launch a sub analysis
  39   void createSubAnalysis();
  40   //\@}
  41
  42   //! \defgroup MotifHandling Handling of motif lists
  43   //\@{
  44   //! load motifs
  45   void editMotifs();
  46   void loadMotifList();
  47   void saveMotifList();
  48   void toggleMotifs();
  49   //\@}
  50
  51   //! load a mussa parameter file (which specifies an analysis to run)
  52   void loadMupa();
  53   //! load a previously run analysis
  54   void loadSavedAnalysis();
  55   //! set the soft threshold used by the Nway_Path algorithm
  56   void setSoftThreshold(int thres);
  57
  58   void showMussaToolbar();
  59
  60   //! open new window showing our alignment
  61   void viewMussaAlignment();
  62
  63 signals:
  64   void changedAnnotations();
  65
  66 protected:
  67   Mussa *analysis;
  68   std::list<MussaAlignedWindow *> aligned_windows;
  69   MotifEditor *motif_editor;
  70   MussaSetupDialog setup_analysis_dialog;
  71
  72   // display our wonderful mussa output
  73   SequenceBrowserWidget browser;
  74   QToolBar mussaViewTB;
  75   QSpinBox zoomBox;
  76   ThresholdWidget threshold;
  77   QLabel zoomLabel;
  78
  79
  80   QAction *aboutAction;
  81   QAction *closeAction;
  82   QAction *createNewAnalysisAction;
  83   QAction *createSubAnalysisAction;
  84   QAction *editMotifsAction;
  85   QAction *loadMotifListAction;
  86   QAction *loadMupaAction;
  87   QAction *loadSavedAnalysisAction;
  88   QAction *saveMotifListAction;
  89   QAction *showMussaViewToolbarAction;
  90   QAction *toggleMotifsAction;
  91   QAction *saveBrowserPixmapAction;
  92   QAction *whatsThisAction;
  93   QAction *viewMussaAlignmentAction;
  94
  95   //! initialze the actions
  96   void setupActions();
  97   //! initialize this windows menu object
  98   void setupMainMenu();
  99   //! stub function to fill in QActions
 100   void NotImplementedBox();
 101
 102 protected slots:
 103   //! update the SequenceBrowser with our analysis
 104   void updateAnalysis();
 105   //! update the view of conserved windows
 106   void updateLinks();
 107   //! update annotations?
 108   void updateAnnotations();
 109 };
 110
 111 #endif