debian/patches/use-dpkg-buildflags.patch

   1 Description: Use build flags from environment (dpkg-buildflags).
   2  Necessary for hardening flags.
   3 Author: Simon Ruderich <simon@ruderich.org>
   4 Last-Update: 2012-04-24
   5 Bug-Closed: http://bugs.debian.org/670230
   6
   7 --- bowtie-0.12.7.orig/Makefile
   8 +++ bowtie-0.12.7/Makefile
   9 @@ -177,7 +177,7 @@
  10    cat $^ | md5sum | awk '{print $$1}' > .$@.md5
  11  endef
  12
  13 -ALL_FLAGS=$(EXTRA_FLAGS) $(CFLAGS) $(CXXFLAGS)
  14 +ALL_FLAGS=$(EXTRA_FLAGS) $(CPPFLAGS) $(CFLAGS) $(CXXFLAGS) $(LDFLAGS)
  15  DEBUG_DEFS = -DCOMPILER_OPTIONS="\"$(DEBUG_FLAGS) $(ALL_FLAGS)\""
  16  RELEASE_DEFS = -DCOMPILER_OPTIONS="\"$(RELEASE_FLAGS) $(ALL_FLAGS)\""
  17