+def getParser(usage):
+ parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
+ parser.add_option("--sameChromOnly", action="store_true", dest="sameChromOnly")
+ parser.add_option("--cache", type="int", dest="cachePages")
+ parser.add_option("--verbose", action="store_true", dest="doVerbose")
+ parser.add_option("--minDist", type="int", dest="minDist")
+ parser.add_option("--maxDist", type="int", dest="maxDist")
+ parser.add_option("--minCount", type="int", dest="minCount")
+ parser.add_option("--label", dest="label")
+
+ configParser = getConfigParser
+ section = "farPairs"
+ sameChromOnly = getConfigBoolOption(configParser, section, "sameChromOnly", False)
+ doVerbose = getConfigBoolOption(configParser, section, "doVerbose", False)
+ cachePages = getConfigOption(configParser, section, "cachePages", None)
+ minDist = getConfigIntOption(configParser, section, "minDist", 1000)
+ maxDist = getConfigIntOption(configParser, section, "maxDist", 500000)
+ minCount = getConfigIntOption(configParser, section, "minCount", 2)
+ label = getConfigOption(configParser, section, "label", None)
+
+ parser.set_defaults(sameChromOnly=sameChromOnly, doVerbose=doVerbose, cachePages=cachePages,
+ minDist=minDist, maxDist=maxDist, minCount=minCount, label=label)
+
+ return parser
+
+