+def makeParser(usage=""):
+ parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
+ parser.add_option("--cistype", action="store_false", dest="cistype")
+ parser.add_option("--radius", type="int", dest="radius")
+
+ configParser = getConfigParser()
+ section = "featureIntersects"
+ cistype = getConfigOption(configParser, section, "cistype", "TFBSCONSSITES")
+ radius = getConfigIntOption(configParser, section, "radius", 100)
+
+ parser.set_defaults(cistype=cistype, radius=radius)
+
+ return parser
+
+