+def getParser(usage):
+ parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
+ parser.add_option("--meme", action="store_true", dest="doMeme")
+ parser.add_option("--cisGreedy", action="store_true", dest="doCisGreedy")
+ parser.add_option("--logo", action="store_true", dest="saveLogo")
+ parser.add_option("--threshold", type="float", dest="threshold")
+ parser.add_option("--prefix", dest="motifPrefix")
+ parser.add_option("--numMotifs", dest="numMotifs")
+ parser.add_option("--maxWidth", type="int", dest="maxWidth")
+ parser.add_option("--maskLower", action="store_true", dest="maskLower")
+
+ configParser = getConfigParser()
+ section = "findMotifs"
+ doMeme = getConfigBoolOption(configParser, section, "doMeme", False)
+ doCisGreedy = getConfigBoolOption(configParser, section, "doCisGreedy", False)
+ saveLogo = getConfigBoolOption(configParser, section, "saveLogo", False)
+ threshold = getConfigFloatOption(configParser, section, "threshold", 75.)
+ numMotifs = getConfigOption(configParser, section, "numMotifs", "10")
+ maxWidth = getConfigIntOption(configParser, section, "maxWidth", 28)
+ maskLower = getConfigBoolOption(configParser, section, "maskLower", False)
+
+
+ parser.set_defaults(doMeme=doMeme, doCisGreedy=doCisGreedy, saveLogo=saveLogo,
+ threshold=threshold, numMotifs=numMotifs, maxWidth=maxWidth, maskLower=maskLower)
+
+ return parser
+
+