forceChr = getConfigBoolOption(configParser, section, "forceChr", False)
cachePages = getConfigIntOption(configParser, section, "cachePages", 0)
- parser.set_defaults(doSplices=True, forceChr=False, cachePages=0)
+ parser.set_defaults(doSplices=doSplices, forceChr=forceChr, cachePages=cachePages)
return parser