+def makeParser(usage=""):
+ parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
+ parser.add_option("--append", action="store_false", dest="init")
+ parser.add_option("--index", action="store_true", dest="doIndex")
+ parser.add_option("--cache", type="int", dest="cachePages")
+ parser.add_option("--RNA", action="store_true", dest="rnaDataType")
+
+ configParser = getConfigParser()
+ section = "makerdsfrombed"
+ init = getConfigBoolOption(configParser, section, "init", True)
+ rnaDataType = getConfigBoolOption(configParser, section, "RNA", False)
+ doIndex = getConfigBoolOption(configParser, section, "doIndex", False)
+ cachePages = getConfigIntOption(configParser, section, "cachePages", 100000)
+
+ parser.set_defaults(init=init, rnaDataType=rnaDataType, doIndex=doIndex, cachePages=cachePages)
+
+ return parser
+
+