+def makeParser(usage=""):
+ parser = optparse.OptionParser(usage=usage)
+ parser.add_option("--gidField", type="int", dest="fieldID")
+ parser.add_option("--maxLength", type="float", dest="maxLength")
+ parser.add_option("--cache", action="store_true", dest="doCache")
+ parser.add_option("--models", dest="extendGenome")
+ parser.add_option("--replacemodels", action="store_true", dest="replaceModels")
+
+ configParser = getConfigParser()
+ section = "normalizeExpandedExonic"
+ fieldID = getConfigIntOption(configParser, section, "fieldID", 0)
+ maxLength = getConfigFloatOption(configParser, section, "maxLength", 1000000000.)
+ doCache = getConfigBoolOption(configParser, section, "doCache", False)
+ extendGenome = getConfigOption(configParser, section, "extendGenome", "")
+ replaceModels = getConfigBoolOption(configParser, section, "replaceModels", False)
+
+ parser.set_defaults(fieldID=fieldID, maxLength=maxLength, doCache=doCache, extendGenome=extendGenome,
+ replaceModels=replaceModels)
+
+ return parser
+
+