README.txt

   1 Introduction
   2 ============
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   4 This contains our LIMS system and a collections of utilities
   5 to help manage curation and submission of data.
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   7 Fastq Conversion
   8 ----------------
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  10 Over time there were several different attempts to capture
  11 and store "fastq-like" data. HTS-Workflow has at one time or
  12 another supported NCBI srf files, Illumina qseq files, and
  13 fastq files.
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  15 Because all of the current submitting agencies want fastq files.
  16 There are some utilities to convert whatever is stored in our sequence
  17 archive to fastq files.
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  19 The current ENCODE submission script is encode_submission/encode3.py
  20 and it has a --fastq option that given a mapping file will try to
  21 go find all the flowcells and generate condor scripts using
  22 the lower level conversion utilities
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  24  * htsworkflow/pipelines/desplit_fastq.py
  25  * htsworkflow/pipelines/qseq2fastq.py
  26  * htsworkflow/pipelines/srf2fastq.py
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  28 desplit_fastq converts a list of fastq files into a single fastq file.
  29 qseq2fastq takes a collection of qseq files or a tar-file containing
  30 qseq files and converts it into a fastq file. and srf2fastq converts
  31 the NCBI srf files.
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  33 Note: srf2fastq depends on the stadenio tools.
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  35 The encode3.py --fastq mode reads a mapping file that contains
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  37 library_id destination_directory
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  39 encode3.py has a '--compression gzip'  option for if you want the
  40 resulting fastq file to be compressed as a gzip file.
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