bin/retrieve_eland_config.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 from optparse import OptionParser, IndentedHelpFormatter
   4 from ConfigParser import SafeConfigParser
   5
   6 import os
   7 import sys
   8 import urllib
   9
  10 CONFIG_SYSTEM = '/etc/ga_frontend/ga_frontend.conf'
  11 CONFIG_USER = os.path.expanduser('~/.ga_frontend.conf')
  12
  13 class PreformattedDescriptionFormatter(IndentedHelpFormatter):
  14
  15   #def format_description(self, description):
  16   #
  17   #  if description:
  18   #      return description + "\n"
  19   #  else:
  20   #     return ""
  21
  22   def format_epilog(self, epilog):
  23     """
  24     It was removing my preformated epilog, so this should override
  25     that behavior! Muhahaha!
  26     """
  27     if epilog:
  28         return "\n" + epilog + "\n"
  29     else:
  30         return ""
  31
  32
  33 def constructOptionParser():
  34   """
  35   returns a pre-setup optparser
  36   """
  37   parser = OptionParser(formatter=PreformattedDescriptionFormatter())
  38
  39   parser.set_description('Retrieves eland config file from ga_frontend web frontend.')
  40
  41   parser.epilog = """
  42 Config File:
  43   * %s (System wide)
  44   * %s (User specific; overrides system)
  45   * command line overrides all config file options
  46
  47   Example Config File:
  48
  49     [server_info]
  50     base_host_url=http://somewhere.domain:port
  51 """ % (CONFIG_SYSTEM, CONFIG_USER)
  52
  53   #Special formatter for allowing preformatted description.
  54   ##parser.format_epilog(PreformattedDescriptionFormatter())
  55
  56   parser.add_option("-u", "--url",
  57                     action="store", type="string", dest="url")
  58
  59   parser.add_option("-o", "--output",
  60                     action="store", type="string", dest="output_filepath")
  61
  62   parser.add_option("-f", "--flowcell",
  63                     action="store", type="string", dest="flowcell")
  64
  65   #parser.set_default("url", "default")
  66
  67   return parser
  68
  69 def constructConfigParser():
  70   """
  71   returns a pre-setup config parser
  72   """
  73   parser = SafeConfigParser()
  74   parser.read([CONFIG_SYSTEM, CONFIG_USER])
  75   if not parser.has_section('server_info'):
  76     parser.add_section('server_info')
  77
  78   return parser
  79
  80
  81 def getCombinedOptions():
  82   """
  83   Returns optparse options after it has be updated with ConfigParser
  84   config files and merged with parsed commandline options.
  85   """
  86   cl_parser = constructOptionParser()
  87   conf_parser = constructConfigParser()
  88
  89   options, args = cl_parser.parse_args()
  90
  91   if options.url is None:
  92     if conf_parser.has_option('server_info', 'base_host_url'):
  93       options.url = conf_parser.get('server_info', 'base_host_url')
  94
  95   print 'USING OPTIONS:'
  96   print ' URL:', options.url
  97   print ' OUT:', options.output_filepath
  98   print '  FC:', options.flowcell
  99   print ''
 100
 101   return options
 102
 103
 104 def saveConfigFile(flowcell, base_host_url, output_filepath):
 105   """
 106   retrieves the flowcell eland config file, give the base_host_url
 107   (i.e. http://sub.domain.edu:port)
 108   """
 109   url = base_host_url + '/elandifier/config/%s/' % (flowcell)
 110
 111   f = open(output_filepath, 'w')
 112   try:
 113     web = urllib.urlopen(url)
 114   except IOError, msg:
 115     if str(msg).find("Connection refused") >= 0:
 116       print 'Error: Could not connect to: %s' % (url)
 117       f.close()
 118       sys.exit(1)
 119     else:
 120       raise IOError, msg
 121
 122   f.write(web.read())
 123   web.close()
 124   f.close()
 125
 126 if __name__ == '__main__':
 127   #Display help if no args are presented
 128   if len(sys.argv) == 1:
 129     sys.argv.append('-h')
 130
 131   options = getCombinedOptions()
 132   msg_list = ['ERROR MESSAGES:']
 133   if options.output_filepath is None:
 134     msg_list.append("  Output filepath argument required. -o <filepath> or --output=<filepath>")
 135
 136   if options.flowcell is None:
 137     msg_list.append("  Flow cell argument required. -f <flowcell> or --flowcell=<flowcell>")
 138
 139   if options.url is None:
 140     msg_list.append("  URL argument required (-u <url> or --url=<url>), or entry\n" \
 141                     "    in /etc/elandifier/elandifer.conf or ~/.elandifier.conf")
 142
 143   if len(msg_list) > 1:
 144     print '\n'.join(msg_list)
 145     sys.exit(0)
 146
 147   saveConfigFile(options.flowcell, options.url, options.output_filepath)
 148