bin/retrieve_eland_config.py

   1 #!/usr/bin/env python
   2
   3 from optparse import OptionParser
   4 from ConfigParser import SafeConfigParser
   5
   6 import os
   7 import sys
   8 import urllib
   9
  10
  11 def constructOptionParser():
  12   parser = OptionParser()
  13
  14   parser.add_option("-u", "--url",
  15                     action="store", type="string", dest="url")
  16
  17   parser.add_option("-o", "--output",
  18                     action="store", type="string", dest="output_filepath")
  19
  20   parser.add_option("-f", "--flowcell",
  21                     action="store", type="string", dest="flowcell")
  22
  23   #parser.set_default("url", "default")
  24
  25   return parser
  26
  27 def constructConfigParser():
  28   parser = SafeConfigParser()
  29   parser.read(['/etc/elandifier/elandifier.conf',
  30                os.path.expanduser('~/.elandifier.conf')])
  31   if not parser.has_section('server_info'):
  32     parser.add_section('server_info')
  33
  34   return parser
  35
  36
  37 def getCombinedOptions():
  38   cl_parser = constructOptionParser()
  39   conf_parser = constructConfigParser()
  40
  41   options, args = cl_parser.parse_args()
  42
  43   if options.url is None:
  44     if conf_parser.has_option('server_info', 'base_host_url'):
  45       options.url = conf_parser.get('server_info', 'base_host_url')
  46
  47   print 'URL:', options.url
  48   print 'OUT:', options.output_filepath
  49   print ' FC:', options.flowcell
  50
  51   return options
  52
  53
  54 def saveConfigFile(flowcell, base_host_url, output_filepath):
  55   """
  56   retrieves the flowcell eland config file, give the base_host_url
  57   (i.e. http://sub.domain.edu:port)
  58   """
  59   url = base_host_url + '/elandifier/config/%s/' % (flowcell)
  60
  61   f = open(output_filepath, 'w')
  62   web = urllib.urlopen(url)
  63   f.write(web.read())
  64   web.close()
  65   f.close()
  66
  67 if __name__ == '__main__':
  68   options = getCombinedOptions()
  69   msg_list = ['ERROR MESSAGES:']
  70   if options.output_filepath is None:
  71     msg_list.append("  Output filepath argument required. -o <filepath> or --output=<filepath>")
  72
  73   if options.flowcell is None:
  74     msg_list.append("  Flow cell argument required. -f <flowcell> or --flowcell=<flowcell>")
  75
  76   if options.url is None:
  77     msg_list.append("  URL argument required (-u <url> or --url=<url>), or entry\n" \
  78                     "    in /etc/elandifier/elandifer.conf or ~/.elandifier.conf")
  79
  80   if len(msg_list) > 1:
  81     print '\n'.join(msg_list)
  82     sys.exit(0)
  83
  84   saveConfigFile(options.flowcell, options.url, options.output_filepath)
  85