docs/v0.5.3_to_v0.5.4.sql

   1 -- Add fields to support multiplexing, and update our database
   2
   3 alter table samples_library add column multiplex_id varchar(128);
   4 alter table samples_librarytype add column can_multiplex bool not null default false;
   5 alter table samples_librarytype add column is_paired_end bool not null default false;
   6 update samples_librarytype set can_multiplex=0, is_paired_end=0;
   7 update samples_librarytype set can_multiplex=1 where id in (5,7,8);
   8 update samples_librarytype set is_paired_end=1 where id in (2,5,7,8);
   9 update samples_library set multiplex_id=1 where library_name like "Index #1 %";
  10 update samples_library set multiplex_id=2 where library_name like "Index #2 %";
  11 update samples_library set multiplex_id=3 where library_name like "Index #3 %";
  12 update samples_library set multiplex_id=4 where library_name like "Index #4 %";
  13 update samples_library set multiplex_id=5 where library_name like "Index #5 %";
  14 update samples_library set multiplex_id=6 where library_name like "Index #6 %";
  15 update samples_library set multiplex_id=7 where library_name like "Index #7 %";
  16 update samples_library set multiplex_id=8 where library_name like "Index #8 %";
  17 update samples_library set multiplex_id=9 where library_name like "Index #9 %";
  18 update samples_library set multiplex_id=10 where library_name like "Index #10 %";
  19 update samples_library set multiplex_id=11 where library_name like "Index #11 %";
  20 update samples_library set multiplex_id=12 where library_name like "Index #12 %";
  21
  22 update samples_library set multiplex_id=1 where library_name like "Nextera #1 %";
  23 update samples_library set multiplex_id=2 where library_name like "Nextera #2 %";
  24 update samples_library set multiplex_id=3 where library_name like "Nextera #3 %";
  25 update samples_library set multiplex_id=4 where library_name like "Nextera #4 %";
  26 update samples_library set multiplex_id=5 where library_name like "Nextera #5 %";
  27 update samples_library set multiplex_id=6 where library_name like "Nextera #6 %";
  28 update samples_library set multiplex_id=7 where library_name like "Nextera #7 %";
  29 update samples_library set multiplex_id=8 where library_name like "Nextera #8 %";
  30 update samples_library set multiplex_id=9 where library_name like "Nextera #9 %";
  31 update samples_library set multiplex_id=10 where library_name like "Nextera #10 %";
  32 update samples_library set multiplex_id=11 where library_name like "Nextera #11 %";
  33 update samples_library set multiplex_id=12 where library_name like "Nextera #12 %";
  34
  35 update samples_library set multiplex_id=1 where library_name like "Nextera index1 %";
  36 update samples_library set multiplex_id=2 where library_name like "Nextera index2 %";
  37 update samples_library set multiplex_id=3 where library_name like "Nextera index3 %";
  38 update samples_library set multiplex_id=4 where library_name like "Nextera index4 %";
  39 update samples_library set multiplex_id=5 where library_name like "Nextera index5 %";
  40 update samples_library set multiplex_id=6 where library_name like "Nextera index6 %";
  41 update samples_library set multiplex_id=7 where library_name like "Nextera index7 %";
  42 update samples_library set multiplex_id=8 where library_name like "Nextera index8 %";
  43 update samples_library set multiplex_id=9 where library_name like "Nextera index9 %";
  44 update samples_library set multiplex_id=10 where library_name like "Nextera index10 %";
  45 update samples_library set multiplex_id=11 where library_name like "Nextera index11 %";
  46 update samples_library set multiplex_id=12 where library_name like "Nextera index12 %";