eland_config/views.py

   1 from __future__ import absolute_import, print_function, unicode_literals
   2
   3 from django.conf import settings
   4 from django.http import HttpResponse
   5 from django.core.exceptions import ObjectDoesNotExist
   6
   7 from experiments import models
   8
   9 import os
  10
  11
  12 def _validate_input(data):
  13     return data.replace('..', '').replace('/', '_').replace('\\', '_')
  14
  15
  16 def getElandConfig(flowcell, regenerate=False):
  17
  18     if hasattr(settings, 'UPLOADTO_CONFIG_FILE'):
  19         dest = settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE
  20     else:
  21         dest = '/tmp'
  22     file_path = os.path.join(dest, flowcell)
  23
  24     #If we are regenerating the config file, skip
  25     # reading of existing file. If the file doesn't
  26     # exist, try to generate it form the DB.
  27     if not regenerate and os.path.isfile(file_path):
  28         f = open(file_path, 'r')
  29         data = f.read()
  30         f.close()
  31         return data
  32
  33     try:
  34         fcObj = models.FlowCell.objects.get(flowcell_id__iexact=flowcell)
  35     except ObjectDoesNotExist:
  36         return None
  37
  38     data = []
  39
  40     #form = form.cleaned_data
  41
  42     data.append("# FLOWCELL: %s" % (fcObj.flowcell_id))
  43     data.append("#")
  44
  45     notes = fcObj.notes.replace('\r\n', '\n').replace('\r', '\n')
  46     notes = notes.replace('\n', '\n#  ')
  47     data.append("# NOTES:")
  48     data.append("#  %s\n#" % (notes))
  49
  50     #Convert all newline conventions to unix style
  51     for lane in fcObj.lane_set.all():
  52         data.append("# Lane%d: %s | %s" %
  53                     (lane.lane_number, unicode(lane.library.id),
  54                      lane.library.library_name.replace('%', '%%')))
  55
  56     read_length = fcObj.read_length
  57     #data.append("ELAND_REPEAT")
  58     data.append("ELAND_MULTIPLE_INSTANCES 8")
  59
  60     #Construct genome dictionary to figure out what lanes to put
  61     # in the config file.
  62     genome_dict = {}
  63
  64     #l1s = form['lane1_species']
  65     for lane in fcObj.lane_set.all():
  66         species = lane.library.library_species.scientific_name
  67         genome_dict.setdefault(species, []).append(unicode(lane.lane_number))
  68
  69     genome_list = genome_dict.keys()
  70     genome_list.sort()
  71
  72     #Loop through and create entries for each species.
  73     for genome in genome_list:
  74         lanes = ''.join(genome_dict[genome])
  75         if fcObj.paired_end:
  76             data.append('%s:ANALYSIS eland_pair' % (lanes))
  77         else:
  78             data.append('%s:ANALYSIS eland_extended' % (lanes))
  79         data.append('%s:READ_LENGTH %s' % (lanes, read_length))
  80         data.append('%s:ELAND_GENOME %s' % (lanes, '%%(%s)s' % (genome)))
  81         data.append('%s:USE_BASES %s' % (lanes, 'Y'*int(read_length)))
  82
  83     data.append('SEQUENCE_FORMAT --fastq')
  84     data.append('')  # want a trailing newline
  85
  86     data = '\n'.join(data)
  87
  88     f = open(file_path, 'w')
  89     f.write(data)
  90     f.close()
  91
  92     return data
  93
  94
  95 def config(request, flowcell=None):
  96     """
  97     Returns eland config file for a given flowcell number,
  98     or returns a list of available flowcell numbers.
  99     """
 100
 101     # Provide INDEX of available Flowcell config files.
 102     if flowcell is None:
 103         fc_list = [fc.flowcell_id for fc in models.FlowCell.objects.all()]
 104
 105         #Convert FC* list to html links
 106         fc_html = ['<a href="/eland_config/%s/">%s</a>' % (fc_name, fc_name)
 107                    for fc_name in fc_list]
 108
 109         return HttpResponse('<br />'.join(fc_html))
 110
 111     #FIXME: Should validate flowcell input before using.
 112     flowcell = _validate_input(flowcell)
 113     cfg = getElandConfig(flowcell, regenerate=True)
 114
 115     if not cfg:
 116         return HttpResponse(
 117             "Hmm, config file for %s does not seem to exist." % (flowcell))
 118
 119     return HttpResponse(cfg, mimetype="text/plain")