elandifier/fctracker/models.py

   1 from django.db import models
   2 from elandifier import settings
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   4 # Create your models here.
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   7 class Specie(models.Model):
   8
   9   class Admin: pass
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  11   scientific_name = models.CharField(maxlength=256, unique=True, db_index=True)
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  14   def __str__(self):
  15     return self.scientific_name
  16
  17 #class BedFilePack(models.Model):
  18
  19 class Library(models.Model):
  20   class Admin: pass
  21
  22   library_id = models.IntegerField(unique=True, db_index=True)
  23   library_name = models.CharField(maxlength=100, unique=True)
  24   library_species = models.ForeignKey(Specie)
  25
  26   made_from_sample = models.ForeignKey('self', blank=True)
  27
  28   made_by = models.CharField(maxlength=50, blank=True)
  29   creation_date = models.DateField(blank=True, null=True)
  30   notes = models.TextField(blank=True)
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  32   def __str__(self):
  33     return self.library_name
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  35
  36 class FlowCell(models.Model):
  37
  38   class Admin: pass
  39
  40   flowcell_id = models.CharField(maxlength=20, unique=True, db_index=True)
  41
  42   run_date = models.DateTimeField()
  43
  44   lane1_sample = models.CharField(maxlength=500)
  45   lane1_species = models.ForeignKey(Specie, related_name="lane1_species")
  46   lane2_sample = models.CharField(maxlength=500)
  47   lane2_species = models.ForeignKey(Specie, related_name="lane2_species")
  48   lane3_sample = models.CharField(maxlength=500)
  49   lane3_species = models.ForeignKey(Specie, related_name="lane3_species")
  50   lane4_sample = models.CharField(maxlength=500)
  51   lane4_species = models.ForeignKey(Specie, related_name="lane4_species")
  52
  53   lane5_sample = models.CharField(maxlength=500)
  54   lane5_species = models.ForeignKey(Specie, related_name="lane5_species")
  55   lane6_sample = models.CharField(maxlength=500)
  56   lane6_species = models.ForeignKey(Specie, related_name="lane6_species")
  57   lane7_sample = models.CharField(maxlength=500)
  58   lane7_species = models.ForeignKey(Specie, related_name="lane7_species")
  59   lane8_sample = models.CharField(maxlength=500)
  60   lane8_species = models.ForeignKey(Specie, related_name="lane8_species")
  61
  62   notes = models.TextField(blank=True)
  63
  64   def __str__(self):
  65     return self.flowcell_id
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  68 class ElandResult(models.Model):
  69
  70   class Admin: pass
  71
  72   flow_cell = models.ForeignKey(FlowCell)
  73   config_file = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_CONFIG_FILE)
  74   eland_result_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_ELAND_RESULT_PACKS)
  75   bed_file_pack = models.FileField(upload_to=settings.UPLOADTO_BED_PACKS)
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  77   notes = models.TextField(blank=True)